עם עלותו לכס המלוכה ובטרם היה בידיו זמן לתפוס את מושכות השלטון הובס הצבא הפרסי על ידי הצבא המוסלמי בקרב אל-קאדסיה שהתרחש בין 634 ל-640, ולפי רוב הדעות ב-636. פרטים רבים לגבי הקרב אינם ידועים, כמו סדרי הגודל של הכוחות הלוחמים והמיקומים של אירועים שונים במהלך הקרב, אך עם סופו נשבר כוחה של האימפריה הסאסנית ועיר הבירה קטסיפון נפלה לידי הלוחמים המוסלמים. יזדגרד נאלץ לפתוח במנוסה מפני הכובשים הערבים מזרחה לכוון מדי, כאשר המוסלמים כבשו את מדי הוא ברח עד לטורקמניסטן ונלחם בעזרת הטורקים בצבא המוסלמי בנהר אוקסוס, אך הפסיד. הוא נרצח על ידי אלמוני בשנת 651 בעיר גאיור קלה (פרסית مرو) שהייתה עיר ונווה מדבר באזור הידוע כטורקמניסטן. שרידי האימפריה היו הבסיס לאימפריה הסמאנית – הישות המדינית הפרסית הראשונה לאחר הכיבוש המוסלמי.

לוח השנה של הדת הזורואסטרית הפרסית, שגרסה שלו עדיין מקובלת באופן רשמי באיראן, משתמשת בשנת ההכתרה של יזדגרד השלישי, שנת 632, כתאריך תחילת הספירה. גרסה זו משמשת גם בסיס לכתיבת הורוסקופים באסטרולוגיה המודרנית.

על פי אחת המסורות היהודיות, כשראה הח'ליף עלי בן אבי טאלב שבוסתנאי בן חנינאי (618–670), שהיה ראש הגולה בבבל, עדיין לא התחתן, נתן לו את בתו של יזדגרד השלישי ששמה היה דארא או איזדדואר. נולדו לו שני ילדים מנשים יהודיות ושלושה בנים מהנסיכה הנוכרית, שהייתה לשפחה.

משמת בוסתנאי התפרסם הסכסוך על הירושה ועל מעמד הילדים בני הנוכרית. בני איזדדואר טענו שהם יורשים שוים לאחיהם, ואילו בני היהודיות טענו שבניה של איזדדואר הם עבדים בני שפחה – חלק מהרכוש שבני היהודיות יורשים מאביהם בוסתנאי. בסופו של דבר קיבלו האחרונים שוויון זכויות גמור, ואף בא מיוצאי חלציהם ראש גולה. זאת משום שהגאונים הניחו שאדם כבוסתנאי לא היה בא על שפחה מבלי לשחררה קודם לכן, ולשאת אותה בהיתר. מקרה זה הפך לתקדים הלכתי שנעשה בו שימוש בדיון על הכלל: "אין אדם עושה בעילתו בעילת זנות", ולמסקנות יש חשיבות הלכתית עד ימינו בעניין משמעותם של נישואים אזרחיים.

על פי הדת הבהאית, מוצאו של בהאא אללה (1817–1892), נביא האמונה הבהאית וכותבם של חלק מכתביה הקדושים, הוא משושלת המתייחסת (בין היתר) ליזדגרד השלישי.

• *