ג'ון פיצג'רלד קנדי נולד ב-29 במאי 1917, בברוקליין שבמסצ'וסטס, בנם של איש העסקים ג'וזף קנדי והנדבנית רוז פיצג'רלד. אביו, דמות משפיעה ביותר בחייו, היה מיליונר, פוליטיקאי, דיפלומט ופעיל מרכזי במפלגה הדמוקרטית. סבו של אביו היה מהגר שהגיע מדרום-מזרח פרובינציית לנסטר שבאירלנד. ג'ון היה השני בילדי המשפחה, ובעודו ילד גדל בצילו של אחיו הבכור, ג'וזף, שבו תלה אביו את התקוות לעתידה הפוליטי של המשפחה, ואף למינוי לנשיאות בעתיד. פרט לג'וזף, היו לקנדי עוד שבעה אחים קטנים: רוזמרי, קטלין, יוניס, פטרישיה, רוברט, ג'יין וטד.

ממוזער|250px|בית הולדתו של קנדי בברוקליין (מסצ'וסטס)|ברוקליין, [[מסצ'וסטס]]

קנדי גר בברוקליין במשך עשר שנים ולאחר מכן למד בבתי ספר יוקרתיים. אביו ג'וזף נסע לנסיעות עסקיות לפרקי זמן ארוכים והתמקד בעיקר בוול סטריט ובהוליווד. בספטמבר 1927, עברה המשפחה אל ריברדייל שבניו יורק, וקנדי למד בבית ספר פרטי.}} כעבור שנתיים עברה המשפחה לפרוור. את הקיץ ותחילת הסתיו{{הערה|שם=Kennedy37|{{cite book|title=True Compass: A Memoir|url=https://archive.org/details/truecompassmemoi00kenn|first=Edward M.|last=Kennedy|page=37.|year=2009|isbn=978-0446539258|publisher=Twelve; First Edition edition}}}} בילתה המשפחה בביתה במסצ'וסטס,}} ואת החגים בבית החורף שלהם בפלורידה. בספטמבר 1930 החל קנדי ללמוד בבתי ספר בקונטיקט, אולם בשל דלקת תוספתן שבה לקה עזב את לימודיו.

ממוזער|250px|משפחת קנדי בשנת 1931 ב[[מסצ'וסטס. ג'ון למעלה משמאל בחולצה לבנה]]

בספטמבר 1931 נשלח קנדי לפנימייה היוקרתית "צ'ואט" שבקונטיקט. אחיו ג'וזף כבר הצטיין שם. את השנתיים הראשונות שלו קנדי חווה בצלו של אחיו ופיצה על כך בהתנהגות מרדנית.

באותה תקופה החלו לקנדי בעיות בריאותיות, שהסתיימו באשפוזו בבית החולים ב-1934. ביוני 1934 עבר בית חולים ואובחן אצלו זיהום. ביוני 1935 סיים את לימודיו בבית הספר צ'ואט רוזמרי הול.

בספטמבר 1935 נסע בפעם הראשונה ללונדון עם הוריו ואחותו קייטלין. הוא התכוון ללמוד בבית הספר לכלכלה של לונדון, כמו אחיו הגדול. ולאחר מכן המשיך את לימודיו באוניברסיטת פרינסטון. עד מהרה קנדי הפסיק את לימודיו בשל מחלה. תחילה עלה חשש שחלה בלוקמיה, אך בהמשך, בגיל 30, אובחנה אצלו מחלת אדיסון, מחלה אנדוקרינית כרונית הנגרמת מתת-פעילות של בלוטת יותרת הכליה, וגורמת, בין השאר, לחולשה ולבעיות במערכת העיכול. באותה תקופה לא היו כלים רפואיים מספיקים לאבחונה, וקנדי סבל מהמחלה שנים רבות מבלי שניתן היה להקל על מצבו.{{הערה|{{cite web|title=John F. Kennedy's Princeton University undergraduate alumni file|url=https://blogs.princeton.edu/mudd/2013/11/john-f-kennedys-princeton-university-undergraduate-alumni-file/|website=Mudd Manuscript Library Blog|accessdate=21 December 2015|archiveurl=https://web.archive.org/web/20160801185334/https://blogs.princeton.edu/mudd/2013/11/john-f-kennedys-princeton-university-undergraduate-alumni-file/|archivedate=August 1, 2016 }}}} באביב 1936 עבד באסם עם אחיו.{{הערה|שם=The "House That Jack Bulit": JFK And His Late Brother Built Adobe Shack For Arizona Rancher|{{cite news|last1=Benson|first1=Kenneth Arline|title=The "House That Jack Bulit": JFK And His Late Brother Built Adobe Shack For Arizona Rancher|url=https://news.google.com/newspapers?nid=757&dat=19630814&id=frxOAAAAIBAJ&sjid=3K0DAAAAIBAJ&pg=6934,3275374&hl=en|accessdate=29 August 2016|date=14 August 1963|language=English}}}}{{הערה|שם=The Civilian Conservation Corps in Southern Arizona: Jack and Joe Kennedy in Arizona|{{cite web|last1=Hunt|first1=Sharon E.|title=The Civilian Conservation Corps in Southern Arizona: Jack and Joe Kennedy in Arizona|url=http://cccsouthernarizona.blogspot.co.uk/2013/05/jack-and-joe-kennedy-in-arizona.html|website=The Civilian Conservation Corps in Southern Arizona |accessdate=29 August 2016|language=English|date=14 May 2013}}}}

לאחר הפסקת לימודיו בפרינסטון, המשיך קנדי ללמוד באוניברסיטת הרווארד. הסיבות לכך היו, לטענתו, להמשיך את מורשתו של אביו שגם הוא למד שם.{{הערה|{{קישור כללי|כותרת=JFK's Very Revealing Harvard Application Essay|אתר=The Atlantic|תאריך=2013-11-21|כתובת=https://www.theatlantic.com/education/archive/2013/11/jfks-very-revealing-harvard-application-essay/281699/|שפה=אנגלית|תאריך_וידוא=2020-10-24|הכותב=Eleanor Barkhorn}}}} ביולי 1937 נסע לצרפת. באותה תקופה מונה אביו לשגריר ארצות הברית בממלכה המאוחדת, וקנדי נסע לבקרו מספר פעמים. ביוני 1938 נסע עם אביו ועם ג'וזף כדי לעבוד בשגרירות האמריקנית בלונדון.

ב-1939 נסע לאירופה, אל ברית המועצות, הבלקן ואל המזרח התיכון כהכנה לתזה שלו. לאחר מכן נסע לצ'כוסלובקיה ולגרמניה לפני שחזר ללונדון ב-1 בספטמבר, יום הפלישה לפולין ופרוץ מלחמת העולם השנייה. כעבור יומיים נאמה המשפחה בבית הנבחרים הבריטי ותמכו בהכרזת המלחמה על גרמניה. בתקופה זו גילה עניין במדיניות החוץ, וביקר באיטליה שהייתה תחת שלטון מוסוליני, בגרמניה שהייתה תחת שלטון אדולף היטלר, ובמדינות אירופיות נוספות. כתוצאה מביקורים אלו ומהתעניינותו בענייני חוץ, כתב קנדי עבודת תזה שעסקה בניתוח המדיניות הבריטית בהסכם מינכן, וסיים עמה את התואר מוסמך ביחסים בינלאומיים בהצטיינות בשנת 1940. התזה פורסמה על ידי אביו כספר שנקרא "מדוע נרדמה אנגליה?", והיה לרב-מכר באותה תקופה. לדעתו של קנדי, כפי שמובעת בספרו, לא היו הסכם מינכן והמדיניות שהובילה אליו קשורים בפגמים באופיו של נוויל צ'מברלין או של ההנהגה הבריטית, אלא המשך ישיר לאופיו הבדלני רב השנים של העם הבריטי. בנוסף קרא לברית אנגלו-אמריקנית נגד הטוטליטריזם. קנדי החל לתמוך במעורבות האמריקנית במלחמה, זאת לעומת אביו הבדלן שפוטר מתפקידו כשגריר.

ב-1940 החל ללמוד מנהל עסקים. בתחילת 1941 סייע לאביו לכתוב את זיכרונותיו כשגריר, ולאחר מכן טייל בדרום אמריקה, בקולומביה, באקוודור ובפרו.

קנדי היה חניך בתנועת הצופים של ארצות הברית בגדוד 2 של ברונקסוויל, ניו-יורק. לאחר שחרורו המוקדם מן הצבא היה פעיל גם במועצת הצופים של בוסטון בין השנים 1946 עד 1955, בתור סגן יו"ר מחוזי, חבר של הוועד המנהל, סגן נשיא וחבר המועצה הלאומית של הבוי-סקאוטס של אמריקה, ובשנת 1961 זכה להיות נשיא הכבוד של ארגון הצופים הבנים של אמריקה.{{הערה|{{קישור כללי|כתובת=https://web.archive.org/web/20090831043852/http://www.jfklibrary.org:80/Historical+Resources/Archives/Reference+Desk/John+F.+Kennedy+Miscellaneous+Information.htm|כותרת=John F. Kennedy Miscellaneous Information - John F. Kennedy Presidential Library & Museum|תאריך=31 באוגוסט 2009|תאריך_וידוא=2016-04-16}}}}

באביב 1941 ניסה קנדי לשרת כקצין בצבא, אך נדחה בשל בעיות בגבו. הוא חיזק את עצמו במהלך הקיץ, והתקבל לשירות בצי האמריקאי בספטמבר באותה שנה. ב-26 באוקטובר קודם לדרגת סגן משנה,{{הערה|שם=VT|{{cite web | url=http://www.veterantributes.org/TributeDetail.php?recordID=240 | title=John F. Kennedy, Jr. | publisher=Veteran Tributes | accessdate=1 August 2016|archiveurl=https://web.archive.org/web/20160801193040/http://www.veterantributes.org/TributeDetail.php?recordID=240|archivedate=August 1, 2016 }}}} ובהמשך שירת כקצין זוטר במערך המודיעין של הצי בוושינגטון.{{הערה|שם=maritimequest.com|{{cite web | url=http://www.maritimequest.com/warship_directory/us_navy_pages/pt_boats/uss_pt_109_john_f_kennedy.htm | title=President John Fitzgerald Kennedy (1917–1963) | publisher=Michael W. Pocock and MaritimeQuest.com | accessdate=1 August 2016 | archiveurl=https://web.archive.org/web/20160801193146/http://www.maritimequest.com/warship_directory/us_navy_pages/pt_boats/uss_pt_109_john_f_kennedy.htm|archivedate=August 1, 2016 }}}}{{הערה|שם=history.navy.mil|{{cite web | url=http://www.history.navy.mil/research/histories/biographies-list/bios-k/kennedy-john-f.html | title=John Fitzgerald Kennedy 29 May 1917 – 22 November 1963 | publisher=Naval History and Heritage Command | accessdate=1 August 2016 |archiveurl=https://web.archive.org/web/20160801194504/http://www.history.navy.mil/research/histories/biographies-list/bios-k/kennedy-john-f.html|archivedate=August 1, 2016 }}}}

ממוזער|סגן קנדי (מימין) עם צוות ספינת הסיור שלו ב-1943

בינואר 1942 הוצב קנדי במשרדי המודיעין הימי בקרוליינה הדרומית. לאחר מכן למד בבית הספר לקצינים בשיקגו עד 27 בספטמבר. לאחר מכן התנדב לשרת בספינות טורפדו. ב-10 באוקטובר קודם לדרגת לוטננט. בדצמבר 1942 השלים את לימודיו והופקד על ספינת טורפדו.

הוא פיקד לראשונה על ספינת אימונים PT-101 מ-7 בדצמבר 1942 עד 23 בפברואר 1943. לאחר מכן הוצב בפנמה, וממנה נשלח לחזית כקצין צי באוקיינוס השקט, בו פיקד על שתי סירות טורפדו.{{הערה|{{cite web|url=http://www.history.navy.mil/faqs/faq60-2.htm |title=Lieutenant John F. Kennedy, USN |accessdate=September 17, 2007 |date=June 18, 2002 |work=Naval Historical Center |url-status=dead |archiveurl=https://web.archive.org/web/20070912113627/http://www.history.navy.mil/faqs/faq60-2.htm |archivedate=September 12, 2007 }}}}

שמאל|ממוזער|200px|קנדי על ספינת הסיור שלו בחיל הים

במרץ 1943 קיבל קנדי פיקוד על ספינת טורפדו שמספרה 109-PT. הוא שירת בדרגת סגן, ופיקד על צוות בן 12 אנשים. ב-2 באוגוסט 1943 נוגחה ספינת הטורפדו שלו על ידי משחתת היפנית "אמאגירי". כתוצאה מהניגוח התחולל פיצוץ בספינת הטורפדו, והיא עלתה באש וטבעה, ושניים מצוותה נהרגו. קנדי הוכיח קור רוח בכך שהשתהה בספינה הטובעת והספיק לשלוח ממנה מברק מוצפן קצר שאפשר לכוחות אמריקאים לאתר את הניצולים ולחלצם.}} קנדי נפצע בגבו (הפגוע ממילא), ולאחר שחייה ארוכה הצליח לאסוף את הניצולים לאי קטן וחסר מקורות המים, שנשלט בידי היפנים, ובין היתר גרר פצוע למרחק של 5 ק"מ. באחד הלילות כיוונו תצפיתנים אוסטרלים שצפו בקרב מאי סמוך, שני מקומיים בעלי סירות שאספו במבצע לילי את 11 הניצולים והשיטום לאי רנדובא שנשלט באותו זמן על ידי האמריקאים.{{הערה|קנדי שמר על קשר מכתבים עם שני מציליו, ארוני קומאנא וביוקו גאסא. לקראת 22 בנובמבר 1963 שלח קנדי כרטיסי טיסה לשניהם כדי להזמינם לארצות הברית. כשהגיעו השנים אל שדה התעופה, נמסר להם על הירצחו של קנדי באותו יום.|אתר=BBC|תאריך=6 באוגוסט 2014}}}} בשל פעולות אלו קיבל קנדי את עיטור לב הארגמן ומדליית הצי וחיל הנחתים.{{הערה|{{cite web | url=http://www.jfklibrary.org/JFK/JFK-in-History/John-F-Kennedy-and-PT109.aspx?p=3 | title=John F. Kennedy and PT 109 | publisher=John F. Kennedy Presidential Library and Museum | accessdate=1 August 2016 | archiveurl=https://web.archive.org/web/20160801203240/http://www.jfklibrary.org/JFK/JFK-in-History/John-F-Kennedy-and-PT109.aspx?p=3 | archivedate=August 1, 2016}}}}

הפציעה שנפצע בפעולה זו החמירה את הפגיעה בגבו, והוא אף לקה במלריה וצהבת.

ב-1 בספטמבר 1943, החל לפקד על PT-59, עוד סירת טורפדו שהפכה לספינת תותחים.{{הערה|שם=defensemedianetwork.com|{{cite web | url=http://www.defensemedianetwork.com/stories/jfk-received-non-combat-recognition-for-wartime-action/ | title=John F. Kennedy Received "Non-Combat" Recognition for Wartime Action | publisher=Defense Media Network, Faircount Media Group | accessdate=1 August 2016 | archiveurl=https://web.archive.org/web/20160801204422/http://www.defensemedianetwork.com/stories/jfk-received-non-combat-recognition-for-wartime-action/ | archivedate=August 1, 2016}}}} באוקטובר קודם לדרגת סגן. ב-2 בנובמבר חילצה PT-59 שמונים ושבעה נחתים מאיים שכבשו היפנים. בעקבות הוראות הרופא, שוחרר שחרור מוקדם מטעמי בריאות בתחילת שנת 1944. במאי 2002 איתר צוות של המגזין נשיונל ג'יאוגרפיק את ספינת הטורפדו הטבועה 109-PT בין איי שלמה.{{הערה|{{cite web|url=http://www.history.navy.mil/faqs/faq60-2.htm |title=Record of John F. Kennedy's Naval Service |work=Naval History & Heritage Command |date=June 18, 2002 |accessdate=June 8, 2012 |url-status=dead |archiveurl=https://web.archive.org/web/20120527184324/http://www.history.navy.mil/faqs/faq60-2.htm |archivedate=May 27, 2012 }}}}

החל מינואר 1945 החל לטפל בגבו במעיינות החמים באריזונה.}}

קנדי היה בבית החולים בין מאי לדצמבר 1944. ב-12 באוגוסט 1944, בעודו משרת בצי, קיבל קנדי את הידיעה כי אחיו הבכור, ג'וזף, נהרג במבצע אפרודיטה בהתפוצצות מטוסו.{{הערה|{{cite web | url=http://www.history.com/topics/joseph-kennedy-jr | title=Joseph Kennedy Jr | publisher=A+E Networks Corp. | accessdate=1 August 2016 | archiveurl=https://web.archive.org/web/20160801215357/http://www.history.com/topics/joseph-kennedy-jr | archivedate=August 1, 2016}}}}

ב-1 במרץ 1945, פרש קנדי מהצי בגלל בעיות הבריאות שלו בדרגת סגן. לאחר מכן צחק כששאלו אותו כיצד הפך לגיבור מלחמה, וטען שפשוט חתכו את הסירה שלו לחצי.

באפריל 1945, אביו של קנדי, שהיה חבר של ויליאם רנדולף הרסט, ארגן לבנו משרה ככתב מיוחד עבור עיתוניו של הרסט. המשרה אפשרה לקנדי לשמור על מעמד ציבורי. במאי 1945, כיסה את ועידת פוטסדאם.

כיוון שאחיו הגדול ג'וזף יועד לפוליטיקה מטעם המשפחה, ואביו טיפח אותו לנשיאות, מותו ב-1944 שינה את המצב. אביו, ג'וזף קנדי האב, החליט עתה כי היורש הראוי והנשיא העתידי יהיה ג'ון, בנו השני.

בשנת 1946 החליט נציג מסצ'וסטס לבית הנבחרים של ארצות הברית, ג'יימס מ. קרלי, להתמודד על משרת ראש העיר של בוסטון. משפחת קנדי החליטה כי ג'ון הצעיר ימלא את מקומו בבית הנבחרים, ובאמצעות השפעתה הרבה במפלגה הדמוקרטית נבחר קנדי למתמודד מטעמה, כשהוא משיג 12% מהקולות מול עשרה מועמדים אחרים. היה זה הימור בטוח, שכן מסצ'וסטס הייתה מאז ומעולם מעוז של המפלגה הדמוקרטית, וכל מתמודד מטעמה זכה בבחירות באופן כמעט אוטומטי. קנדי נבחר לבית הנבחרים של ארצות הברית בנובמבר 1946 מטעם המחוז ה-11 של מסצ'וסטס, עם 73% מהקולות, למרות הרוב הרפובליקני שהושג אז בבית הנבחרים, והוא בן 30 בלבד. יחד עם ריצ'רד ניקסון וג'וזף מקארתי, היה קנדי אחד מיוצאי מלחמת העולם השנייה שנבחרו לראשונה לקונגרס באותה השנה.

קנדי שירת בבית הנבחרים במשך שש שנים, והצטרף לוועדת כוח העבודה והחינוך ולוועדה לטיפול ביוצאי צבא. הייתה זו תקופת נשיאותו של הנשיא הארי טרומן. על הפרק עמדו נושאים כבדי משקל, כגון שיקומן של ארצות הברית ושל אירופה לאחר המלחמה, היחס למשטר הקומוניסטי בסין והמלחמה הקרה, שהחלה אז לתת את אותותיה. כחבר בית הנבחרים תמך קנדי בדרך כלל במדיניותו של טרומן בכל הנוגע למדיניות הפנים, והתנגד לחוק יחסי העבודה של 1947 שהגביל את כוחם של האיגודים המקצועיים. הוא תמך בדוקטרינת טרומן בשעתו אך השמיע מדי פעם ביקורת על דרכו של טרומן במדיניות החוץ. אף על פי שלא היה אנטי קומוניסט חריף כמקארתי, תמך קנדי בחוק האזרוח והלאומיות של 1952, שדרש רישום של הקומוניסטים, וביקר את אובדנה של סין.

ממוזער|ימין|קנדי שוכב על אלונקה לאחר ניתוח בגבו, מלווה בג'קי, דצמבר 1954

ממוזער|175px|קנדי תומך בעדלי סטיבנסון כמועמד הדמוקרטי הנשיאותי בוועידה הדמוקרטית הלאומית של 1956 ב[[שיקגו]]

עוד בתחילת 1949 החל קנדי להתכונן לרוץ לתפקיד הסנאטור ב-1952, מול הנציג הרפובליקני הנרי קבוט לודג' הבן, שכיהן כבר שמונה עשרה שנים בסנאט והיה שגרירה הראשון של ארצות הברית לאו"ם. הייתה זו שנה לא טובה פוליטית למפלגה הדמוקרטית. באותה שנה נבחר הנשיא דווייט אייזנהאואר תוך סיום שליטה דמוקרטית בת 20 שנים בבית הלבן. ג'וזף קנדי מימן וניהל את מועמדותו של בנו, ואחיו הקטן רוברט קנדי הפך לחבר חשוב בצוות הבחירות. אף על פי שאייזנהאואר ניצח במסצ'וסטס בהפרש של 208,000 קולות, לאחר מרוץ צמוד ניצח קנדי את לודג' ברוב של 70,000 קולות.}} באותה השנה נישא לג'קלין בובייה.

כסנאטור מונה קנדי לוועדת העבודה והרווחה בסנאט וכן לוועדת יחסי החוץ. בדרך כלל ייצג נאמנה את בני מסצ'וסטס, והעביר חוקים שסייעו למדינה ובמיוחד לקהילת העסקים.

בתקופה זו סבל מאוד מהבעיות בגבו, עבר סדרת ניתוחים במשך שנתיים, והמעיט מאוד בהיקף פעילותו בסנאט. פעמים רבות היה על ערש דווי. בעודו מחלים מהניתוחים, כתב ספר על פעולות אמיצות של חברי הסנאט באמריקה, אשר הצביעו נגד דעת הרוב ונגד דעת בוחריהם בנושאים חשובים שעל הפרק. הספר, "דיוקנאות באומץ", היה לרב מכר, וזיכה את קנדי בפרס פוליצר ב-1957. (הספר יצא לאור בעברית בשם "אומץ ופוליטיקה", בהוצאת מסדה בשנת 1960). מאוחר יותר התברר כי כתיבת הספר נעשתה בעיקרה בידי יועצו הקרוב של קנדי וכותב הנאומים שלו, טד סורנסן , כפי שסיפר סורנסון ב-2008 בביוגרפיה שלו.{{הערה|{{cite web | last = Tofel | first = Richard J. | url = https://www.wsj.com/articles/SB121029817046479539?mod=2_1167_1 | title = Wall Street Journal, May 9, 2008, p. W3, review of Counselor, by Ted Sorensen |work=The Wall Street Journal | date = May 9, 2008 | accessdate =March 28, 2010}}}}

בשנת 1956, בוועידה הדמוקרטית הלאומית, נאם את נאום הצגת המועמדות של המועמד הנשיאותי, עדלי סטיבנסון. לאחר שסטיבנסון אישר לוועידה לבחור בסגנו, הציג את מועמדותו לתפקיד המועמד הדמוקרטי לסגן נשיא ארצות הברית. הוא נכשל בכך והגיע למקום השני לאחר הסנאטור אסטס קאפובר מטנסי, אך קיבל את החשיפה הלאומית שבה חפץ, ולמעשה היה לדמות פוליטית מוכרת במישור הלאומי.}}

במהלך כהונתו בסנאט עלה חוק זכויות האזרח של הנשיא אייזנהאואר משנת 1957 לדיון. קנדי התנגד לחוק בהתאם לעמדת מפלגתו שבקשה לפייס את הדמוקרטים הדרומיים שהתנגדו לחוק. עם זאת, הוא תמך בסעיף בחוק שנועד להקנות לתובע הכללי סמכויות נרחבות, אולם מנהיג הרוב בסנאט לינדון ג'ונסון חסם את החוק. קנדי גם תמך בחוק שנועד לתקן את חבר המושבעים, אף על פי שתומכי החוק טענו שהסעיף יחליש אותו. חוק פשרה, בו תמך קנדי, עבר בספטמבר 1957.

ממוזער|שמאל|מתארח ב־The Tonight Show ב-1959.

בשנת 1958 נבחר שוב לסנאט ברוב מוחץ ובהפרש של 874,608 קולות. היה זה הרוב הגדול ביותר בפוליטיקה של מסצ'וסטס. באותה התקופה יצא סרט עליו כסנאטור.{{הערה|{{cite web|url=http://www.jfklibrary.org/Asset-Viewer/Archives/JFKPPP-64.aspx|title=The U.S. Senator John F. Kennedy Story|work=jfklibrary.org|accessdate=August 25, 2015 | archiveurl=https://web.archive.org/web/20160802120837/http://www.jfklibrary.org/Asset-Viewer/Archives/JFKPPP-64.aspx | archivedate=August 2, 2016}}}} לקראת הבחירות לנשיאות בשנת 1960, הכריז על מועמדותו למשרת הנשיא.

בבחירות המקדימות עמדו מולו שלושה מתמודדים בעלי ותק וכישורים – מושל אילינוי עדלי סטיבנסון, שהיה מועמד בשנים 1952 ו-1956, הסנאטור יוברט המפרי ממינסוטה, והסנאטור לינדון ג'ונסון מטקסס. קנדי ניצח במערכת בחירות קשה ומסובכת, ונבחר כמועמד המפלגה הדמוקרטית לנשיאות ב-13 ביולי 1960. הוא בחר כמועמדו לסגן הנשיא את לינדון ג'ונסון, בן טקסס, בצעד שנועד לחזק את התמיכה בו, מועמד ליברלי, קתולי ועירוני, בקרב הדרום השמרני, הפרוטסטנטי והכפרי.

אביו של קנדי תמך בסנאטור ג'וזף מקארתי, שהיה חבר של המשפחה. רוברט היה אחד מעוזריו הבכירים של מקארתי בוועדה, ומקארתי אף יצא עם פטרישיה קנדי. לעומת זאת, קנדי התנגד פומבית למדיניותו של חברו לסנאט, אך סירב להוקיעו.

ממוזער|ימין|משפחת קנדי עורכת מסע בחירות בוויסקונסין, מרץ 1960

ב-2 בינואר 1960, הכריז קנדי על מועמדותו לנשיאות מטעם המפלגה הדמוקרטית. רבים פקפקו בניסיונו ובגילו, אולם הכריזמה והרהיטות שלו אפשרו לו להשיג תמיכה רחבה. המכשול הגדול ביותר למועמדותו הייתה דתו, כיוון שרבים התנגדו לנצרות הקתולית, אולם תמיכתו המובהקת בהפרדת הדת מהמדינה סייעה לו להתגבר על התנגדות זאת, ומנגד דתו הביאה לו תמיכה מצד קתוליים. קנדי התמודד עם כמה מועמדים במערכת הבחירות המקדימות, כולל עדלי סטיבנסון, הסנאטור יוברט האמפרי ומנהיג הרוב בסנאט לינדון ג'ונסון. קנדי נסע ברחבי המדינה כדי להשיג תמיכה ממנהיגי המפלגה והבוחרים. מנהיגי המפלגה עדיין שלטו ברוב הצירים, אולם כמה מדינות גם ערכו בחירות מקדימות, וקנדי ניסה לנצח בכמה מהן כדי לחזק את סיכוייו. המבחן הראשון שלו היה ניצחון בבחירות בוויסקונסין, שחיסל את סיכוייו של האמפרי להיבחר. קנדי והאמפרי התמודדו גם בבחירות בווירג'יניה המערבית, בה לא הייתה אוכלוסייה קתולית גדולה בניגוד לוויסקונסין. קנדי ניצח בבחירות, והרשים רבים במפלגה, אולם עם תחילת הוועידה הלאומית עדיין לא היה ברור אם ייבחר.

שמאל|ממוזער|250px|ג'ון קנדי וריצ'רד ניקסון משתתפים בעימות הנשיאותי, 1960

לקנדי היו רוב הצירים, אולם לא מספיק כדי להבטיח את ניצחונו. סטיבנסון, המועמד ב-1952 וב-1956, נשאר אהוד במפלגה, וג'ונסון קיווה לזכות במועמדות בתמיכת מנהיגי המפלגה. קנדי זכה גם להתנגדותו של הנשיא לשעבר הארי טרומן, שדאג בנוגע לחוסר ניסיונו. כשהוא יודע שסיבוב שני יאפשר לג'ונסון או למועמד אחר להיבחר, מטה הבחירות המאורגן של קנדי הצליח להשיג תמיכה ממספיק צירים כדי להיבחר בסיבוב הראשון. למרות התנגדות אחיו ותומכיו הליברלים, קנדי בחר בג'ונסון כסגנו, מתוך אמונה שהסנאטור מטקסס יסייע לו, המועמד הליברלי, הקתולי והעירוני, לזכות בדרום ארצות הברית הפרוטסטנטי והכפרי. עם קבלת המועמדות, נאם קנדי את נאום "הסְפר החדש" (The New Frontier) שבה דרש מן האמריקאים "להיות חלוצים בספר החדש". "הספר החדש" לא היה מקום גאוגרפי, כי אם דרך חשיבה, דרך פעולה – להתקדם אל העתיד תוך שיפור מתמיד בחינוך, בתעסוקה ובתחומים אחרים, דרך חידושים מדעיים, והנחלת הדמוקרטיה והחירות לעולם כולו.}}

ימין|ממוזער|220px|הנשיא דווייט אייזנהאואר נפגש עם הנשיא הנבחר ג'ון פ. קנדי, דצמבר 1960

אל מול קנדי הציבה המפלגה הרפובליקנית כמועמד לתפקיד הנשיא את סגן הנשיא המכהן ריצ'רד ניקסון. ניקסון נחשב ככוכב עולה בפוליטיקה האמריקאית, וכמומחה למדיניות חוץ. השניים היו בעלי רקורד פוליטי דומה. ניקסון אמנם, בניגוד לקנדי, לא בא ממשפחה עשירה ובעלת השפעה, אבל שניהם היו בני אותו דור, לחמו במלחמת העולם השנייה, והקריירה שלהם התקדמה על פסים דומים. ניתן היה לומר שבתקופת שירותם המשותף בבית הנבחרים, התפתחה אף ידידות ביניהם.

בתחילת מסע הבחירות בסתיו, הוביל ניקסון על קנדי בשישה אחוזים. הנושאים המרכזיים היו המיתון שהתרחש, דתו של קנדי, המהפכה הקובנית והאם תוכניות החלל והטילים הסובייטיות עקפו את אלו של ארצות הברית. מתוך חשש שדתו הקתולית תשפיע על החלטותיו, הודיע ב-12 בספטמבר 1960: "אני לא המועמד הקתולי לנשיאות, אני המועמד הדמוקרטי לנשיאות שהוא במקרה קתולי. אני לא מדבר בשם הכנסייה שלי בענייני ציבור – והכנסייה שלי לא מדברת בשמי".{{הערה|{{cite web | url = http://www.americanrhetoric.com/speeches/jfkhoustonministers.html | title = Address to the Greater Houston Ministerial Association | accessdate =September 17, 2007 | last = Kennedy | first = John F. | date = June 18, 2002 | work = American Rhetoric | archiveurl=https://web.archive.org/web/20160802122054/http://www.americanrhetoric.com/speeches/jfkhoustonministers.html | archivedate=August 2, 2016}}}} קנדי גם שאל האם רבע מהאמריקנים הם אזרחים מדרגה שנייה רק מפני שהם קתולים. בנוסף טען שבצי, אף אדם לא שאל בנוגע לדתו.

המרכיב העיקרי שהפך את מערכת הבחירות של שנת 1960 לחשובה ולציון דרך בדמוקרטיה האמריקאית, הוא השימוש בטלוויזיה. קנדי וניקסון ערכו ארבעה עימותים טלוויזיוניים פומביים – ב-26 בספטמבר, ב-7 באוקטובר, ב-13 באוקטובר וב-21 באוקטובר 1960. עימותים אלו, נצפו בצפיית שיא של כ-70 מיליון צופים, שלראשונה יכלו להתרשם בצורה בלתי אמצעית מן המועמדים לנשיאות, לא כדמות המצולמת מזווית מחמיאה, בנאום מחושב וערוך היטב על מסך הקולנוע, או נצפית מרחוק באספת בחירות, אלא בשידור ישיר, לא ערוך, על מסך הטלוויזיה בסלון המשפחתי. העם האמריקאי, אשר בחר לנשיאות אדם נכה, כפרנקלין דלאנו רוזוולט, עובדה שהוסתרה היטב ובצורה מחושבת במהלך ארבע תקופות כהונתו, או אדם גוסס כוודרו וילסון אשר בילה זמן רב במיטתו, כשיועציו ואשתו הצעירה מנהלים למעשה את ארצות הברית, יכול עתה להתרשם בפעם הראשונה מן האנשים שעמדו לבחירה.

ניקסון היה חלוץ השימוש בטלוויזיה. כשהואשם בעבר בקבלת מתנות בצורה בלתי חוקית, נשא נאום טלוויזיוני נרגש, המכונה "נאום צ'קרס" בו טען כי המתנה היחידה שקיבל היה כלב קוקר ספניאל בשם צ'קרס, אך אינו מוכן לוותר עליו שכן בנותיו אוהבות אותו כל כך. נאום זה הציל את הקריירה שלו. ניקסון היה משוכנע כי ביכולתו לנצח בבחירות בעזרת שימוש במדיה החדשה. בפועל עשה ניקסון שגיאות רבות – הוא הגיע לא מגולח לאולפן, וכשהוא סובל מכאבים בברכו. הוא סירב להתאפר, והחליפה שלבש לא תאמה את הרקע של האולפן, כך שבצילום השחור לבן של אותה תקופה נבלע ניקסון ברקע. קנדי, לעומתו, הגיע מוכן ונמרץ. הוא שידר רוח נעורים, היה לבוש היטב ומגולח. על אף בעיות חמורות בגבו, ששיתקו אותו לתקופות של חודשים, ועל אף שסבל ממחלה כרונית, נראה קנדי שזוף, צעיר וחסון, וניקסון נראה חולני, מרושל וחסר אנרגיה. התוצאה הייתה כי רובם של אלו שהאזינו לעימותים ברדיו סברו כי ניקסון ניצח, בעוד שרוב האמריקנים – שבעים מיליון – צפו בהם בטלוויזיה וסברו שקנדי ניצח בעימות.

ימין|ממוזער|275px|תוצאות הבחירות ב-1960 (בכחול – המדינות שבהן ניצח קנדי)

קנדי צבר תאוצה לאחר העימות הראשון והוביל על ניקסון במקצת ברוב הסקרים. הבחירות עצמן, שהתקיימו ב-8 בנובמבר 1960, היו בין הצמודות בהיסטוריה של ארצות הברית. קנדי ניצח ברוב דחוק ביותר. לקנדי הצביעו 49.9% מן המצביעים – 34,227,096 בוחרים, ואילו ניקסון קיבל את קולותיהם של 49.6% מן המצביעים – 34,108,546 בוחרים. הוא זכה ל-303 אלקטורים לעומת 219 לניקסון (269 אלקטורים היו דרושים לניצחון). ארבעה עשר אלקטורים ממיסיסיפי ומאלבמה סירבו לתמוך בו כיוון שתמך בתנועה לזכויות האזרח, ותמכו במקום בסנאטור הארי פ. בירד מווירג'יניה, וכך גם אלקטור מאוקלהומה. לאחר הבחירות נשמעו טענות על זיוף תוצאות הבחירות בשיקגו שהבטיחו לקנדי את הניצחון במדינת אילינוי ואורגן לכאורה על ידי אביו רב ההשפעה, ואולם אלו לא התקבלו.

עם בחירתו לנשיאות היה קנדי, בן ה-43, לנשיא הצעיר ביותר שנבחר לנשיאות אי פעם (אמנם תאודור רוזוולט היה צעיר ממנו כשמונה לנשיא, אך הוא לא נבחר לתפקיד אלא מונה לאחר רציחתו של הנשיא ויליאם מקינלי). קנדי היה גם הקתולי הראשון שנבחר לנשיאות.

נשיאותו של קנדי החלה ב-20 בינואר 1961, עם השבעתו כנשיאה ה-35 של ארצות הברית, והסתיימה ב-22 בנובמבר 1963, כשנרצח, ונמשכה סך הכול 1,036 ימים. ירש אותו סגנו לינדון ג'ונסון. קנדי מילא תפקיד חשוב בהפיכת הפוליטיקה למודרנית והשתמש בטלוויזיה כדי לדבר עם הבוחרים באופן ישיר.{{הערה|שם=JFK-IL|{{cite web|url= https://millercenter.org/president/kennedy/impact-and-legacy| title= John F. Kennedy: Impact and Legacy| publisher= Miller Center of Public Affairs, University of Virginia| accessdate=April 28, 2017}}}}{{הערה|{{cite news| last1=Cramer| first1=Kathryn| last2=Bruce | first2=Brownell| title=JFK’s legacy: The party’s over| work=The Great Debate| url=http://blogs.reuters.com/great-debate/2013/11/21/jfks-legacy-the-partys-over/| accessdate=September 1, 2016| publisher=Reuters| date=November 22, 2013}}}}

כהונתו של קנדי עמדה בצל המלחמה הקרה עם ברית המועצות ובעיקר עם קובה. ניסיון כושל באפריל 1961 להדיח את ממשלת פידל קסטרו הוביל למשבר ואת האנושות לסף מלחמה גרעינית.

ממוזער|326x326 פיקסלים|ג'ון קנדי ג'וניור משחק מתחת ל[[שולחן הרזולוט בזמן עבודתו של אביו]]

ג'ון קנדי נכנס לתפקיד הנשיא לאחר תקופת הנשיאות הארוכה של הנשיא דווייט אייזנהאואר, שהיה אדם שמרן ואפור במידה רבה. קנדי הגיע לבית הלבן כשלצידו אשתו ג'קי, בת 31 בעת תחילת הכהונה, ושני ילדיהם הקטנים, קרוליין וג'ון ג'ון. מזה זמן רב לא הייתה בבית הלבן "גברת ראשונה" המטפלת בתינוק. קנדי הביא לבית הלבן רוח נעורים. לראשונה כלל הבית הלבן פעוטון, בריכת שחייה, חדר משחקים ובית עץ על המדשאה. קנדי הקפיד להצטלם כשהוא משחק עם ילדיו. ג'קי, מצדה, החליטה להפוך את הבית הלבן למרכז תרבותי, שייצג את ההיסטוריה האמריקאית. היא אספה חפצי אמנות ורהיטים עתיקים, וביצעה בבית הלבן שיפוצים נרחבים. הזוג שידר סוג של זוהר שהיה עד אז נחלתם של כוכבי קולנוע. הבית הלבן כונה "קמלוט" על שם טירתו האגדית של המלך ארתור. בין באי הבית הלבן היו משוררים, סופרים, מדענים, כוכבי קולנוע וספורטאים.

הייתה זו חזות נוצצת, אך מתחתיה היה זרם עכור של טרגדיות אישיות, ובראשן מות בנו התינוק של קנדי, פטריק קנדי, שנפטר מספר ימים לאחר לידתו, באוגוסט 1963. קנדי סבל במהלך כל התקופה מבעיות הבריאות שליוו אותו כל חייו, ובמיוחד מבעיות בגבו. דבר זה לא הפריע לו לנהל מספר רומנים מחוץ לנישואים שהוסתרו היטב מעיני הציבור. בין היתר, נראה כי היה לו רומן עם שחקנית הקולנוע מרילין מונרו, וזכורה במיוחד הופעתה הפומבית ביום הולדתו, בה שרה לו את השיר "יום הולדת שמח, אדוני הנשיא" בקול מלחשש ובנימה אינטימית.

קנדי עבד שעות רבות. הוא היה קורא שישה עיתונים עוד במהלך ארוחת הבוקר, קיים פגישות עם מדינאים ואישים אחרים במהלך היום, וקרא דו"חות מיועציו. ממשלו השתמש היטב במדיה, ובמיוחד בטלוויזיה. שידורים מהחדר הסגלגל ומסיבות עיתונאים מצולמות הפכו לדבר שבשגרה.

ממוזער|נשיא בית המשפט העליון של ארצות הברית, [[ארל וורן, משביע את קנדי לנשיאות ב-20 בינואר 1961]]

קנדי הושבע לנשיאות ב-20 בינואר 1961, באגף המזרחי של הקפיטול. נשיא בית המשפט העליון של ארצות הברית, ארל וורן, השביע אותו.{{הערה|{{cite web| url=https://www.inaugural.senate.gov/about/past-inaugural-ceremonies/44th-inaugural-ceremonies/| title=The 44th Presidential Inauguration: January 20, 1961| publisher=Joint Congressional Committee on Inaugural Ceremonies| accessdate=April 4, 2017| archive-date=2017-10-23| archive-url=https://web.archive.org/web/20171023075800/https://www.inaugural.senate.gov/about/past-inaugural-ceremonies/44th-inaugural-ceremonies/|url-status=dead}}}}

את השקפת עולמו ייצג היטב בנאום קבלת הכהונה שלו ב-20 בינואר 1961 שבו אמר "אל תשאל מה מדינתך יכולה לעשות למענך, שאל מה אתה יכול לעשות למען מדינתך". קנדי דרש מאומות העולם להילחם במה שכינה "האויבים המשותפים של המין האנושי": עריצות, עוני, מחלות והמלחמה עצמה.}}

נאום קבלת הכהונה הדגיש את ביטחונו של קנדי שממשלו יבצע תפנית במדיניות חוץ ופנים. ההבדל בין חזונו האופטימי לבין הלחץ הפוליטי מבית היה מאפיין בולט של כהונתו.

ממוזער|375px|הנשיא קנדי (יושב) עם צוות הבית הלבן

• הנשיא: ג'ון פ. קנדי (1961–1963)
• סגן הנשיא: לינדון ג'ונסון (1961–1963)
• מזכיר המדינה: דין ראסק (1961–1963)
• מזכיר האוצר: קלרנס דאגלס דילון (1961–1963)
• מזכיר ההגנה: רוברט מקנמארה (1961–1963)
• התובע הכללי: רוברט קנדי (1961–1963)
• המנהל הכללי של הדואר: ג'. אדוארד דיי (1961–1963), ג'ון גרונוסקי (1963)
• מזכיר הפנים: סטיוארט יודול (1961–1963)
• מזכיר החקלאות: אורוויל פרימן (1961–1963)
• מזכיר המסחר: לותר הודג'ס (1961–1963)
• מזכיר העבודה: ארתור גולדברג (1961–1962), ו. וילארד וירץ (1962–1963)
• מזכיר הבריאות, החינוך והרווחה: אברהם ריביקוף (1961-1962), אנתוני ג'וזף סלברצה (1962–1963)

בניגוד לאייזנהאואר, שינה קנדי את מבנה הבית הלבן במהירות. הוא העדיף מבנה מעגלי בו כל הדוברים נתנו בפניו דין וחשבון. הוא היה מוכן להחליט החלטות מהירות במצב הזה, שילב בין ותיקים לחדשים ולמד את התפקיד תוך כדי. אחיו, רוברט, שירת כתובע הכללי, ונחשב ל"עוזר הנשיא".{{הערה|שם=asstpresident|{{cite news|title=Bobby Kennedy: Is He the 'Assistant President'?|url=http://www.usnews.com/news/articles/2015/06/05/bobby-kennedy-is-he-the-assistant-president|accessdate=31 August 2016|publisher=US News and World Report|date=19 February 1962}}}} היועץ לביטחון לאומי, מקג'ורג' באנדי, הפך לאחד מעוזריו הבולטים של קנדי בתחומי חוץ, בעוד טד סורנסן היה היועץ בנושאי פנים וכתב לקנדי נאומים רבים. סגן הנשיא לינדון ג'ונסון מודר במהלך כהונת קנדי.{{הערה|שם=doshinsky1|{{cite news|last1=Oshinksy|first1=David|title=Fear and Loathing in the White House|url=https://www.nytimes.com/books/97/10/26/reviews/971026.26oshinkt.html|accessdate=31 August 2016|publisher=New York Times|date=26 October 1997}}}}

קנדי מינה שני שופטים לבית המשפט העליון של ארצות הברית:{{הערה|}}

• ביירון וייט, הוגש לאישור ב-3 באפריל 1962 ואושר בסנאט ב-11 באפריל. פרש ב-1993.
• ארתור גולדברג, כמחליף לפליקס פרנקפורטר, הוגש לאישור ב-31 באוגוסט 1962, ואושר בסנאט ב-25 בספטמבר. התפטר מבית המשפט ב-1965.

בנוסף מינה קנדי עשרים ואחד שופטים לבית המשפט לערעורים ו-102 שופטים לבתי המשפט המחוזיים.

ממוזער|קנדי במיאמי, פלורידה, 18 בנובמבר 1963

קנדי קרא לתוכניות הפנים שלו "הסְפר החדש", והן כללו הצעות לביטוח רפואי לקשישים, השקעה ממשלתית בחינוך, והקמת מחלקה לשיכון ולפיתוח עירוני. קנדי גם קרא לקיצוצים במיסים לצורך התנעת הכלכלה. רוב תוכניותיו נחסמו בידי הקואליציה השמרנית של הרפובליקנים והדמוקרטים הדרומיים בשני הקונגרסים בכהונתו. בגלל ההתנגדות מצד הקונגרס, קנדי עסק יותר בנושאים בינלאומיים מאשר בתוכניות הפנים השאפתניות שלו.

קנדי סיים תקופה של מדיניות פיסקלית מרסנת, והרחיב את המדיניות המוניטרית כדי להוריד את שיעורי הריבית כדי לעודד את צמיחת הכלכלה. הוא הגיש את התקציב הממשלתי הראשון שעבר את מאה מיליארד הדולרים, ב-1962, ותקציבו הראשון ב-1961 היה התקציב הגירעוני הראשון של המדינה שאינו בתקופת מלחמה ואינו בתקופת מיתון.

הכלכלה, שעברה שתי תקופות מיתון במשך שלוש שנים, והייתה במיתון כשקנדי נכנס לתפקידו, התאוששה מאוד במהלך כהונתו. למרות האינפלציה ושיעורי הריבית הנמוכים, התמ"ג צמח בשיעור ממוצע של 2.2% לשנה בתקופת אייזנהאואר (מעט מעל גידול האוכלוסין של אותה התקופה) ובשנתו האחרונה של אייזנהאואר ירד באחוז.}} הכלכלה שגשגה בתקופת קנדי. התמ"ג צמח בממוצע של 5.5% במהלך כהונתו, ואילו האינפלציה נותרה יציבה בסביבות אחוז אחד והאבטלה ירדה.{{הערה|שם=GDP 1913 to 2002|{{cite web|url=http://www.census.gov/statab/hist/HS-36.pdf |archive-url=https://web.archive.org/web/20050511134314/http://www.census.gov/statab/hist/HS-36.pdf |url-status=dead |archive-date=May 11, 2005 |title=Consumer and Gross Domestic Price Indices: 1913 to 2002 |publisher=U.S. Census Bureau |format=PDF |year=2003 |accessdate=February 23, 2012 }}}} שיעור התפוקה התעשייתית עלה ב-15% ושיעורי מכירת המכוניות עלו ב-40%.{{הערה|שם=Statistical Abstract 1964|{{cite web | url = http://www2.census.gov/prod2/statcomp/documents/1964-01.pdf | title = Statistical Abstract of the United States, 1964 | publisher = U.S. Department of Commerce| format = PDF | date = July 1964 | accessdate =March 28, 2010 }}}} הצמיחה הזאת נמשכה עד ל-1969.

ב-1962, כשהכלכלה המשיכה לצמוח, החל קנדי לחשוש בנוגע לאינפלציה. הוא ביקש מתאגידים ואיגודים מקצועיים לעבוד ביחד כדי לשמור על מחירים נמוכים והצליח בתחילה. אחיו בובי טען שתעשיית הפלדה יצרה קרטל במחירים ופעולותיו נגד הקרטל מנעו עליית מחירים בתחום.}} עיתון הוול סטריט ג'ורנל טען שהממשל פעל באיומים ובצורה של מדינת משטרה. בעיתון הניו ריפבליק נטען שהממשל הפר את זכויות האזרח.

לעומת זאת, שיבח הניו יורק טיימס את קנדי וטען שעליית המחירים בתעשיית הפלדה יכלה לפגוע ברווחה הכלכלית ולגרום לאינפלציה.{{הערה|שם=NY Times 1962|{{cite news | title = Inflation in Steel | date = April 12, 1962 | work = New York Times | url = http://select.nytimes.com/gst/abstract.html?res=F00615FD3F5C117B93C0A8178FD85F468685F9&scp=2&sq=Inflation%20in%20Steel&st=cse}}}} למרות זאת, אגף התקציבים בממשל דיווח שהעלייה במחירים יכלה לסייע לתמ"ג ולעודף בתקציב. שוק המניות, שירד בהתמדה מאז היבחרו של קנדי, ירד ב-10% לאחר ההחלטה של הממשל לפעול נגד תעשיית הפלדה.

לכעסם של יועציו הכלכליים שרצו שיוריד מיסים, הסכים קנדי לתקציב מאוזן מעט לאחר כניסתו לתפקיד. הוא הסכים בתמורה להגדלת מספר החברים בוועדת החקיקה של בית הנבחרים מהלך שנתן לדמוקרטים עוד השפעה בוועדה. לאחר הידרדרות כלכלית ב-1962, הציע קנדי הורדת מיסים כדי להתניע את הכלכלה.

בנאום מצב האומה ב-1963, הציע קנדי רפורמת מס משמעותית, והקטנת שיעורי מס ההכנסה משיעור של בין 20% ל-90% לשיעור בין 14% ל-65%. הוא הציע הקטנת מס חברות מ-52% ל-47%. קנדי הודיע ששיעור המס המרבי צריך להיות 70% ללא ביטול ניכויים מסוימים לעשירון העליון.{{הערה|שם=Jaikumar 2011|{{cite news | last=Jaikumar| first=Arjun| title=On taxes, let's be Kennedy Democrats. Or Eisenhower Republicans. Or Nixon Republicans. | url = http://www.dailykos.com/story/2011/07/10/992860/-On-taxes,-lets-be-Kennedy-Democrats-Or-Eisenhower-Republicans-Or-NixonRepublicans- | work=Daily Kos | date=July 10, 2011 | accessdate=February 23, 2012 }}}} באותה השנה, בנאום בפני המועדון הכלכלי של ניו יורק, טען שהאמת הפרדוקסלית היא ששיעורי המס גבוהים מדי וההכנסות נמוכות מדי, ושהדרך היחידה להעלות את ההכנסה בטווח הארוך היא הורדת מיסים מידית.

ב-26 בפברואר 1964, חודשיים לאחר מותו של קנדי, אישר הקונגרס חוק להורדת שיעור מס ההכנסה המרבי ליחידים ל-70%, ואת שיעור מס החברות המרבי ל-48%.}}

כנשיא, פיקח קנדי על ההוצאה להורג הממשלתית האחרונה לפני הקפאת עונש המוות ב-1972.{{הערה|{{cite web | url = http://users.bestweb.net/~rg/execution/DATA%20FEDERAL.htm | archiveurl = https://web.archive.org/web/20030413002030/http://users.bestweb.net/~rg/execution/DATA%20FEDERAL.htm | archivedate = April 13, 2003 | title = Executions 1790 to 1963 | publisher = Web.archive.org | date = April 13, 2003 | accessdate =February 23, 2012 }}}} הפושע נשפט למוות בבית משפט באיווה והוצא להורג ב-15 במרץ 1963.{{הערה|שם=Goldberg 2001|{{cite news | url = https://www.nytimes.com/2001/05/06/us/federal-executions-have-been-rare-but-may-increase.html | title = Federal Executions Have Been Rare but May Increase | date = May 6, 2001 | last = Goldberg |first = Carey | work = The New York Times | accessdate =February 23, 2012 }}}} קנדי שינה עונש מוות שנפסק בידי בית דין צבאי למאסר עולם.{{הערה|שם=Riechmann 2008|{{cite news | url = http://abcnews.go.com/Politics/wireStory?id=5468945 | title = Bush: Former Army cook's crimes warrant execution | work = ABC News | last = Riechmann | first= Deb | agency = Associated Press | date = July 29, 2008 | accessdate =February 23, 2012 | archiveurl = https://web.archive.org/web/20080731085456/http://abcnews.go.com/Politics/wireStory?id=5468945 | archivedate = July 31, 2008 }}}} ב-22 במרץ 1962, חתם קנדי על חוק שביטל את עונש המוות על רצח מדרגה ראשונה במחוז קולומביה, המקום היחיד שעוד אישר עונש מוות כזה.{{הערה|שם=JFKlibrary.org leg|{{cite web | url = http://www.jfklibrary.org/Research/Research-Aids/Ready-Reference/Legislative-Summary-Main-Page/District-of-Columbia.aspx | title = Legislative Summary: District of Columbia | accessdate =June 8, 2015 | publisher = John F. Kennedy Presidential Library }}}} מאז 1957 לא בוצע עונש מוות במחוז קולומביה, והחוק בוטל לבסוף.}}

ב-14 בדצמבר 1961, חתם קנדי על צו נשיאותי שהקים ועדה למעמד האישה שתייעץ לו בנושא.{{הערה|{{cite web | last = Kennedy | first = John F. | url = http://www.presidency.ucsb.edu/ws/index.php?pid=58918/ | title = Executive Order 10980—Establishing the President's Commission on the Status of Women | date = December 14, 1961 | accessdate =January 25, 2011 | others = Online by Gerhard Peters and John T. Woolley, The American Presidency Project }}}} הגברת הראשונה לשעבר אלינור רוזוולט עמדה בראש הוועדה עד למותה ב-1962. הדו"ח האחרון של הוועדה הוגש באוקטובר, 1963. הוא תיאר את האפליה המגדרית מבחינה חוקית ותרבותית והמליץ על כמה צעדים כדי לשנות את המצב. הקמת הוועדה הובילה את הקונגרס להגיש מספר חוקים בנושא מעמד האישה, ביניהם חוק תשלום שווה ב-1963, שהיה תיקון לחוק תקני העבודה ההוגנים שביטל את האפליה המגדרית בנושא שכר. קנדי חתם על החוק ב-10 ביוני 1963.{{הערה|{{cite web|url=http://archive.eeoc.gov/epa/anniversary/epa-40.html |title=The Equal Pay Act Turns 40 |publisher=Archive.eeoc.gov |accessdate=March 26, 2011 |url-status=dead |archiveurl=https://web.archive.org/web/20120626131413/http://archive.eeoc.gov/epa/anniversary/epa-40.html |archivedate=June 26, 2012 }}}}

המאבק לסיום ההפרדה הגזעית בחסות המדינה היה אחד מהנושאים הבולטים בשנות השישים. ההפרדה הגזעית בחוקי ג'ים קרואו הייתה מבוססת בדרום ארצות הברית. בית המשפט העליון של ארצות הברית פסק ב-1954, בפסק דין בראון נגד מועצת החינוך, שהפרדה גזעית בבתי ספר ציבוריים היא אינה חוקתית. בתי ספר רבים, בעיקר בדרום, סירבו לציית לפסיקה. בית המשפט אסר גם על הפרדה גזעית במקומות ציבוריים אחרים (אוטובוסים, מסעדות, בתי קולנוע, בתי משפט, שירותים וחופים) אולם האפליה נמשכה.

ממוזער|במאי 1961 מינה קנדי את ת'ורגוד מרשל אל בית המשפט הפדרלי השני לערעורים

קנדי תמך בעירוב גזעי ובזכויות האזרח. במהלך מערכת הבחירות של 1960 טלפן אל קורטה סקוט קינג, אשתו של הכומר מרטין לותר קינג, שנכלא במהלך ניסיונו להביא לעירוב גזעי בחנות. רוברט קנדי התקשר למושל ג'ורג'יה והצליח להביא לשחרורו של קינג, דבר שסייע לקנדי להשיג תמיכה מצד האוכלוסייה השחורה. עם כניסתו לתפקיד ב-1961, דחה קנדי את חקיקת זכויות האזרח שהבטיח במהלך מערכת הבחירות, בהבנה שהדמוקרטים הדרומיים עוד שלטו בקונגרס. כל ניסיון להעביר חקיקה למען השחורים ב-1961 לא היה מצליח. בשנתו הראשונה בתפקיד מינה קנדי שחורים רבים לתפקידים, כולל את ת'ורגוד מרשל, עורך דין תומך בזכויות האזרח, לתפקיד שופט ממשלתי. מרשל מונה ב-1967 לבית המשפט העליון.

בנאום מצב האומה הראשון שלו בינואר 1961, טען קנדי שמניעת הזכויות מהשחורים על בסיס גזע פוגע במצפון הלאומי ובדמוקרטיה. עם זאת, האמין קנדי שהתנועה לזכויות האזרח תפגע בדרומיים הלבנים ותקשה עליו להעביר חקיקה נגד העוני וחוקים למען השחורים בקונגרס, ולכן התרחק ממנה.

קנדי התעסק בנושאים אחרים עם תחילת כהונתו, כמו המלחמה הקרה, מפרץ החזירים ודרום-מזרח אסיה. רוברט הקפיד למנוע מקנדי להתערב בנושא. התנועה לזכויות האזרח, שלחמה בדרום, לא ראתה את קנדי לחיוב בתקופה שבה מאבקים לעירוב גזעי בתחבורה ציבורית הובילו לאלימות לבנה ממוסדת. קנדי מינה מרשל להגנת תומכי העירוב הגזעי במקום להשתמש בצבא או בסוכני FBI. רוברט קנדי, בשם הנשיא, ביקש מהמוחים להשאיר את הנושא לבית המשפט. קנדי חשש ששליחת הצבא תוביל לזכרונות של תקופת השיקום ומלחמת האזרחים האמריקנית בקרב הלבנים השמרנים.

ב-6 במרץ 1961, חתם קנדי על צו נשיאותי שדרש מכל עסק שעבד עם הממשלה לשמור על תעסוקה שוויונית. קינג, מאוכזב מתמיכתו של קנדי בנושא, פרסם מסמך בו קרא לקנדי ללכת בעקבות אברהם לינקולן ולהשתמש בצו נשיאותי שיחסל את האפליה. קנדי סירב לכך.{{הערה|{{cite web|url=http://mlk-kpp01.stanford.edu/index.php/encyclopedia/encyclopedia/enc_emancipation_proclamation_1893/|title=Martin Luther King, Jr. and the Global Freedom Struggle|publisher=Stanford University|accessdate=2017-08-19|archiveurl=https://web.archive.org/web/20131031012658/http://mlk-kpp01.stanford.edu/index.php/encyclopedia/encyclopedia/enc_emancipation_proclamation_1893/|archivedate=2013-10-31|url-status=dead}}}}

בספטמבר 1962, נרשם אדם בשם ג'יימס מרדית' לאוניברסיטת מיסיסיפי אולם נמנע ממנו להיכנס. רוברט קנדי שלח ארבע מאות מרשלים, וקנדי שלח בחוסר רצון 3,000 חיילים כדי לעצור את האלימות. המהומות הובילו למותם של שניים, אולם מרדית' הצליח להגיע לשיעור הראשון שלו. קנדי התחרט על כך שלא שלח את החיילים מוקדם יותר והחל לפקפק באתוס הדרומי. הגורם הפעיל במהומות היה הקו קלוקס קלאן. ב-20 בנובמבר 1962, חתם קנדי על צו נשיאותי שאסר על אפליה גזעית בדיור ציבורי.

ממוזער|230px|הנשיא קנדי נואם לאומה ומציג את חוק זכויות האזרח (1964)|חוק זכויות האזרח, יוני 1963

באביב 1963, לאחר העימותים בנושא זכויות האזרח, לחץ רוברט על קנדי לפעול בנושא החקיקתי. ב-11 ביוני 1963, התערב קנדי כשמושל אלבמה ג'ורג' וולאס מנע משני תלמידים שחורים להיכנס לאוניברסיטת אלבמה. וולאס הסכים לפנות את הדרך רק לאחר שהמשמר הלאומי של אלבמה נשלח בפקודת הנשיא עם סגן התובע הכללי. באותו הערב נאם קנדי בנושא זכויות האזרח בטלוויזיה וברדיו. הוא הביע את תמיכתו בנושאי זכויות האזרח, בגישה שווה לבתי ספר ציבוריים, שוויון בפני החוק והגנה על זכויות ההצבעה.{{הערה|{{cite web | url = http://www.americanrhetoric.com/speeches/jfkcivilrights.htm | title = Civil Rights Address | accessdate =September 20, 2007 | last = Kennedy | first = John F. | work = AmericanRhetoric.com }}}} בנאום אמר:

{{ציטוט|מאה שנים של שיהוי עברו מאז שהנשיא אברהם לינקולן שיחרר את העבדים, אך יורשיהם, נכדיהם, אינם חופשיים עדיין... אומה זו הוקמה על ידי אנשים מאומות שונות ומרקעים שונים, על הבסיס שכל האנשים נוצרו שווים.|הנשיא ג'ון פ. קנדי}}

היום הסתיים במותו של מדגר אוורס, אחד ממנהיגי המאבק, על סף ביתו לאחר שנרצח. כפי שקנדי צפה, למחרת היום התברר לו שניסיונו להעביר חוק למלחמה בעוני נכשל בקונגרס בגלל התנגדות הדמוקרטים מהדרום.

ממוזער|קנדי נפגש עם מנהיגי המצעד לוושינגטון למען תעסוקה וחירות בחדר הסגלגל, 28 באוגוסט 1963

מעל מאה אלף אזרחים, שחורים בעיקר, התאספו בוושינגטון לרגל המצעד לוושינגטון למען תעסוקה וחירות ב-28 באוגוסט 1963. קנדי התנגד למצעד מתוך חשש שיוביל להשפעה שלילית על ניסיון העברת חוק זכויות האזרח בקונגרס. החשש רק החמיר לפני הצעדה כשראש ה-FBI ג'ון אדגר הובר האשים את עוזריו הקרובים של מרטין לותר קינג בקומוניזם.{{הערה|{{Cite news|url=https://www.theatlantic.com/magazine/archive/2002/07/the-fbi-and-martin-luther-king/302537/|title=The FBI and Martin Luther King|last=Garrow|first=David J.|work=The Atlantic|access-date=2017-04-25|language=en}}}} הנשיא ורוברט קנדי נפגשו עם קינג ב-22 ביוני והזהירו אותו לנתק את הקשרים עם הקומוניסטים.{{הערה|{{Cite web|url=https://www.jfklibrary.org/Asset-Viewer/Archives/JFKWHP-1963-06-22-A.aspx|title=Meeting with Robert F. Kennedy (RFK), Martin Luther King, Jr. (MLK), and Burke Marshall, 10:30AM - John F. Kennedy Presidential Library & Museum|website=www.jfklibrary.org|access-date=2017-04-26}}}} קינג התעלם מכך ורוברט קנדי אישר ל-FBI לצותת לקינג ולמנהיגים אחרים של התאחדות ההנהגה הדרומית-נוצרית, איגוד זכויות האזרח של קינג, באוקטובר 1963.{{הערה|{{cite web | url=http://kingencyclopedia.stanford.edu/encyclopedia/encyclopedia/enc_federal_bureau_of_investigation_fbi/ | title=Federal Bureau of Investigation (FBI) | publisher=Stanford University | accessdate=2 August 2016}}}} קנדי אישר בכתב רק ציתות מוגבל לחודש ניסיון, אולם הובר הרחיב את ההסמכה כדי להגדיל את המעקב אחרי קינג. הציתות נמשך עד ליוני 1966 ונחשף ב-1968.{{הערה|שם=the atlantic|{{cite news | title = The FBI and Martin Luther King | last = Garrow | first = David J. | authorlink = David Garrow | date = July 8, 2002 | publisher = The Atlantic Monthly | url = https://www.theatlantic.com/doc/200207/garrow }}}}

הסמכות לפעול בנוגע למצעד ב-28 באוגוסט ניתנה למחלקת המשפטים שהעבירה מאות אלפי דולרים לששת הספונסרים של המצעד, כולל התאחדות ההנהגה הדרומית-נוצרית וה-NAACP. כדי להבטיח מחאה שקטה, ערכו המארגנים והנשיא נאומים מתסיסים ושיתפו פעולה באופן מלא עם המצעד. אלפי חיילים היו בכוננות. קנדי צפה בנאומו של קינג בטלוויזיה והתרשם. המצעד נחשב למחאה שקטה ואפקטיבית, ולא נערכו מעצרים במהלכו. אחריה הוזמנו המנהיגים אל הבית הלבן כדי להיפגש עם קנדי והצטלמו איתו. קנדי הרגיש שהמצעד עזר גם לו וחיזק את הסיכוי להעברת חוק זכויות האזרח.

למרות הצלחת המצעד, המאבק היה רחוק מלהיגמר. כעבור שלושה שבועות התרחש הפיגוע בכנסייה הבפטיסטית ברחוב 16 בברמינגהאם (אלבמה), בו נרצחו ארבע ילדות אפרו-אמריקאיות ועוד שניים נורו למוות. העלייה באלימות הובילה לשינוי קיצוני בחוק זכויות האזרח שסיכן את העברתו. קנדי הזועם קרא למנהיגי הקונגרס אל הבית הלבן וכעבור יום הצליח להשיג מספיק קולות לתמיכה בחוק המקורי כדי להוציא אותו מהוועדה.

לאחר מותו של קנדי המשיך במשימה יורשו, הנשיא לינדון ג'ונסון. חוק זכויות האזרח, שעבר ביולי 1964, אסר על אפליה בתשתיות הממשלתיות, בגישה לתעסוקה, בהשכלה ובפרויקטים פדרליים, וכן אסר הפרדה גזעית בבתי הספר ובמוסדות ציבוריים; כשהוא מוציא מחוץ לתוקפם את חוקי ג'ים קרואו אשר עקפו את התיקונים לחוקת ארצות הברית ובכך הכשירו כל מיני צורות של אפליה כלפי אזרחיה האפרו-אמריקאים של ארצות הברית, בכלל זה שלילת זכותם להצבעה בבחירות לבתי המחוקקים המקומיים והפדרליים, כמו גם לנשיאות. סמכויות האכיפה שניתנו לחוק היו חלשות מלכתחילה, אולם חוזקו ברבות השנים.

כשהוא רגיש לביקורות על מחויבות הממשל להגנת זכויותיהם של מיעוטים במערכות הבחירות, לחץ התובע הכללי רוברט קנדי על הנשיא, בתחילת 1962, ללחוץ על הקונגרס לפעול. הנשיא קנדי, במקום להציע חקיקה מקיפה, תמך בהצעה לאסור על מדינות – בעזרת תיקון חוקתי – מלהתנות את זכות ההצבעה בבחירות ממשלתיות בתשלום מס גולגולת או כל מס אחר. הוא סבר שהתיקון החוקתי יוכל למנוע כל פיליבסטר בנושא, כיוון שכך תבוטל הטענה שביטול ממשלתי של מס הגולגולת אינה חוקתית. הליברלים התנגדו לקנדי וחששו שהתיקון יהיה איטי מדי.{{הערה|{{cite book| title=Black Ballots: Voting Rights in the South, 1944-1969| last=Lawson| first=Steven F.| publisher=Lexington Books| location=Lanham, Maryland| date=1999| isbn=0-7391-0087-4| orig-year=Originally published in 1976 by Columbia University Press|pages=290–317}}}} כמה קבוצות לזכויות האזרח (הליגה נגד השמצה, NAFAA, ואיגודים יהודים) התנגדו גם הם לתיקון, וב-21 במרץ הצהירו שהתיקון יקבע תקדים לחסימת כל חקיקה בנושא זכויות האזרח בכך שיקשור אותם לתיקון חוקתי.{{הערה|"Congress Recommends Poll Tax Ban" In CQ Almanac 1962, 18th ed., 07-404-07-406. Washington, DC: Congressional Quarterly, 1963. Retrieved July 7, 2017.|כיוון=שמאל}}

תיקון חוקתי שאסר על מס הגולגולת במערכות הבחירות{{הערה|{{cite news| title=Spessard L. Holland Dies at 79; Former Senator From Florida| date=November 7, 1971| work=The New York Times| location=New York City| url=http://www.nytimes.com/1971/11/07/archives/spessard-l-holland-dies-at-79-former-senator-from-florida.html| accessdate=July 7, 2017}}}} עבר בשני בתי הקונגרס באוגוסט 1962 ונשלח למדינות לאשרור. הוא אושרר ב-23 בינואר 1964, והפך לתיקון ה-24 לחוקת ארצות הברית.{{הערה|{{cite web| last=Annenberg Classroom| title=Right To Vote At Age 18| url=https://constitutioncenter.org/interactive-constitution/amendments/amendment-xxiv| publisher=National Constitution Center| location=Philadelphia, Pennsylvania| accessdate=July 7, 2017}}}}

בניית סכר הובילה להצפת 10,000 אייקרים אינדיאניים, ואילץ שש מאות אינדיאנים לעזוב את ביתם. קנדי התבקש בידי האיגוד האמריקאי לחירויות אזרחיות להתערב ולעצור את הסכר, אולם הוא סירב בדרישה לשליטה בשיטפונות. הוא הביע דאגה לאינדיאנים וביקש מסוכנויות ממשלתיות לסייע להם.{{הערה|שם=Kennedy letter 1961|{{cite web | last = Kennedy | first = John F. | url = http://www.presidency.ucsb.edu/ws/index.php?pid=8279 | title = 320—Letter to the President of the Seneca Nation of Indians Concerning the Kinzua Dam on the Allegheny River | publisher = The American Presidency Project | date = August 11, 1961 | accessdate =February 25, 2012 }}}}

שמאל|ממוזער|250px|האסטרונאוט ג'ון גלן מציג לנשיא קנדי את קפסולת המרקורי "פרנדשיפ 7" ב[[פלורידה, פברואר 1962]]

תוכנית אפולו החלה בתחילת 1960, במהלך תקופתו של אייזנהאואר, כהמשך לתוכנית מרקורי, כדי לשגר תחנת חלל, לטוס מסביב לירח ולנחות עליו. בעוד שנאס"א הייתה זו שתכננה את אפולו, המימון לתוכנית לקה בחסר בגלל גישתו של אייזנהאואר לטיסת בני אדם לחלל.}} כסנאטור, התנגד קנדי לתוכנית ורצה לבטל אותה.

עם הרכבת הממשל, שמר קנדי על יועצו המדעי של אייזנהאואר, שהתנגד להטסת בני אדם לחלל ופרסם דו"ח נגד תוכנית מרקורי.{{הערה|{{cite book| title=The Future of the U.S. Space Program| url=https://archive.org/details/futureofusspacep0000levi| last=Levine| first=Arthur L.| date=1975| series=Praeger special studies in U.S. economic, social, and political issues| publisher=Praeger Publishers| isbn=9780275087005| page=71}}}} שבעה עשר מועמדים לראשות נאס"א סירבו לקנדי לפני שג'יימס וב, יועצו התקציבי של הנשיא לשעבר הארי טרומן, הסכים להתמנות לתפקיד. וב הצליח להשיג תמיכה מהקונגרס, מהנשיא ומהעם. קנדי שכנע את הקונגרס לתקן את חוק האווירונאוטיקה והחלל הלאומי כדי להעביר את האחריות לתפקיד לסגנו, גם כיוון שג'ונסון פעל בסנאט להקמת נאס"א וידע רבות על תוכנית החלל, וגם כדי להעסיק אותו כדי למנוע ממנו לפעול נגדו.

ממוזער|קנדי מציע את התוכנית להנחית אדם על הירח בפני הקונגרס במאי 1961. מאחוריו ג'ונסון.

בנאום מצב האומה שלו בינואר 1961, הציע קנדי שיתוף פעולה בינלאומי בחלל. חרושצ'וב סירב, כיוון שהסובייטים לא רצו לחשוף את מצב הטילים שלהם. בתחילת כהונתו, ניסה קנדי למנוע שליחת בני אדם לחלל, אולם ויתר על כך בגלל ג'ונסון, שתמך בתוכנית בסנאט. יועציו של קנדי טענו שטיסה לירח תהיה יקרה מדי, והוא שקל לבטל את תוכנית אפולו בגלל עלותה.{{הערה|{{cite book| title=John F. Kennedy, President| url=https://archive.org/details/johnfkennedypressid00side| last=Sidey| first=Hugh| date=1964| edition=2nd| publisher=Atheneum| location=New York| pages=117–118}}}}

אולם המצב השתנה במהירות ב-12 באפריל 1961, כשהקוסמונאוט הסובייטי יורי גגארין הפך לאדם הראשון שטס לחלל, וחיזק את החשש האמריקני מפני נחיתות טכנולוגית מול ברית המועצות. קנדי היה נחוש שארצות הברית תוביל במהלך המרוץ לחלל, בגלל אסטרטגיה ויוקרה. ב-20 באפריל, במזכר לג'ונסון, ביקש ממנו לבחון את תוכנית החלל ותוכניות שיוכלו לאפשר לנאס"א להדביק את הפער.{{הערה|שם=jfkmemo|{{cite web |url=http://www.jfklibrary.org/Asset-Viewer/6XnAYXEkkkSMLfp7ic_o-Q.aspx |title=Memorandum for Vice President |last=Kennedy |first=John F. |date=April 20, 1961 |work=The White House |publisher=John F. Kennedy Presidential Library and Museum |location=Boston, MA |type=Memorandum |accessdate=August 1, 2013}}}}{{הערה|{{cite book |last=Launius |first=Roger D. |title=Apollo: A Retrospective Analysis |url=http://www.hq.nasa.gov/office/pao/History/Apollomon/cover.html |format=PDF |accessdate=August 1, 2013 |series=Monographs in Aerospace History Number 3 |date=July 1994 |publisher=NASA |location=Washington, D.C. |oclc=31825096 |chapter=President John F. Kennedy Memo for Vice President, 20 April 1961

|chapter-url=http://www.hq.nasa.gov/office/pao/History/Apollomon/apollo1.pdf}} Key Apollo Source Documents.}} לאחר התייעצות עם ורנר פון בראון, הגיב ג'ונסון כעבור שבוע, וטען שלא מבוצעת השקעה מספקת בנושא.{{הערה|שם=lbjmemo|{{cite web |url=http://www.jfklibrary.org/Asset-Viewer/DjiWpQJegkuIlX7WZAUCtQ.aspx |title=Memorandum for the President |last=Johnson |first=Lyndon B. |type=Memorandum |date=April 28, 1961 |work=Office of the Vice President |publisher=John F. Kennedy Presidential Library and Museum |location=Boston, MA |accessdate=August 1, 2013}}}} Key Apollo Source Documents.}} הוא טען שעוד יש אפשרות שארצות הברית תוכל להיות הראשונה להנחית אדם על הירח. יועציו של קנדי לחצו עליו לתמוך בנחיתה על הירח, וב-25 במאי, בהודעה מיוחדת לקונגרס, הציג הנשיא קנדי את תמיכתו בתוכנית אפולו במהלך נאום מיוחד בפני שני בתי הקונגרס:

{{ציטוט|תוכן=ראשית, אני סבור שעל אומה זו להציב לה כיעד מחייב, כי עד תום העשור תושג המטרה של הנחתת אדם על הירח והשבתו ארצה בשלום. שום פרויקט חלל אחר לא ירשים כל כך את האנושות או יהיה חשוב כל כך לחקר החלל בטווח הארוך; שום פרויקט אחר גם לא יהיה קשה כל כך, או יקר כל כך, להשגה.|מקור=נשיא ארצות הברית ג'ון קנדי בנאום מיוחד בפני שני בתי הקונגרס, ביום 25 במאי 1961|מרכאות=כן}}

ממוזער|thumbtime=17:32|קנדי נואם על תוכנית אפולו באוניברסיטת רייס ב־12 בספטמבר 1962 (17:47 דקות)

לאחר שהקונגרס אישר את המימון, החל וב בארגון מחדש של נאס"א, העלה את כוח האדם שלה ובנה עוד מרכזים: מרכז השיגור עבור משגר לווייני ענק מצפון-מערב לנמל החלל קייפ קנוורל, ומרכז לטיסות חלל מאוישות על שטח שנתרם בידי אוניברסיטת רייס ביוסטון, טקסס. קנדי נאם בחניכת המרכז ב-12 בספטמבר 1962, וקידם את התוכנית:

ב-21 בנובמבר 1962, בפגישת קבינט עם וב ועוד אישים מנאס"א, הסביר קנדי שהנחיתה על הירח חשובה לתדמית הבינלאומית של המדינה, ושההוצאה מוצדקת.{{הערה|{{cite news|title=JFK and the Space Race |last=Selverstone |first=Marc |publisher=White House Tapes–Presidential Recordings Program, Miller Center of Public Affairs, University of Virginia |url=http://whitehousetapes.net/exhibit/jfk-and-space-race |accessdate=February 26, 2012 |url-status=dead |archiveurl=https://web.archive.org/web/20120305205812/http://whitehousetapes.net/exhibit/jfk-and-space-race |archivedate=March 5, 2012 }}}} ג'ונסון הבטיח לו שתוכנית החלל תהיה גם בעלת משמעות צבאית כבירה. העלות נמדדה בכ-40 מיליארד דולרים.

בספטמבר 1963, בנאום בפני האו"ם, תמך קנדי בשיתוף פעולה סובייטי-אמריקני בחלל והמליץ על משלחת משותפת לירח. חרושצ'וב סירב שוב, והסובייטים לא עסקו בשליחת אדם אל הירח עד 1964. ב-20 ביולי 1969, כמעט שש שנים לאחר מותו של קנדי, נחתה אפולו 11 עם בני האדם הראשונים על הירח.

בתחומי חוץ, יזם קנדי כמה מאמצים דיפלומטיים וצבאיים באירופה, דרום-מזרח אסיה, אמריקה הלטינית ובעוד מקומות שהיו חשובים אסטרטגית במהלך המלחמה הקרה. קנדי העסיק מומחים מדור חדש ליחסי חוץ.}} חלקם היו ממכוני מחקר חשובים. קנדי התעניין במלחמה ובשלום בנעוריו. בנאום השבעתו לתפקיד, הביע את עמדתו בנוגע למלחמה הקרה: "הבה לא ננהל משא ומתן מפחד, אולם הבה לא נפחד לנהל משא ומתן".}}

קנדי תמך במדיניות תגובה גמישה, שנוהלה בידי מזכיר ההגנה רוברט מקנמארה, ונועדה להקטין את אפשרות המלחמה בגלל טעויות. ממשלו פתר בצורה דיפלומטית את משבר הטילים בקובה ונמנע מלהסלים את משבר ברלין השני. ב-1961 הקים קנדי את חיל השלום, הסוכנות לבקרה ולפירוק מנשק וסוכנות לברית כלכלית עם אמריקה הלטינית. ב-7 באוקטובר 1963 חתם על האמנה למניעת ניסויים גרעיניים באטמוספירה, בחלל החיצון, ותחת פני המים שאותה קיבלו גם ברית המועצות והממלכה המאוחדת.

רבים שיבחו את קנדי על כך שלא היה נוקשה כמו דווייט אייזנהאואר מבחינת מדיניות חוץ, קיבל את הגיוון העולמי ושיפר את מעמדה של ארצות הברית בקרב העולם השלישי.

באחת מפעולותיו הראשונות כנשיא, ביקש קנדי מהקונגרס להקים את חיל השלום. גיסו, סרג'נט שרייבר, היה האחראי הראשון לפרויקט. באמצעות התוכנית התנדבו אמריקנים לסייע לאומות הלא מפותחות בתחומי החינוך, חקלאות, בריאות ובנייה. הארגון צמח ל-5,000 חברים במרץ 1963 ול-10,000 כעבור שנה. מאז 1961 הצטרפו אליו כ-200,000 אזרחים ששירתו ב-139 מדינות.{{הערה|{{cite book | last1 = Meisler | first1 = Stanley | title = When the World Calls: The Inside Story of the Peace Corps and Its First Fifty Years | url = https://archive.org/details/whenworldcallsin0000meis | publisher = Beacon Press | year = 2011 | isbn = 978-0807050491}}}}{{הערה|{{cite web | url = https://www.peacecorps.gov/news/fast-facts/| title = Peace Corps, Fast Facts | accessdate = 2 August 2016 | archiveurl=https://web.archive.org/web/20160802133017/https://www.peacecorps.gov/news/fast-facts/ | archivedate=2 August 2016}}}}

שמאל|ממוזער|250px|קנדי נפגש עם שליט ברית המועצות [[ניקיטה חרושצ'וב, 1961]]

קנדי שירת כנשיא בשיאה של המלחמה הקרה. הייתה זו יריבות אידאולוגית ופוליטית, שהשפיעה על כל צעד שעשתה ארצות הברית בתחומי מדיניות החוץ, וקנדי הקדיש להתמודדות עמה חלק ניכר מזמנו. הנשיא אייזנהאואר אימץ את גישת "המבט החדש" שהדגישה את השימוש בנשק גרעיני כדי להרתיע את ברית המועצות. אייזנהאואר האמין שהמדיניות תהיה אפקטיבית וגם זולה יחסית לאופציות אחרות. מתוך חשש ממלחמה גרעינית עולמית, העדיף קנדי את "התגובה הגמישה". הוא התמקד ביכולת צבא הקבע להשיג מטרות מוגבלות. כחלק מהמדיניות, הרחיב קנדי את הכוחות המיוחדים של ארצות הברית, יחידות העילית שיכלו להילחם בעימותים רבים. קנדי קיווה שתגובה גמישה תאפשר לארצות הברית לעצור תוקפנות סובייטית ללא מלחמה.

ב-29 בנובמבר 1961, הכריזו גורמים אמריקניים שסוכנות הטלגרף הרוסית קיבלה גרסה ערוכה של ריאיון שהעניק קנדי לכתב מהעיתון איזבסטיה. האמריקנים טענו שהושמטו מהריאיון האשמותיו של קנדי בדבר הפרת סיכומי ועידת יאלטה וועידת פוטסדאם, וגם את סירובם להשעות ניסויים גרעיניים וטענתו של קנדי שחלוקת ברלין נבעה מסירוב הסובייטים להסכים לאיחוד גרמניה.{{הערה|שם=Altus Times|{{cite web|url=https://news.google.com/newspapers?id=VYhDAAAAIBAJ&sjid=Va4MAAAAIBAJ&pg=1195,3904439&dq=kennedy+soviet+union&hl=en|title=Tass Distorts Version of Kennedy Interview|publisher =The Altus Times|date=November 29, 1961|author=Stewart Hensley|accessdate=2011-02-18}}}} לאחר שיחת הבהרה, פרסם הכתב את הטקסט המלא, וזכה להערכתו של קנדי.

בינואר 1961 הכריז מנהיג ברית המועצות ניקיטה חרושצ'וב על תמיכתו במלחמות לשחרור לאומי. קנדי החשיב זאת כאיום על העולם החופשי.}} ב-15 בפברואר 1961, ביקש קנדי מהסובייטים להימנע מלהכשיל את ניסיון האו"ם לפתור את משבר קונגו. חרושצ'וב הציע לתקן את מגילת האומות המאוחדות ולהחליף את המזכ"ל בוועידה של שלושה חברים. ב-25 בספטמבר 1961, נאם קנדי בפני העצרת הכללית של האומות המאוחדות והתחייב להטיל וטו על התוכנית. ב-27 בפברואר 1961, הציע קנדי במכתב לחרושצ'וב פגישה בוועידה בקיץ. חרושצ'וב הסכים להיפגש בווינה, בירת אוסטריה. הפגישה נפגעה בשל הפלישה למפרץ החזירים, אולם חרושצ'וב הטיל את האחריות לפלישה על הפקידים של קנדי ולא עליו באופן אישי.

שני המנהיגים הבינו היטב שהנושא החשוב ביותר בוועידה יהיה גורלה של ברלין, שחולקה לשתיים עם תחילת המלחמה. ברלין המערבית הייתה מובלעת בגרמניה המזרחית התומכת בסובייטים, אולם זכתה לתמיכה מהאמריקנים והמערב. הסובייטים רצו לאחד את ברלין בשליטתם, בעיקר בגלל מספר הגרמנים המזרחיים שברחו אל מערב ברלין.

ממוזער|קנדי פוגש את קוואמה נקרומה, ראש [[גאנה העצמאית במרץ 1961.]]

בדרכו לוועידה, חנה קנדי בפריז ונפגש עם שארל דה גול, שייעץ לו להתעלם מסגנונו הבוטה של חרושצ'וב. הנשיא הצרפתי חשש מהשפעתה של ארצות הברית על אירופה. בכל זאת התרשם דה גול מהנשיא הצעיר. קנדי סיכם את תקופתו בפריז בטענה שהיה "האיש שליווה את ג'קי קנדי לפריז".

מטרתו המרכזית של קנדי בפגישה עם חרושצ'וב הייתה להציע פיוס במלחמה הקרה. ב-4 ביוני 1961, נפגש הנשיא עם חרושצ'וב בווינה ועזב את הפגישות בכעס לאחר שנאלץ להיכנע ללחציו. חרושצ'וב התרשם מחוכמתו של הנשיא אולם ראה בו חולשה. קנדי עדיין לא האמין שהיה ניתן לשנות את המצב באירופה או במזרח הרחוק ודיבר באופן כללי. קנדי כן הצליח להשפיע על חרושצ'וב בנושא הסכם בין מוסקבה וברלין המזרחית. הוא הבהיר שכל הסכם שיפגע בזכויותיה של ארצות הברית לגשת אל ברלין המערבית יחשב להכרזת מלחמה. ממשלים קודמים התייחסו אליה כאל "ברלין", אולם ממילותיו של קנדי היה ברור שהוא קיבל את חלוקת ברלין ורמז שחסימת הגבול לא תביא לתגובה אמריקנית כל עוד מערב ברלין תישאר כפי שהיא. כיוון שחשב על בניית חומה בברלין, התעודד חרושצ'וב והחליט להמשיך בתוכניתו.{{הערה|{{cite book|last=Kempe|first=Frederick|title=Berlin, 1961|url=https://archive.org/details/berlin1961kenned0000kemp|year=2011|publisher=Penguin Group (USA)|isbn=0-399-15729-8|pages=247}}}} מעט לאחר חזרתו אל ארצות הברית, הכריזה ברית המועצות על כוונתה לחתום על הסכם עם ברלין המזרחית ולבטל כל זכות אחרת בכל אזור של העיר. קנדי, מדוכא וכועס, הניח שהאפשרות היחידה היא להתכונן למלחמה גרעינית.

מחלקת המדינה של ארצות הברית הכינה לקנדי כמה מסמכים בנושא חרושצ'וב. אחד מהם טען שחרושצ'וב יתעקש מאוד בנושא ברלין וגרמניה המזרחית.{{הערה|{{cite book | last = Goduti| first = Philip|title =Kennedy's kitchen cabinet and the pursuit of peace| url = https://archive.org/details/kennedyskitchenc00godu| publisher = McFarland|year = 2009| page = 50| isbn = 0-7864-4020-1}}}} באביב 1963, החל קנדי לנסות להתפייס עם ברית המועצות. בקיץ של אותה השנה ביקש להקטין את המתיחות בקרב המדינות ולנאום בצורה פחות תוקפנית.

בשבועות לאחר הוועידה, ברחו יותר מעשרים אלף איש מברלין המזרחית אל מערבה בתגובה לברית המועצות. קנדי החל לדון בנושא, ודין אצ'יסון היה זה שהוביל את הקו שדרש התחמשות צבאית לצד נאט"ו. בנאום מיולי 1961, הכריז קנדי על כוונתו להוסיף עוד 3.25 מיליארד דולרים אל תקציב הביטחון ועוד מאתיים אלף חיילים, בטענה שהתקפה על ברלין המערבית תהיה כמו התקפה על ארצות הברית. הנאום זכה לתמיכה נחרצת מצד האוכלוסייה.

כעבור חודש, החלו ברית המועצות וברלין המזרחית למנוע מעבר ממזרח העיר אל מערבה והעמידו גדרות תיל ברחבי העיר, מה שהפך לחומת ברלין. קנדי התעלם מכך בתחילה כל עוד הגישה החופשית מהמערב למזרח נשמרה. כשהתברר שהמערביים איבדו את ביטחונם בנוגע להגנתה של ארצות הברית, שלח קנדי את ג'ונסון ואנשי צבא לסיור בגרמניה המערבית, קרוב לעמדות הגבול, כדי להפגין את המחויבות לברלין המערבית.

יחסי ארצות הברית עם אמריקה הלטינית הופקדו בידי ג'ונסון. קנדי תמך בשמאל הדמוקרטי באמריקה הלטינית אולם לקראת סוף כהונתו הקטין את תמיכתו בו. הישגיו המרכזיים באמריקה הלטינית היו דוקטרינת קנדי וברית כלכלית בין האזורים. אף על פי שהברית השיגה פחות ממה שקנדי חפץ, הוא זכה לאהדה רבה באמריקה הלטינית. בדצמבר 1961 נסע אל פוארטו ריקו, ונצואלה וקולומביה שנחשבו למעוזים דמוקרטיים נגד הקומוניזם של קסטרו.

בנסיעתו ב-1962 אל מקסיקו עורר התלהבות מחזון שיתוף הפעולה בין הארצות. הנשיא המקסיקני אדולפו לופס מטאוס טען שכדי לשפר את יחסי ארצות הברית–מקסיקו יש לפתור את סכסוכי הגבול בין המדינות. ארצות הברית ומקסיקו הצליחו להגיע להסכם בנושא.

ממוזער|קנדי ונשיא צ'ילה חורחה אלסנדרי

בטענה ש"אלו שעוצרים את המהפכה השקטה יובילו למהפכה אלימה","{{הערה|JFK's "Address on the First Anniversary of the Alliance for Progress", White House reception for diplomatic cors of the Latin American republics, March 13, 1962. Public Papers of the Presidents – John F. Kennedy (1962), p