אוניברסיטת קלן (בגרמנית: Universität zu Köln ובקיצור הנהוג בגרמניה, Uni Köln, "אוּני קלן") היא אוניברסיטה ציבורית בעיר קלן בגרמניה. אוניברסיטת קלן הוקמה ב-1388 והיא אחת האוניברסיטאות העתיקות ביותר באירופה. כיום לומדים בה למעלה מ-50,000 סטודנטים, דבר שהופך אותה לאחת האוניברסיטאות הגדולות בגרמניה. בית הספר למנהל עסקים של האוניברסיטה משתייך למייסדי הברית הגלובלית בחינוך לניהול (CEMS). האוניברסיטה חברה ב"קרן הגרמנית למדע" (DFG) שכוללת את האוניברסיטאות המובילות בגרמניה, חברה ב-U15 (אוניברסיטאות בגרמניה), באוניברסיטה הצרפתית-גרמנית (FGU) ובקבוצת קוימברה (GC). בנוסף לאוניברסיטה ברית מחקר עם שותפי המחקר הבאים: אגודת מקס פלאנק, אגודת הלמהולץ ואגודת לייבניץ.

לאוניברסיטת קלן יש רשת בין-לאומית עם מוסדות שותפים ברחבי העולם שמכילה יותר מ-300 שותפויות ברמת הפקולטה והמחלקה ו-85 שותפויות כלל אוניברסיטאות.

אוניברסיטת קלן החלה רשמית ללמד ב-6 בינואר 1388 כאוניברסיטה הרביעית באימפריה הרומית הקדושה, אחרי אוניברסיטת קארל בפראג, אוניברסיטת וינה ואוניברסיטת היידלברג. על צו הקמתה חתם האפיפיור אורבנוס השישי.

ב-1798 סגרו כוחות הכיבוש הצרפתי בראשות נפוליאון, שפלשו לקלן ב-1794, את האוניברסיטה, מכיוון שמוריה סירבו להישבע אמונים לרפובליקה הצרפתית. הרקטור, פרדיננד פרנץ וולרף (Ferdinand Franz Wallraf) החביא את חותם האוניברסיטה, ונעשה בו שימוש לאחר הפתיחה מחדש ב-1919. האוניברסיטה נפתחה מחדש לאחר מלחמת העולם הראשונה ואובדן אוניברסיטת שטרסבורג לצרפת, בדומה לשתי אוניברסיטאות גרמניות אחרות - אוניברסיטת המבורג ואוניברסיטת יוהאן וולפגנג גתה שבפרנקפורט.