ככל הנראה, כבר בשלהי תקופת בית שני השתמשו תושבי הסביבה השומרונים במעיין (זאת לפי ממצאים של חרסים שנמצאו במקום החל מתקופה זו). ליד המעיין קיימת ניקבה עתיקה מהתקופה הביזנטית ולצידה בריכה, ששימשו להגברת זרימת המים. אורך הניקבה כ-70 מטר, היא מצופה אבנים מסותתות ומקורה בקשתות ובקמרונים מחודדים מאבן. כמו כן, ישנם שרידים עתיקים של אמת מים שהובילה מים לעיר שכם ו-5 ברכות גדולות (כ-100 קוב כל אחת). גובה קמרונות הנקבה נע בין 1 ל-2 מטרים ורוחבה כחצי מטר. משערים כי הסיבה להשקעה הרבה בנקבה למרות ספיקת המים הנמוכה של המעיין היא העובדה שהמעיין הוא מקור המים היחיד הנובע במורדותיו המערביים של הר כביר וכתוצאה מכך היה בעל חשיבות לתושביהם הקדומים של הכפרים סאלם, בית דג'ן, דיר אל-חטב ועזמוט.

ב-2009 שופצו המעיין וסביבתו בידי תושבי אלון מורה. במסגרת השיפוץ נבנתה ללא אישור בריכת בטון, ניטעו סביבה עצים והוקמו שולחנות פיקניק. שיפוץ המעיין נעשה לזכרו של , חייל צה"ל תושב אלון מורה, שנהרג בלבנון בדרך לבופור ב-19 במרץ 1997, בעת ששימש חובש קרבי

ובעקבות השיפוץ החלו התושבים לכנות את המעיין "עין כפיר". בנובמבר 2010 הרס המנהל האזרחי את הבריכה. באפריל 2011 במהלך אירועי חול המועד פסח נחנכה בריכה חדשה וגדולה יותר במיקום מאושר ומוסדר, במרחק 50 מטר מהבריכה הקודמת.

IHM עין כפיר 1.jpeg|פסיפס ליד המעיין

IHM נקבת עין כפיר 2.jpeg|נקבת עין כפיר

IHM נקבת עין כפיר 1.jpeg|שלט הסבר בכניסה לנקבה

• *מפת טיולים וסימון שבילים 5–6 - בקעת הירדן ומזרח השומרון. בהוצאת "הוועדה לסימון שבילים בישראל".

*תמונה של המעיין ומידע נוסף

• האם הבריכה ב"עין כפיר" היא כמו מקוה? - שו"ת עם הרב אליקים לבנון - יום חמישי, 15 אוקטובר 2009;
• הנקבה בעין כבירה באתר "לבן כתום לבן"

__ללא_תוכן__