נבות נולד בהרצליה בשם מנחם ליפוביצקי, אביו היה אליהו נבות חקלאי. בשנת 1944 התגייס לש"י ועסק בעיקוב אחר בית ששימש למפגשים של מנהיגי המחתרת לח"י. במלחמת העצמאות לחם כאיש יחידת המבצעים 184, ובעקבות רצח ברנדוט ופרשת אלטלנה לקח חלק במעצר פעילי לח"י ואצ"ל. בשנת 1952 מונה למאבטחו האישי הראשון של ראש הממשלה, דוד בן-גוריון.

בשנת 1955 עבר למוסד, ושירת תחילה באגף "צומת" כקצין איסוף בבריטניה. לאחר מכן שימש כמזכיר ועדת ראשי השירותים וכעוזרו האישי של ראש המוסד, מאיר עמית. בהמשך פעל בשירות אגף "תבל" במוסד וב-1969 מונה לנציג המוסד באיראן, בעת שלטון השאה מוחמד רזא שאה פהלווי. היה מעורב במבצע חילוץ הישראלים מאיראן (1979).

בשנת 1972 עסק במבצע להעלאת יהודי עיראק לישראל דרך כורדיסטן ואיראן. לאחר מלחמת יום הכיפורים שימש נציג המוסד בארצות הברית. בשנת 1977 מונה לראש אגף המינהל במוסד. ולאחר שלוש שנים מונה לראש אגף "תבל".

היה מקורב למשפחתו של פייר ג'ומאייל הלבנונית, והוביל את הקשר עם הנוצרים בלבנון. במסגרת תפקיד זה לקח חלק מרכזי בפעילות המוסד במלחמת לבנון הראשונה. בין השאר ליווה את שר הביטחון, אריאל שרון, לפגישה בבית משפחת ג'ומאייל בכפר ביקפיה, יום לאחר הירצחו של בשיר ג'ומאייל. על חלקו של המוסד במלחמה זו אמר: "המוסד עשה את המרב כדי שאפשר יהיה לסייע לצה"ל לממש את תוכניות המלחמה. זה היה תפקידו: לספק מודיעין ולתחזק את הקשר עם הנוצרים. אבל כאמור, המוסד אינו גורם עצמאי והוא פועל על פי הנחיות הממשלה, כדי לקדם את מדיניותה". בתפקידו הבא שימש כמשנה לראש המוסד, יצחק חופי. הוא פרש מהשירות ב-1985.

התגורר ברמת השרון. נפטר ב-20 ביולי 2019.

;מכתביו: