ב-17 ביוני 1922 נולד פרלמוטר בעיירה צ'ורטקוב (Czortkow) שבמחוז טרנופול שבפולין, לעדה ולשלמה פרלמוטר. אמו עדה, בתם של שבח ולאה מורדרור, ואביו, שלמה, היו שניהם נצר למשפחות חסידים. בשנת 1928 היגר עם הוריו ואחותו לאה לארגנטינה.

באוגוסט 1944, סיים תואר רואה חשבון מוסמך בבואנוס איירס שבארגנטינה. הוא סבר כי עם קום המדינה, יש לעלות לישראל, ולכן ב-8 בספטמבר 1948, עלה לישראל במסגרת מח"ל. ב-12 ביוני 1949, היה בין מייסדי קיבוץ מפלסים, ושימש בתפקידים רבים בקיבוץ, בהם 14 שנים לסירוגין כמרכז משק.

בשנים 1956-1959, שימש כ"קצין פיתוח הנגב" במסגרת משרד החקלאות. בשנים 1965-1973 שימש בתפקיד בכיר במרכז-החקלאי בשיתוף פעולה הדוק עם אברהם הרצפלד. ריכז את אגף הכלכלה של איחוד הקבוצות והקיבוצים, בשנים 1965-1974 (בשנים אלו כיהנה סנטה יוספטל כמזכירת איחוד הקבוצות והקיבוצים).

בשנת 1981 החליף פרלמוטר את משה חריף כמזכיר מטעם איחוד הקבוצות והקיבוצים, לצידו של אלי זמיר, שנבחר מטעם הקיבוץ המאוחד, בצוות הראשון של מזכירי התק"ם, ושימש בתפקיד זה עד 1985.

בשנת 1988 סיים בהצטיינות תואר מוסמך במחשבת ישראל מטעם האוניברסיטה העברית בירושלים.

בתאריך 26 באוגוסט 1988 נפטר יוסף פרלמוטר, ונקבר בקיבוץ מפלסים.

ב-20 ביוני 1948 נישא לשרה פרלמוטר לבית גוטמן. נולדו להם שלושה ילדים: ורדה (1950), אדירה (1954) ושלמה (1962).

ורדה נשואה לבני שילה, פרופ' לגנטיקה במכון ויצמן למדע, ומתגוררת ברחובות. אדירה ובן זוגה, ישעיהו בן-אהרון, היו בגרעין המייסד של הקיבוץ האנטרופוסופי הרדוף שבגליל. בנו שלומי, ואשתו אפרת לבית מלט, חיים בירושלים. שלומי מלמד בבית מדרש אלול. בנו הבכור, שנולד בשנת 1992 קרוי על שם סבו: יוסף פרלמוטר.