יהודית רותם נולדה בבודפשט, הונגריה. במהלך מלחמת העולם השנייה נמלטו הוריה ברכבת ההצלה שארגן ישראל קסטנר. המשפחה נשארה בשווייץ שנה ואז עלתה לישראל, כשהיא בת שלוש.

גדלה בגבעת שמואל ולאחר מכן בבני ברק במשפחה חרדית, למדה בבית יעקב, ובגיל שמונה עשרה נישאה לרב צבי רוט שהיה בחור ישיבה ובהמשך לימד בישיבה. היא עבדה כמורה. לאחר עשרים וארבע שנות נישואים יצאה בשאלה ובני הזוג התגרשו. עבדה כסופרת צללים (בין השאר, עבור גליה אלבין, בנו גיטר ואחרים), כתבה תחת שם עט טור בכתב העת את ולאחר שמונה שנים החלה לכתוב פרוזה.

בשנת 2001 נבחרה כסופרת השנה מטעם העיתון "גלובס", ובשנת 2003 זכתה בפרס ראש הממשלה לסופרים עבריים.

רותם נישאה בשנית למשה בר-יודא, ממנו התאלמנה בשנת 2014. סיפרה "עד שאבא יחזור", מתאר את מסע ההישרדות של בר-יודא כילד בתקופת השואה.

יהודית רותם ופרופ' דניאל שטרנהיימר נעשו בני זוג ב-2018 וב-2020 נישאו בחב"ד, טוקיו.

אחת מבנותיה של רותם היא העיתונאית תמר רותם (הארץ). בתה, נורית רוט (רייטנר), היא סופרת צללים ועורכת של אוטוביוגרפיות, ספרי זיכרונות וספרי עיון, ומנחה סדנאות לכתיבת סיפורי חיים.

שתיים מבנותיה של רותם נפטרו בילדותן; בתה הבכורה יעלי נפטרה מעט לפני הגיעה לגיל שנה, ובתה השלישית רחלי נפטרה ממחלה בגיל חצי שנה. בתה נעה רוט, אשת תיאטרון וקולנוע, הפיקה וביימה את הסרט "גירסא דינקותא" (2015) המספר את המהפך בחיי אמה והמשפחה. הסרט זכה לשבחים רבים. לרותם 10 נכדים מבנה החרדי ו-16 מבנותיה.

*בברית יחד: סיפורה של תנועת בח"ד-בני עקיבא בארצות הונגריה (1985)

• אחות רחוקה: עולמה של האשה החרדית בעיני מי שיצאה משם (1992)
• Distant sisters : the women I left behind (1997)
• קריעה (1996)
• אהבתי כל-כך (2000)
• איש אשר רוח בו: צבי גולדפרב – חייו (2002)
• כולם צמאים לאהבה (2003)
• הדום בגן עדן (2005)
• כמיהה (2006)
• על משכבם בלילות, הוצאת קשת (2009)
• מתי תבוא אלי, הוצאת כנרת זמורה-ביתן (2011)
• עד שאבא יחזור, הוצאת כנרת זמורה-ביתן (2015)
• שובי נפשי, הוצאת עם עובד (2018)

*אמור מילה למעני, הוצאת ידיעות ספרים (2024)

• דנה ואמא והר נפוליאון (2007). איורים: רחלי שלו
• אפשר לספר זאת גם ככה: סיפורי החגים לילדים (2013). איורים: רחלי שלו

;מכתביה

• *
• *