ב־1848, כחלק מגל מהפכות אביב העמים ששטף את אירופה, סולק סופית בית בורבון מהשלטון בצרפת והוכרז על כינונה של הרפובליקה הצרפתית השנייה.|כיוון=שמאל}} באותה שנה זכה בבחירות לנשיאות צרפת לואי נפוליאון, אחיינו של נפוליאון בונפרטה. בשנת 1851 ביצע לואי נפוליאון הפיכה שהעניקה לו סמכויות דיקטטוריות שאושרו במשאל עם, וב־1852 הוא הכריז על ביטול הרפובליקה ועל כינון הקיסרות השנייה, והכתיר את עצמו כקיסר "נפוליאון השלישי". לאחר ששלט במשך 17 שנים, הסתבך נפוליאון במלחמה הרסנית נגד פרוסיה, שבסופה הוכרז על הקמת הקיסרות הגרמנית באולם המראות שבארמון ורסאי. נפוליאון הודח משלטונו ועזב את צרפת, ובמקום השלטון המלוכני הוכרז על הקמת הרפובליקה הצרפתית השלישית.

עם זאת, לכל אורך שנות קיומה, סבלה הרפובליקה מחוסר יציבות. במהלך 65 שנותיה התחלפו בה 101 ממשלות, כלומר חילוף ממשלה בכל שמונה חודשים בממוצע. בשנותיה הראשונות של הרפובליקה נותר בידי המלוכנים כוח רב, והם התחלקו לשלוש סיעות: תומכי בית בורבון, תומכי בית אורליאן ותומכי בית בונפרטה. המשבר בין המלוכנים לרפובליקה הגיע לשיאו במהלך המשבר ב-16 במאי 1877. נשיא הרפובליקה, פטריס דה מק־מהון, פיטר את ראש הממשלה ז'יל סימון, אשר נחשב לרפובליקני מובהק, ומינה במקומו את אלבר, הדוכס הרביעי מברולי. האספה הלאומית סירבה להכיר בראש הממשלה החדש, ולאחר מערכת בחירות סוערת שנערכה באוקטובר 1877, זכה גוש השמאל הרפובליקני בראשותו של לאון גמבטה ברוב מוחץ, ומק־מהון נאלץ להסכים להקמת ממשלת שמאל בראשות ז'יל־ארמן דופור . לאחר בחירות נוספות שבהן זכה השמאל, הגיש מק־מהון את התפטרותו לפרלמנט ב־28 בינואר 1879.|כיוון=שמאל}}

פרישתו של מק־מהון מהזירה הפוליטית הפחיתה באופן משמעותי את כוחם של המלוכנים, אולם במהלך השנים הבאות ספגה הרפובליקה זעזועים נוספים. הראשון היה ב־1889, כאשר הגנרל ז'ורז' בולנז'ה קיבץ סביבו תומכים ותכנן לבצע הפיכה שתהפוך אותו לדיקטטור. עם זאת, שעת הכושר חלפה ובולנז'ה לא עשה דבר. ב־1892 זועזעה הרפובליקה שוב במהלך "שערוריית פנמה", פרשת שחיתות הקשורה בבניית תעלת פנמה. בבחירות של 1893 זכו הרפובליקנים לרוב בפרלמנט, אל מול המלוכנים, הרדיקלים והסוציאליסטים. השנים הבאות התאפיינו בממשלות מרכז לא יציבות, אשר התמקדו בעיקר במדיניות חוץ ובמדיניות קולוניאליסטית, וגילו אדישות מסוימת ביחס לסוגיות חברתיות. עובדה זו התבלטה במהלך פרשת דרייפוס, כאשר הממשלות השונות שהנהיגו את צרפת במהלכה הפגינו קהות חושים, הפקידו את ניהולה בידי הצבא, והיו מעוניינות בסגירתה מהר ככל האפשר.

פרשת דרייפוס הופיעה בצרפת בתקופה של מתחים רבים מבחינה חברתית. צרפת עדיין כאבה את תבוסתה לגרמנים ב־1871, ויחסיה עם הקיסרות הגרמנית היו מתוחים מאוד. בקרב האוכלוסייה פעמה בעוז רוח ה"רבאנש" ("נקמה"), והגעגועים למחוזות אלזס ולורן שסופחו לגרמניה לאחר המלחמה. שיתוף פעולה עם הגרמנים נחשב למעשה חמור מאוד. ככלל, החברה הצרפתית הייתה מפולגת בין שלל דעות וסיעות. המלוכנים עדיין היוו כוח שיש להתחשב בו, וכנגדם התחזק בהדרגה כוחם של הסוציאליסטים ואף של האנרכיסטים. הנצרות הקתולית נחלשה, אך עדיין שמרה על כוח רב.

בשנת 1895 מנו היהודים בצרפת המטרופוליטנית כ-80,000 (מתוכם 40,000 בפריז בלבד) וכ-45,000 יהודים נוספים חיו באלג'יריה. בעקבות האמנציפציה הצליחו היהודים להתערות היטב בחברה הגבוהה בצרפת. אולם גלי הלאומנות ששטפו את אירופה בעקבות אביב העמים, והתחזקו בצרפת עוד יותר בשל המלחמה עם פרוסיה, גרמו לכך שהיהודים נתפסו כגורם לא־צרפתי. לכך נוספו האשמות כי יהודים התעשרו כתוצאה ממתן הלוואות לממשלת צרפת, הלוואות שנועדו לממן את תשלום הפיצויים לגרמנים שלו התחייבו הצרפתים לאחר המלחמה. העובדה שהמוני יהודים שחיו באלזס ובלורן במשך מאות שנים ופיתחו קהילה משגשגת, בחרו להגר מערבה (לצרפת) לאחר הסיפוח הגרמני (בהם משפחתו של דרייפוס עצמו), לא שינתה את דעת הקהל. האנטישמיות הצרפתית התגברה במיוחד לאחר פרסום ספרו של אדואר דרימון "צרפת היהודית" בשנת 1886. הספר נמכר במהדורה הראשונה בכ-100,000 עותקים.

ב־1892 פתח דרימון את העיתון "לה ליבר פארול", שבו המשיך בתעמולה גזענית, אנטישמית וקסנופובית. עוד באותה שנה הגיע העיתון לתפוצה של כ-200,000 עותקים. העיתון התחזק מאוד בעקבות שערוריית פנמה, אשר בה היו מעורבים שני יהודים: ז'אק דה ריינאך וקורנליוס הרץ . ריינאך התאבד לאחר שנסחט בנוגע לפרשה, אולם לפני מותו מסר לעיתון של דרימון את רשימת חברי הפרלמנט שהיו מעורבים בשערורייה, בתמורה לטיוח חלקו שלו בפרשה. דרימון ניצל את הפרשה כדי להבליט את חלקם של היהודים בכלכלה הצרפתית ולהאשים אותם בשחיתות. האנטישמיות בצרפת לא פסחה גם על הדרגים הגבוהים בצבא, ובמטה הכללי היה דרייפוס עצמו היהודי היחיד. עם זאת, הצבא בכללותו היה פתוח יחסית, ובתחילת הפרשה היו בו כ-300 קצינים יהודיים, מתוכם עשרה בדרגות גנרלים.

ממוזער|170px|מקסימיליאן פון שוורצקופן הנספח הצבאי הגרמני ב[[פריז]]

לנוכח מרוץ החימוש שהתקיים באותה עת בכמעט כל מדינות אירופה, והסתיים עם מלחמת העולם הראשונה, הפעילו כל המעצמות רשתות ריגול פעילות. כל עסקי הריגול בצרפת היו מרוכזים תחת "המשרד השני" של צבא צרפת. המשרד השני היה ארגון רשמי אשר שכן במשרד רשמי, קיבל את הדו"חות הרשמיים של הנספחים הצבאיים בארצות השונות וקיים פגישות רשמיות עם נספחים צבאיים ממדינות זרות. עם זאת, המשרד השני הפעיל תת־משרד שכונה "המשרד הסטטיסטי", מטהו היה סודי, והוא דיווח ישירות לשר ההגנה ולראש המטה הכללי. המשרד הפעיל רשת של סוכנים וסוכנים כפולים, ומרבית קציני הצבא כינו אותו פשוט "מחלקת הריגול הנגדי".

ב־1887 מונה ז'אן סאנדהר למפקד המשרד השני, וגילה שהוא במצב גרוע מאוד. שירות הביון הצרפתי פיגר בכמה רמות אחרי זה של הגרמנים והאיטלקים למשל. כאשר התמנה אוגוסט מרסייה לשר ההגנה ב־1893, הצליח סאנדהר לשכנע אותו להקציב סכומים גדולים יותר למשרד השני, והפך אותו לארגון ריגול יעיל ביותר, אשר לא פיגר בהרבה אחרי הגרמנים. במסגרת תפקידו הפעיל סאנדהר רשת ריגול ענפה בגרמניה. למוריס בארס אמר: "אילו הראיתי לך את שמות האנשים שאנו משלמים להם בגרמניה, היית יוצא מדעתך". מנגד, פריז עצמה הייתה מלאה במרגלים של מדינות זרות. בין 1888–1890 נתפסו חמישה מרגלים בצבא צרפת. הנמרצים ביותר בפעולות הריגול נגד הצרפתים היו הגרמנים. מרבית המדינות השתמשו בנספחים הצבאיים שלהם בשגרירויות כדי להקים רשתות ריגול,}} אולם הגרמנים הרחיקו לכת באופן משמעותי בנושא זה.

השגריר הגרמני בפריז, הרוזן צו מינסטר, היה אדם מכובד אשר תיעב עסקי ריגול מכל סוג. עם זאת, ב־1891 התגלה כי הנספח הצבאי שעבד תחתיו, פון היהנה (Huehne), הפעיל כמה מרגלים ללא ידיעתו. גרמניה החזירה את היהנה ושלחה במקומו את מקסימיליאן פון שוורצקופן. מינסטר הבטיח לשר החוץ הצרפתי כי "אתו לא תהיינה לכם בעיות". עם זאת, שוורצקופן לא היה כפוף למינסטר אלא למטכ"ל בברלין בלבד, ולפיכך המשיך בפעילות קודמו, ומתחת לאפו של השגריר החל לארגן רשת מרגלים ענפה. דיווחיו עברו במישרין לממשלת גרמניה, וייתכן שאף לקיסר וילהלם השני עצמו, אשר העריך מאוד את שוורצקופן. מייד עם הגיעו לפריז קשר שוורצקופן קשרי ידידות עם הנספח הצבאי של ממלכת איטליה, אלסנדרו פניצארדי, שגם הוא עסק בריגול. עד מהרה הפכו השניים לנאהבים, והתראו כמעט מדי יום. פניצארדי נהג לחתום על מכתביו לשוורצקופן בשם "אלכסנדרין". המודיעין הצרפתי ידע על פעילות הריגול שבה עסק שוורצקופן, וכן על קשריו עם פניצארדי. לצרפתים נודע גם ששוורצקופן ופניצארדי מחליפים מידע שהצליחו להשיג.

שוורצקופן גילה חוסר זהירות בטיפול בחומר שהגיע אליו. את המכתבים הרגישים שהגיעו אליו הוא לא נהג לשרוף, אלא קרע והשליך לאשפה. לרוע מזלו, מארי באסטיאן, המנקה הצרפתייה שעבדה בשגרירות הגרמנית, עבדה כסוכנת של המשרד השני תחת שם הקוד "אוגוסט". באסטיאן לא ידעה קרוא וכתוב והתחזתה לטיפשה, וכך הצליחה לגנוב ניירות מסלי האשפה של השגרירות. מכיוון שנהנתה מאמון מוחלט של אנשי השגרירות, היא התנדבה לא אחת להחליף את השומר בשער וכך הצליחה לגנוב מכתבים ישירות מתיבת הדואר. במשרד לסטטיסטיקה היו משחזרים מחדש את קרעי הניירות ומתרגמים אותם אם היה צורך, וכך ידעו הצרפתים בדיוק איזה מידע שוורצקופן מקבל ממרגליו. השירות שהעניקה באסטיאן היה כה חשוב, עד כי הוא נודע בפי אנשי המשרד הסטטיסטי ומאוחר יותר בפי חוקרי פרשת דרייפוס, בכינוי "הדרך הרגילה".

ממוזער|150px|אלפרד דרייפוס

אלפרד דרייפוס נולד ב-1859 למשפחה יהודית אמידה ומיוחסת בעיר מילוז שבאלזס, אשר השתייכה אז לצרפת. משפחתו עסקה בייצור טקסטיל. במהלך מלחמת צרפת–פרוסיה נכבשה עירו בידי הפרוסים, ולאחר מכן סופחה ל. בעקבות כך עקרה משפחתו לפריז. מאורעות אלו השפיעו על החלטתו להתגייס ב־1877 לצבא צרפת. הוא למד באקול פוליטקניק ולאחר מכן בקורס לקציני ארטילריה. ב־1889 כבר החזיק בדרגת קפיטן (סרן). ב־1893 נכנס למטה הכללי. דרייפוס היה היהודי היחיד במטה הכללי, אולם הוא לא התייחס כמעט אף פעם להיותו יהודי, ושמר על קשר מועט עם הקהילה היהודית בצרפת. גילוי האנטישמיות המשמעותי היחיד שנתקל בו במהלך הקריירה שלו, היה כאשר באחד המבחנים העניק לו אחד הבוחנים ציון נמוך באופן חריג בטענה שהוא אינו רוצה שיהודי יגיע למטה הכללי.

דרייפוס היה אהוב ומוערך מאוד על ידי מפקדיו, אולם עמיתיו לא חיבבו אותו ולא היו לו חברים במטה הכללי. בנוסף על כך שהיה יהודי, הוא היה נשוי ובן למשפחה אמידה, בניגוד לרוב הקצינים בדרגתו שהיו רווקים עם הכנסה צנועה. כמו כן, הוא היה קשוח, יהיר, שתקן ו"הוגן עד כדי אי־נעימות". הוא בלט בתכונתו לנסות לרצות את הממונים עליו, מה שרק הרגיז יותר את עמיתיו. כמו כן, לא סייעה לו העובדה שבשל מוצאו מאלזס היה לו מבטא גרמני קל..}} חרף היותו פטריוט צרפתי מושבע, הוא ביקר לעיתים קרובות בעיר הולדתו מילוז, שהייתה תחת שלטון גרמני, ורבות מהנשים שעמן התרועע לפני נישואיו דיברו גרמנית.

פרדיננד אסטרהאזי נולד בפריז ב־1847. מוצא משפחתו היה מהונגריה, וב־1870 התגייס ללגיון הזרים הצרפתי. משם המשיך לצבא הסדיר והגיע לדרגת קפיטן. בין 1881–1882 שירת במשרד השני והיה מיודד עם סאנדהר. הוא נישא לצרפתייה ממעמד מכובד, והיה אב לשתי בנות ובעליה של טירה קטנה. עם זאת, הוא נודע באופיו ההרפתקני, באורח חייו הפזרני וההולל, ובקשריו עם נשים שהוציאו ממנו כסף רב. הוא מעולם לא גילה אהדה רבה מדי לצרפת, ובהמשך הפרשה אף פורסמו מכתבים שלו המעידים על נטיות גרמנופיליות. אורח חייו סיבך אותו בסופו של דבר בחובות, והוא ניסה להיחלץ מהם באמצעים שונים ללא הצלחה.

לפי זיכרונותיו של שוורצקופן, אשר פורסמו ב־1930 לאחר מותו, פנה אליו אסטרהאזי לראשונה ב-20 ביולי 1894. הוא הופיע במדים בשגרירות הגרמנית ולא הזדהה בשמו. הוא פירט בפני שוורצקופן את הקריירה שלו והסביר שהוא זקוק לכסף. שוורצקופן העמיד בתחילה פנים שאינו מעוניין, אולם למחרת יצר אסטרהאזי קשר פעם נוספת. ב-22 ביולי יצר שוורצקופן קשר עם מפקדיו בברלין, ואלו הורו לו לקיים מגע עם האלמוני. ב-27 ביולי הופיע אסטרהאזי שוב והפעם הזדהה בשמו. הוא דרש משוורצקופן תשלום חודשי של 2,000 פרנקים תמורת שירותו, אולם שוורצקופן סירב בטענה שסוכניו מקבלים שכר לפי הסחורה שהם מביאים. בתחילת אוגוסט שהה שוורצקופן בגרמניה, וקיבל אישור סופי מהממונים עליו להפעיל את אסטרהאזי כסוכן. ב-13 באוגוסט הופיע אסטרהאזי שוב בשגרירות והבטיח להביא לשוורצקופן את תוכנית הגיוס של הארטילריה הצרפתית. כעבור יומיים הוא אכן שב עם המסמך וקיבל משוורצקופן 1,000 פרנקים. מאז נפגשו שוורצקופן ואסטרהאזי מדי 15 יום, אך במרץ 1896 ניתק שוורצקופן את הקשר עמו משום שהמידע שהביא היה בעל חשיבות מועטה מדי. מרבית המידע על קשריהם של שוורצקופן ואסטרהאזי מגיע מזיכרונותיו של שוורצקופן, שנחשבים לא אמינים במחקר ההיסטורי המודרני.

ממוזער|200px|תצלום של הבורדרו מ-13 באוקטובר [[1894. המקור אבד בתחילת המאה ה-20]]

עוד ב-1893 טען סאנדהר כי בשורות הצבא הצרפתי, ואולי אפילו במטכ"ל הצרפתי, פועל מרגל המעביר מידע לגרמנים. הוא גילה בין היתר כי התרשימים הטופוגרפיים של ביצורי הערים טיל, ריימס ונאנסי, עם ציון המקומות שבהם הוצבו סוללות התותחים, הועברו לידי הגרמנים, מה שעורר דאגה רבה במשרד הסטטיסטי. לפי הגרסה המקובלת, ב-26 בספטמבר 1894 נפגש סגנו של סאנדהר, אובר־ז'וזף אנרי, שבהמשך היה דמות מפתח בפרשה, עם באסטיאן המנקה, אשר הביאה לו שקיות ובהן פיסות נייר ממכתבים שונים מהתאריכים 4, 21, 24 ו-26 באוגוסט ומ-2 בספטמבר. הסיבה לאיחור במשלוח הייתה שאנרי היה בחופשה, ובאסטיאן שמרה על החומר עבורו.

אחד המסמכים שהביאה באסטיאן לאנרי היה המכתב שנודע בתור "הבורדרו" ("האיגרת"). הוא היה קרוע לשישה חלקים, ואנרי לא התקשה לחבר אותם מחדש ולקרוא את תוכנו. המסמך היה קצר ותמציתי, ונשלח ללא ספק בידי מרגל. במסמך הציע המרגל להעביר לשוורצקופן כמה מסמכים שלרובם הייתה חשיבות מעטה. יש הסבורים שהמכתב נועד להוות תשובה חלקית לשאלון בן 11 שאלות ששוורצקופן נהג להציג לסוכנים שעבדו עבורו. זה תוכנו:

{{ציטוט|תוכן=באין ידיעות שרצונך לראותני, הנני מביא לפניך, אדוני, מספר ידיעות מעניינות:

# תזכיר על הבלם ההידראולי של (תותח) 120 (מ"מ) והצורה שבה מוסע תותח זה;

# תזכיר על גייסות החיפוי (לפי התכנית החדשה יוכנסו מספר שינויים);

# תזכיר על שינוי בעוצבות הארטילריה;

# תזכיר ביחס למדגסקר;

# ההצעה למדריך ירי לחיל תותחי השדה (14 במרץ 1894)

קשה מאוד להשיג את המסמך האחרון. הוא היה ברשותי רק ימים ספורים. מיניסטריון המלחמה שלח כמה עותקים בלבד לגייסות השונים והאחריות לעותקים אלה נופלת על הגייסות. כל קצין המחזיק בעותק חייב להחזירו אחרי התמרונים. אם תרצה לקחת טופס המעניין אותך ולהעמידו לרשותי לאחר מכן, אקחנו ממך. אלא אם תרצה שאעתיקו כלשונו ואשלח אליך את העותק. אני עומד לצאת לתמרונים.

}}

לכל אורך הפרשה, היה מקובל להאמין שהבורדרו אכן הגיע אל אנרי ב"דרך הרגילה", דהיינו באמצעות באסטיאן. עם זאת, היסטוריונים שונים, כמו ז'וזף ריינאך ומוריס בומון, העלו השערה על פיה המכתב נגנב מתיבת הדואר של שוורצקופן ומעולם לא הגיע ליעדו. לפי טענה זו, המכתב נגנב בידי סוכן ממוצא אלזסי בשם בריקר (Brücker), אשר עבד במשך שנים עבור המשרד הסטטיסטי. בריקר היה בין היתר האדם שגייס עבור המשרד הסטטיסטי את באסטיאן. עם זאת, במשרד השני איבדו בו אמון לאחר שהתגלה כי המאהבת שלו ריגלה עבור הגרמנים. לפי חלק מההשערות, בריקר רצה לרכוש מחדש את אמון המשרד הסטטיסטי, ולפיכך, כאשר באחת הפעמים נעדר השוער בכניסה לשגרירות, התגנב בריקר והוציא מתיבת הדואר את המעטפה שבתוכה היה הבורדרו. לפי דעה זו, בריקר הביא לאנרי את הבורדרו כשהוא שלם, ואנרי היה זה שקרע אותו לחתיכות כדי שיראה כאילו הגיע ב"דרך הרגילה". תאוריית קשר גורסת כי אנרי לא רצה בתחילה להביא את הבורדרו לידי סאנדהר, משום שזיהה את כתב ידו של אסטרהאזי אשר עבד עמו בעבר במשרד הסטטיסטי והיה ידיד קרוב שלו, אולם בריקר איים עליו שיספר לסאנדהר על כל העניין ולפיכך אנרי נכנע. דרייפוס עצמו נטה יותר לקבל את "גרסת בריקר", וגם שוורצקופן בזיכרונותיו טוען שהבורדרו מעולם לא הגיע לשולחנו. היה לו אינטרס ברור לטעון כך, כדי להפחית מרשלנותו הניכרת לאורך כל הפרשה. כיום נוטים מרבית ההיסטוריונים להאמין שהבורדרו כן הגיע בדרך הרגילה.

אנרי העביר מייד את הבורדרו לידי סאנדהר. סאנדהר מיהר להעבירו לידי הגנרל רנואר, אשר שימש כממלא מקום הרמטכ"ל (הרמטכ"ל בואדפר לא נמצא אותה עת בפריז), שבתורו העביר אותו לידי שר ההגנה אוגוסט מרסייה. מרסייה הורה מיד להתחיל בחיפושים אחר המרגל. סאנדהר ניסה להשוות את כתב היד עם כתבי יד של מרגלים מוכרים שהיו בארכיון שלו, אולם החיפוש לא הניב תוצאות. סאנדהר ומרסייה שיערו שכותב הבורדרו הוא חבר במטכ"ל, שכן אחרת לא הייתה יכולה להיות לו גישה למסמכים הללו. הבורדרו הופץ בין מפקדי המשרדים השונים כדי שהללו ישוו אותו עם כתבי היד של אנשיהם, אך איש מהם לא זיהה אותה. סאנדהר החליט למקד את החיפוש באגף הארטילריה, אולם ראש האגף גם הוא לא זיהה את הכתב. ב-5 באוקטובר הגיעה החקירה למבוי סתום.

ב-6 באוקטובר הושגה פריצת דרך בידי לוטננט קולונל אנרי ד'אבוביל, סגן מפקד המשרד הרביעי האחראי על ההובלה ועל מסילות הברזל. ד'אבוביל הפנה את תשומת לבו של מפקדו, קולונל פאבר (Fabre), לעובדה שסוג הידיעות המוצגות בבורדרו מעיד שהכותב עבד בכל ארבעת המשרדים של הצבא, ופירושו של דבר שהוא אחד מ"המתמחים", היינו קציני המטכ"ל שהוסמכו לא מכבר והיו חייבים לעבור תקופה בכל אחד מהמשרדים לפני ששובצו ביחידותיהם. כעת החיפוש הצטמצם מאוד. המרגל היה מוכרח להיות מתמחה אשר משתייך לאגף הארטילריה. דרייפוס באותה עת עבד במשרדו של פאבר, והוא התאים בדיוק לתיאור. פאבר לא חיבב את דרייפוס{{ביאור|רצה המקרה ובדיוק באותה העת היה פאבר עסוק ברשימת הערה לא מחמיאה על דרייפוס: "קצין הלוקה בחסר, אינטליגנטי ומאוד מוכשר, אבל יהיר. אך באשר לאופיו, הגינותו, והאופן שבו הוא ממלא את חובת השירות, אינו עומד במבחנים הדרושים כדי לשרת במטה הכללי של הצבא".}} ולפיכך הביא טופס בכתב ידו והשווה בינו לבין תצלום של הבורדרו. אכן נמצא דמיון רב.{{ביאור|חוקרים מודרניים אשר השוו את כתב ידם של דרייפוס ושל אסטרהאזי הגיעו למסקנה כי אכן יש דמיון ביניהם, אולם הוא שטחי בלבד ונובע רק מצורת הכתיבה שהייתה מקובלת אז. באותה מידה יכול היה הכתב להיות דומה להרבה כתבים אחרים.}}

הבעיה שעמדה בפני פאבר וד'אבוביל הייתה אזכורו של כותב המכתב כי הוא עתיד לצאת לתמרונים. בדיקה שערכו גילתה שדרייפוס לא השתתף בתמרונים בזמן האחרון. עם זאת, הם גילו כי בחודש יוני ערך המטכ"ל מסע במחוזות המזרח ודרייפוס השתתף בו. הם החליטו כי זו הכוונה במילה "תמרונים". "החל מאותו רגע," כותב ז'וזף ריינאך - פוליטיקאי יהודי אשר היה אחד מתומכיו של דרייפוס ולימים הפך לאחד ממתעדיה החשובים של הפרשה: "מתרחשת התופעה שתחלוש על כל ה'פרשה'. לא העובדות הבדוקות שנבחנו בזהירות הן היסוד שעליו מתבססת האמונה, אלא להפך, האמונה הקבועה מראש, שאין להפריך אותה או לחלוק עליה, היא המעוותת את העובדות ומסלפת אותן". פאבר שיתף בתגליתו את סגן הרמטכ"ל שארל־ארתור גונז, אשר הסכים עם המסקנות והחליט להמתין לפני שיעביר את המידע הלאה. תחת זאת, הוא סיפר על כך לרמטכ"ל בואדפר, אשר נרעש מהרעיון מכיוון שהכיר את דרייפוס וחיבב אותו. כמו כן הוא שיתף בתגלית את סאנדהר, אשר מכיוון שנודע כאנטישמי מושבע קיבל מיד את ההאשמות. הוא אף טען שראה את דרייפוס מסתובב באזור מטה המשרד הסטטיסטי, וכי דרייפוס נהג לשאול אותו שאלות רבות, וזאת אף על פי שהוא מעולם לא פגש את דרייפוס.

תוצאות החקירה הוגשו למחרת אל שר ההגנה מרסייה, אשר היה מסויג מעט יותר ודרש שתיערך בדיקה מקצועית יותר. גונז החליט ליטול את היוזמה לידיו וקרא למשרדו את לוטננט קולונל ארמאן די פאטי דה קלאם, אשר נודע בכישוריו הגרפולוגיים. גונז הציג בפני פאטי את הבורדרו לעומת כתב יד של דרייפוס בלי לספר לו למי שייך כתב היד. פאטי קבע מיד כי שני כתבי היד זהים. גונז הסביר לו כעת את החשד ופרט בפניו את החקירה החובבנית של פאבר. פאטי חקר את כתבי היד במהלך 7 באוקטובר, ולמחרת הגיש את תוצאות מחקרו אשר קבעו כי "למרות כמה הבדלים" שני כתבי היד זהים ורצוי להגיש אותם לחקירה רצינית יותר.

מרסייה החל לפעול במישור הפוליטי כדי להבטיח סיום מהיר של הפרשה. ב-10 באוקטובר הוא נפגש עם נשיא צרפת ז'אן קזימיר־פרייה וניסה לתאר את הפרשה כולה כאירוע שולי שיש לטפל בו במהירות. פרייה נפגש עם ראש הממשלה שארל דופוי והשניים סיכמו לכנס קבינט מיוחד למחרת היום. הדיון נערך במשרד הפנים ונכחו בו, פרט לנשיא ולראש הממשלה, רק שר החוץ, שר המשפטים לודוביק טרארי ומרסייה עצמו. מרסייה סקר את הפרשה בקצרה וקבע כי ישנו חשוד, אולם לא נקב בשמו (פרט לראש הממשלה והנשיא, איש מהפוליטיקאים לא ידע את שמו). הוא דרש לערוך משפט מהיר ולסיים את הפרשה. עם זאת, שר החוץ גבריאל הנוטו התנגד לכך בחריפות בטענה שהמצב הפוליטי בין גרמניה לצרפת שברירי מאוד ופרשייה כזו עלולה להטיל צל על השירות הדיפלומטי הגרמני והצרפתי כאחד. הוא דרש להימנע מכל תקרית, ולו הקטנה ביותר. מרסייה עמד על שלו וטען שהאירוע חשוב מאוד למדינה. דופוי העלה לבסוף פשרה: תיפתח חקירה כנגד החשוד, אולם אם לא תמצאנה הוכחות נוספות לאשמתו פרט לבורדרו, ההליך המשפטי יפסק. באותו ערב ביקר הנוטו בביתו של מרסייה והתחנן בפניו לעצור את החקירה, אולם מרסייה טען שקצינים רבים מדי במטה הכללי יודעים על הפרשייה, ואם החקירה תפסק, תתעורר שערורייה, ומלבד זאת, החוק מחייב להעניש בוגדים במולדת.

מרסייה ביקש משר המשפטים להמליץ לו על מומחה לכתב יד שיוכל לנתח את הכתבים. השר המליץ לו על אלפרד גובר, מומחה לכתבי יד מטעם הבנק של צרפת. מרסייה זימן אותו אליו ללשכתו, ולאחר שהסביר לו את עבודתו, שלח אותו לבואדפר וגונז אשר הציגו בפניו את הכתבים וחיוו את דעתם בפניו כי מדובר באותו אדם, בלי לנקוב בשמו של החשוד. מרסייה לא אמר די בכך, ושלח את פאטי וסאנדהר אל מפקד משטרת פריז כדי שימצא לו מומחה נוסף. מפקד המשטרה המליץ להם על אלפונס ברטיון הנודע, אשר תרם רבות לחקר הפשע. ברטיון הבין מעט מאוד בכתבי יד, אולם היה אנטישמי מובהק, כך ששיתוף הפעולה שלו היה ודאי. בבוקר 13 באוקטובר הגיש גובר את מסקנות חקירתו. הופעל עליו לחץ ניכר לטעון ששני הכתבים זהים, אולם למרות זאת הוא הצהיר כי אף על פי שישנם קווי דמיון רבים בין הכתבים, הרי שישנם גם ניגודים רבים. הוא הצהיר כי אכן יכול להיות שהבורדרו נכתב בידי דרייפוס, אך בהחלט יכול להיות שלא. באותה שעה ממש, החל ברטיון לעבוד על כתבי היד, ובערב כבר הצהיר ללא כל ספק כי הם זהים לחלוטין. מרסייה הבין שאין די בכך עבור המשפט המתוכנן, ולפיכך הורה לברטיון לערוך חקירה מעמיקה יותר.

{| align="right"

|

קובץ:Sandherr, Nicolas Jean Robert Conrad Auguste.jpg|ז'אן סאנדהר, ראש המחלקה לריגול נגדי אשר חשף את קיומו של מרגל בצבא צרפת וקיבל את האשמתו של דרייפוס

קובץ:Auguste Mercier.jpg|אוגוסט מרסייה, שר המלחמה של צרפת

קובץ:Du Paty de Clam.jpg|ארמאן די פאטי דה קלאם, חקר את כתב היד של דרייפוס ולאחר מכן היה אחראי על מעצרו

|}

ממוזער|180px|פרדיננד פורצינטי, מפקד בית הסוהר שרש־מידי, שהיה היחיד שגילה יחס אנושי כלפי דרייפוס. האמין מלכתחילה שהוא חף מפשע, והמשיך לתמוך בו לאורך כל הפרשה.

ב-12 באוקטובר, עוד בטרם הגישו גובר וברטיון את מסקנותיהם, כבר זימן אליו בואדפר את פאטי ודרש ממנו לאסור את דרייפוס ולבצע חיפוש בביתו. במקום לבצע מעצר פשוט, פאטי הכין תוכנית מפורטת ודרמטית כיצד לעשות זאת. ככל הנראה הוא קיווה שדרייפוס ישבר ויודה בכל. ביום שבת 13 באוקטובר קיבל דרייפוס אל ביתו צו המורה לו להגיע ביום שני 15 באוקטובר למיניסטריון המלחמה בלבוש אזרחי לצורך ביקורת שגרתית. דרייפוס תמה על ההוראה, אולם לא חשד במאום. ייתכן שבכוונה העניק לו פאטי מרווח של זמן מתוך תקווה שדרייפוס ינסה להימלט או להסתתר וכך יאשש באופן רשמי את החשדות לגביו. אולם לא כך קרה, ובמועד הנקוב הופיע דרייפוס בכניסה למיניסטריון המלחמה. בכניסה, הוא פגש את לוטננט קולונל ז'ורז' פיקאר, אשר עתיד למלא תפקיד חשוב בהמשך הפרשה ולעת עתה רק הוכנס בסוד העניינים. פיקאר הזמין את דרייפוס לחדרו, שם שוחחו במשך כמה דקות, ולאחר מכן הוביל אותו אל חדרו של בואדפר. זה האחרון לא היה בחדר, ובמקומו מצא דרייפוס את פאטי ועוד שלושה אנשים בלבוש אזרחי.

פאטי הציג את עצמו בפני דרייפוס וביקש ממנו כטובה אישית לכתוב בשבילו מכתב לבואדפר. פאטי החל להכתיב לו מכתב אשר שילב בתוכו קטעים מתוך הבורדרו. בשלב מסוים נראה היה שדרייפוס מאבד את ביטחונו העצמי, וידו החלה לרעוד באמצע הכתיבה. פאטי ניסה לערער אותו עוד יותר, אולם לא הצליח בכך. לפיכך, הוא החליט לנטוש את העמדת הפנים. הוא הניח יד על כתפו של דרייפוס והצהיר: "בשם החוק אני אוסר אותך. אתה נאשם בבגידה במולדת". דרייפוס העיד לימים כי: "אילו הלם בי הרעם לא היה גורם לי להזדעזעות כה עזה". הוא החל למחות ולזעוק שהוא חף מפשע, בעוד האנשים בחדר השתלטו עליו ונטלו ממנו את מפתחות ביתו. פאטי הגיש לו אקדח והציע לו להתאבד כ"מוצא של כבוד", אולם דרייפוס השיב: "אני רוצה לחיות כדי להוכיח את חפותי". האנשים אזקו אותו ומסרו אותו לידי אנרי, אשר הוביל אותו לבית הסוהר שרש־מידי , שם נכלא בתא לבדו, ונאסר עליו לכתוב או ליצור מגע עם אדם.

מיד לאחר מכן, מיהר פאטי אל ביתו של דרייפוס. הוא פגש את לוסי דרייפוס ובישר לה על מעצרו של בעלה. הוא ערך חיפוש בבית, והחרים מכתבים אישיים, כולל מכתבים שכתבו הזוג דרייפוס זה לזה בתקופת אירוסיהם. נאסר עליה לספר לאף אחד על מה שקרה, והיא קיבלה רק פתק אחד מבעלה. רק ב-31 באוקטובר הותר לה לספר למשפחה, והיא מיהרה ליצור קשר עם אחיו של בעלה, מתייה דרייפוס, וביקשה ממנו לבוא לפריז במהירות. במהלך הימים שלאחר מעצרו, ביקר פאטי את דרייפוס בתאו מדי ערב. הוא חקר אותו בצורה נוקשה ביותר, וניסה ללא הרף להביך אותו, לבלבל אותו וליאש אותו. הוא הכתיב לו הכתבות ארוכות ואיים עליו שגורלו נחרץ. כל אותו הזמן, לא נאמר לדרייפוס במה מאשימים אותו ולא ניתן לו לראות את הבורדרו. כתוצאה מכך, בריאותו הנפשית התערערה כליל, והוא שקע בהתקפי דיכאון, או לחלופין בהתקפי זעם שבהם היה משליך כל מה שבהישג יד ואף פוגע בעצמו. בלילות שמעו אותו הסוהרים צוחק לעצמו צחוק מטורף. מפקד הכלא פרדיננד פורצינטי היה היחיד שגילה כלפיו יחס אנושי. הוא בא לבקר אותו ולעודד אותו, ולא הרשה לפאטי להגזים בחקירותיו. ב-27 באוקטובר הוא פנה אל בואדפר וטען שדרייפוס קרוב לטירוף. בואדפר הרשה לו לקחת את דרייפוס לרופא הכלא, וזה רשם לו כדורי הרגעה.

במקביל לחקירה הרשמית, פתח פאטי בחקירה אשר נועדה לחקור את חייו האישיים של דרייפוס ולהכפיש את שמו. דו"ח שהגיע למשטרה קבע שדרייפוס נראה מספר פעמים במועדוני קלפים מפוקפקים. נערך גם דו"ח נגדי אשר הוכיח שדרייפוס מעולם לא ביקר במועדונים הללו, אולם הוא הועלם עד מהרה. נמצא שהיו לו מספר מערכות יחסים עם נשים מחוץ לנישואים, אולם למרות חיפושים נמרצים שערך צוותו של פאטי, לא נמצאה ביניהן אף אחת אשר הייתה עשויה להיות מרגלת. דרייפוס מצדו, טען שכל קשריו עם הנשים הללו נפסקו לאחר נישואיו.

ממוזער|170px|אלפונס ברטיון, מחלוצי הזיהוי הפלילי בעולם, שנתבקש לחקור את כתב ידו של דרייפוס ופיתח את התאוריה על פיה דרייפוס שינה בכוונה את כתב ידו שלו.

בינתיים, המשיך ברטיון בחקירה הרשמית, אשר במסגרתה השווה בין הבורדרו לכתב היד של דרייפוס. ברטיון עבד על הנושא חמישה ימים (בין 15 ל-20 באוקטובר) והפעם הגיש תאוריה חדשה ומורכבת אשר נודעה בתור "הזיוף העצמי". ברטיון טען כי אכן כתב היד של דרייפוס הוא לא כתב היד שבו נכתב הבורדרו, וזאת מכיוון שדרייפוס זייף את כתב היד שלו עצמו כאשר כתב את הבורדרו. לטענתו, דרייפוס ביטח את עצמו מפני חשיפה כאשר הכניס בכתב היד שלו שינויים קלים ומחושבים. בהמשך ברטיון אף פיתח את התאוריה שלו וטען שדרייפוס "גנב" חלק מהשינויים מבני משפחתו. הוא מצא כי חלקים מהבורדרו היו דומים לכתב ידו של מתייה, אחיו של דרייפוס, ואף מצא כי האות S במסמך נלקחה מכתב ידה של גיסתו אנה. הוא הציג תרשימים גרפיים מורכבים אשר הוכיחו את התאוריה שלו, תרשימים אשר רבים לא הבינו אותם אולם סמכו על ברטיון בשל השם שיצא לו כמומחה לזיהוי פלילי. חוקרים מודרניים סבורים שהתאוריה של ברטיון מפוקפקת לחלוטין שלא לומר אווילית, אולם בזמנו היא הוצגה כיצירת מופת חלוצית של הזיהוי הפלילי. מרסייה לקח את ברטיון להיפגש עם הנשיא פרייה, אשר הגיע למסקנה שברטיון "לא סתם מוזר אלא מטורף לחלוטין". בהמשך הוא אף כינה את ברטיון "חולה רוח המוכה בשיגעון", אולם הוא לא יכול היה להתווכח עם המוניטין שיצא לברטיון ועם העובדה שמרבית קציני הצבא קיבלו את התאוריה שלו כנכונה.

עם זאת, בעצת שר המשפטים לודוביק טרארי, כינס מרסייה עוד שלושה מומחים שיעבדו על כתבי היד. אחד מהם שלל מכל וכל את האשמתו של דרייפוס, וקבע שכל דמיון בין הכתבים הוא מקרי. השני קבע בתוקף שכתבי היד זהים והשלישי תמך דווקא בתאוריה של ברטיון. הסתירות בחוות הדעת של המומחים, ערערו את ביטחונו של מרסייה, ואפילו פאטי החל לחוש ספקות לנוכח עקשנותו של דרייפוס שהוא חף מפשע.}}

ממוזער|250px|לוסי דרייפוס, אשתו של אלפרד

ממוזער|150px|אדגר דמאנז', עורך דינו של דרייפוס

חרף העובדה שכל קציני המטכ"ל, וכן כמה פוליטיקאים, כבר היו מעורים היטב בפרטי הפרשה, מרסייה אסר לשחרר פרטים לעיתונות. עם זאת, האירוע הודלף. ב-29 באוקטובר פרסם "לה ליבר פארול" ("המילה החופשית"), ביטאונו של הסופר האנטישמי אדואר דרימון, מאמר מאת אדריאן פאפיו אשר בו נכתב בין היתר:

:.

לא ידוע מי הדליף לדרימון ופאפיו את המידע. המדינאי היהודי ריינאך, אשר היה אחד מתומכיו של דרייפוס ולימים הפך לאחד ההיסטוריונים החשובים של הפרשה, טען שאנרי הדליף את הסיפור כיוון שרצה למנוע ממרסייה לסגת בו מהעמדתו לדין של דרייפוס. ריינאך אף פרסם לימים (1898) בכתב העת לה סייקל (Le Siècle) תצלום של מכתב אשר לטענתו נכתב בידי אנרי ומוען לידי פאפיו, ובו נאמר כי דרייפוס נעצר בעוון ריגול. עם זאת, היסטוריונים אשר בחנו את התצלום הגיעו למסקנה כי אין זה כתב ידו של אנרי. כך או כך, הכתבה בלה ליבר פארול עוררה סערה, וב-31 באוקטובר כבר החלו לזרום לעיתונים פרטים מדויקים. ב-1 בנובמבר אישרה סוכנות הידיעות של הצבא באופן רשמי כי קצין נעצר בעוון ריגול, אולם לא נקבה בשמו. אך באותו יום כבר יצא לה ליבר פארול במודעה בעמוד הראשון: "בגידה במולדת. מאסר של הקצין היהודי אלפרד דרייפוס". העיתון תיאר בדייקנות את כל פרטי הפרשה וסיים: "ואולם יש לנו נחמה אחת. לא צרפתי אמיתי הוא שביצע את הפשע".

כאמור לעיל, מרסייה החל לפקפק באשמתו של דרייפוס לנוכח חוות הדעת הסותרות של המומחים, אולם כעת משפורסמה הפרשה, נחסמה בפניו הדרך לנסיגה. ישיבת ממשלה כונסה באופן חפוז, ומרסייה נאם בפניה באריכות. חרף התנגדותו של הנוטו, הסכימו מרבית השרים על פתיחתה של חקירה משפטית. מרגע זה ואילך, יצא לה ליבר פארול במסע תעמולה והשמצות כנגד דרייפוס, אשר הקו המנחה שלו היה אנטישמיות פשוטה. במקביל, מתייה דרייפוס הגיע לפריז על פי הזמנתה של לוסי, ושם התבשר על מה שקרה. הוא נפגש עם פאטי, אולם זה טען בפניו כי אין כל סיכוי לשחרר את אחיו. מתייה פנה אל עורך הדין אדגר דמאנז' , אשר אף על פי שנודע כשמרן קיצוני ואף כמלוכן וכקתולי אדוק, הסכים לקחת את התיק לאחר שילמד אותו על בוריו. אולם לדמאנז' לא הורשה לראות את התיק או להיפגש עם דרייפוס עד 5 בדצמבר. כאשר ראה את התיק, הצהיר מיד שדרייפוס לא היה יושב בכלא אלמלא היה יהודי, וניאות לקחת אותו. לדרייפוס עצמו הובהר סוף סוף במה בדיוק מאשימים אותו והותר לו לראשונה לראות את הבורדרו. הוא הכחיש כל קשר.

מרגע שנתקבל אישור מהממשלה לפתוח בחקירה ממשלתית, העביר מרסייה את התיק לידי הגנרל פליקס גוסטב סוסייה, המושל הצבאי של פריז. לסוסייה הייתה יריבות אישית ארוכה עם מרסייה, והוא לא היה להוט לפתוח בחקירה. אולם לא הייתה לו ברירה, וב-3 בנובמבר הסמיך את הקומנדנט בקסון ד'אומרשוויל לבצע את החקירה. חקירתו של ד'אומרשוויל הייתה רשלנית ומוטית, ונעשתה מתוך אמונה ראשונית שדרייפוס אכן אשם. הוא התעלם מכל החוקרים אשר טענו כי אין דמיון בין הכתב בבורדרו לכתב ידו של דרייפוס, ובחר לקבל רק את הדעות הנגדיות. לעיתים קרובות הוא חזר בתחקירים שלו מילה במילה על תחקיריו של פאטי. חלק נכבד מהתחקירים יוחדו לנשים אשר דרייפוס היה עמן בקשר. ד'אומרשוויל היה מודע לכך שהראיות נגד דרייפוס מעטות מאוד, והוא לא היסס לנצל אפילו עובדה זו כדי לטעון שדרייפוס אכן אשם. כך לדוגמה, הוא טען שהעובדה שבביתו של דרייפוס נמצאו מעט מאוד מכתבים, מעידה על כך שדרייפוס השמיד את כל המכתבים החשודים. ד'אומרשוויל התייעץ עם פאטי בכל שלב משלבי החקירה, עד כדי כך שהדבר נמאס אפילו על אנשי צוותו. ב-3 בדצמבר הגיש ד'אומרשוויל את הדו"ח שלו לסוסייה, והמליץ בו על פתיחת משפט צבאי כנגד דרייפוס. סוסייה התנגד עקרונית למהלך, והיה מסוגל להורות על ביטול החקירה, אולם לא עשה זאת, ככל הנראה מתוך אמונה בצדק הצבאי. למחרת הוא הוציא את ההוראה להעמיד את דרייפוס למשפט צבאי בפריז וקבע את מועד תחילת המשפט ל-19 בדצמבר.

ממוזער|160px|גאורג הרברט צו מינסטר|הרוזן צו מינסטר, שגריר גרמניה בפריז. לא ידע על עסקי הריגול ששוורצקופן ניהל מאחורי גבו, והכחיש את חלקה של גרמניה בפרשה.

במהלך הפרשה כולה, התבטאה באופן מיוחד חשיבותה של דעת הקהל וכן של העיתונות. במהלך הימים שבין פרסום הפרשה לתחילת המשפט, עסקו העיתונים כולם באירוע. בתחילה נהנה העיתון "לה ליבר פארול" מיתרון בולט על פני כל שאר העיתונים בדיווחים אמינים על פרטי הפרשה ובמאמרי ביקורת נוקבים כנגד הצבא על שהחזיק את דרייפוס, נגד מרסייה עצמו על שלא נקט יד חזקה מספיק במהלך הפרשה, וגם נגד דרייפוס עצמו והקהילה היהודית בכלל. אל "לה ליבר פארול" הצטרפו כל עיתוני הימין אשר החלו בפרסום מאמרים אנטישמיים. עיתוני השמאל שמרו על נימה מתונה יותר, אולם גם הם לא גילו אהדה רבה לדרייפוס. מתייה ניסה לפנות לעיתונים שונים בבקשה לפרסם מאמר תגובה, אולם נענה רק על ידי "לה פטי ז'ורנל", שם התפרסם מאמר אשר תבע את זכותו של היהודי "להיות חף מפשע". אולם ההתקפות לא היו מכוונות רק כנגד דרייפוס. עיתוני הימין ביקרו את מרסייה בחריפות על הרשלנות שמגלה הצבא בלכידת מרגלים, כמו גם על העובדה שמרסייה השתיק את הפרשה בתחילה. גם עיתוני השמאל כדוגמת לה פיגארו, הצטרפו למתקפה זו. בתגובה, מרסייה התראיין ב-17 בנובמבר לז'ורנל וטען כי החקירה תיסגר בקרוב. הוא ניסה להציג את הפרשה כולה כאירוע שולי וחסר ערך, אולם הדבר רק החריף את המתקפות כנגדו מצד עיתוני הימין. בניסיון להנמיך את האש, הוא התראיין ב-28 בנובמבר ללה פיגארו, וטען כי "האשמה [של דרייפוס] ברורה, מוחלטת". הצהרה זו שימחה מאוד את עיתונות הימין, כיוון שהיא היוותה למעשה הודעה רשמית שדרייפוס אכן אשם. סוכנות הידיעות הרשמית של הצבא מיהרה להכחיש את הדברים, אולם כבר היה מאוחר מדי. מכאן ואילך הפכה פרשת דרייפוס, לדידו של מרסייה, לעניין אישי לחלוטין.

שורצקופן ופניצארדי מצדם, הופתעו כליל כשהתפרסמה בעיתונים האשמתו של דרייפוס. שניהם סברו בתחילה שאולי דרייפוס פעל ישירות דרך המטכלי"ם שלהם ולא דרכם, ולפיכך מיהרו ליצור עמם קשר. ב-2 בנובמבר כתב פניצארדי לקומנדו סופרמו ברומא, מברק בנוסח: "אם לקפיטן דרייפוס אין כל קשר אתכם רצוי להורות לשגריר לפרסם הכחשה רשמית, כדי למנוע פרשנות העיתונות". עוד באותו היום הגיעה מרומא התשובה: "למטכ"ל האיטלקי ולכל השירותים הקשורים אתו לא היה כל קשר, לא במישרין ולא בעקיפין, עם הקפיטן דרייפוס". המברק הראשון נקלט בידי המודיעין הצרפתי, אך לא המברק השני. בתחילה לא ייחסו לו חשיבות, אולם בהמשך עתיד "מברק פניצארדי" להפוך לאחד המסמכים החשובים בפרשה. בשל טענות חלק מהעיתונים כי דרייפוס ריגל עבור איטליה, הוציאה ממשלת איטליה הכחשה רשמית. עם זאת, מכיוון שאיטליה הייתה חברת הברית המשולשת, הציבור הצרפתי לא האמין להצהרה זו. היו אפילו שמועות כי דרייפוס נגרר לעולם הריגול בידי מרגלת איטלקייה שפיתתה אותו.

גרמניה מצדה, שמרה בתחילה על שתיקה. אולם ב-9 בנובמבר התפרסמה בעיתון לה פאטרי ידיעה, על פיה המסמכים המפלילים את דרייפוס נגנבו משוורצקופן. השגריר הגרמני, הרוזן צו מינסטר, לא יכול היה לשתוק יותר. הוא שוחח עם שוורצקופן, אשר הבטיח לו שמעולם לא היה לו כל קשר עם דרייפוס. שניהם כתבו לווילהלמשטראסה והכחישו כל קשר לדרייפוס. ב-10 בנובמבר מינסטר הוציא הצהרה רשמית ללה פיגארו, אשר על פיה: "מעולם לא קיבל אוברסט פון שוורצקופן מכתבים מדרייפוס. מעולם לא עמד עמו בקשרים כלשהם, ישירים או עקיפים. אם קצין זה אשם בפשע שמייחסים לו, אין שגרירות גרמניה מעורבת בפרשה זו". עם זאת, העיתונות הצרפתית ביטלה הצהרה זו מכל וכל בעקבות הראיון הנזכר של מרסייה, אשר בו טען כי האשמה של דרייפוס ברורה ומוחלטת. ביום פרסום הראיון, נפגש מינסטר עם הנוטו והכחיש כל קשר של השגרירות הגרמנית עם דרייפוס. הנוטו הטיל על אחד מעוזריו, מוריס פאליאולוג (אשר לימים הפך לאחד המתעדים החשובים של הפרשה), לברר את העניין מול המשרד הסטטיסטי. פאליאולוג נפגש עם אנרי, אשר הבהיר לו בצורה שאינה משתמעת לשני פנים כי הבורדרו בבירור נמצא בסל הניירות של שוורצקופן. הנוטו היה מופתע מהכחשה כה מחוצפת מצדם של הגרמנים, אולם כאמור לעיל, היה מודע למצב השברירי בו נמצאים יחסי גרמניה-צרפת, ולפיכך הרגיע את מינסטר והצהיר כי "ממשלת צרפת מתקוממת נגד מסע זה החורג מכל מידה סבירה ואין לסובלו עוד". מינסטר דרש הכחשה רשמית, וסוכנות הידיעות של הצבא אכן הוציאה הכחשה ב-30 בנובמבר. עם זאת, ההודעה הייתה מתונה ולא ברורה כלל ומינסטר דרש הודעה חדשה. המצב הגיע לכדי משבר דיפלומטי. לימים טען מרסייה כי גרמניה עמדה להכריז מלחמה ובואדפר כבר התכונן להורות על גיוס כללי. עם זאת, בסופו של דבר הגיעו הצדדים לפשרה, וב-13 בדצמבר פורסמה הכחשה נמרצת השוללת מכל וכל את מעורבותה של שגרירות גרמניה בכלל ושל מינסטר בפרט. הודעה זו סיפקה את הגרמנים, אולם לא הייתה לה כל משמעות בעיני הציבור הצרפתי, אשר היה משוכנע בביטחון שגרמניה היא זו שהפעילה את דרייפוס.

{{חלונית

|כותרת=מכתב ד'אביניון

|תוכן= אני שולח לך את מה שאתה יודע. מיד לאחר שנסעת בדקתי את בעיית צווי הגיוס, וראיתי כי כמה שאלות הנוגעות למקום המגורים, וכולי, כולן כפופות לבעיה המרכזית. להלן הנחיותי לגביה. אם מדובר בצו גיוס חלקי, הווי אומר, מוגבל לכמה אזורים בלבד, האם הצו מתפרסם רק באזורים אלה או במדינה כולה?

כתבתי לקולונל ד'אביניון בנידון, ומכאן בקשתי אליך. אם יש לך הזדמנות לטפל בשאלה זו עם ידידך אנא עשה זאת באורח אישי כדי שלא ייוודע הדבר לד'אביניון - מכל מקום, הוא לא ישיב - אסור שייוודע כי נספח אחד מטפל בענייניו של נספח אחר.

|מקור=

|ניקוד=כן}}

פרשת דרייפוס הייתה כל כולה באחריותו של מרסייה. הנשיא פרייה וראש הממשלה דופוי מאסו בשערוריות מסוג זה, והפקידו את כל העניין בידיו. אי לכך, הוא ידע היטב שאם דרייפוס יזוכה האחריות תיפול עליו בלבד, ועיתוני השמאל כבר החלו לרמוז לאפשרות הזו. כדי למנוע תרחיש כזה, הוא פנה אל סאנדהר ואנשי צוותו והורה להם להרחיב את התיק כנגד דרייפוס. סאנדהר עבר על כל המכתבים שהצטברו בארכיון המשרד הסטטיסטי בשנים הקודמות, ובסופו של דבר מצא מסמך אשר זכה בכינוי "המנוול ד". מדובר בפתק ששוורצקופן שלח לפניצארדי ואשר נכתב בו: "מצורפות בזה שתים עשרה מפות הכוונה של העיר ניס שאותו מנוול 'ד' מסר לי בעבורך". האות "ד" עוררה את תשומת לבם של סאנדהר ואנשי צוותו, אשר החליטו ש"ד" הוא דרייפוס. לאמיתו של דבר, הפתק נשלח עוד ב-1892 וכוונתו היא לפקיד בשם דובוא, אשר מכר לגרמנים תוכניות של ביצורי ערים. סאנדהר ידע על סחר התוכניות הזה, וידע שדרייפוס לא קשור אליו, אולם החליט להתעלם מכך.

מכתב "המנוול ד" היה למעשה המסמך המרשיע היחיד שהצליח סאנדהר למצוא, אולם הוא החליט להתמקד בהוכחה שאכן פעל מרגל בצבא הצרפתי, ולהסתמך על הראיות הקיימות כדי להוכיח שאותו מרגל הוא אכן דרייפוס. הוא מצא מכתב נוסף מפניצארדי לשוורצקופן, אשר נודע כ"מכתב ד'אביניון" או "מכתב הדן בצווי הגיוס" (מוצג בתבנית בצד שמאל). במכתב זה, הזכיר פניצארדי כי לשוורצקופן ישנו ידיד בצבא הצרפתי. כמו כן, מצא סאנדהר דיווח מהנספח הצבאי הספרדי בפריז, המרקיז ואל קרלוס, אשר ממנו ניתן היה להבין כי ישנו מרגל בצבא צרפת. סאנדהר ואנרי שינו את הנוסח של הדו"ח, והפכו אותו לאזהרה מפורשת בדבר מרגל במטכ"ל הצרפתי. זה היה המעשה הפלילי הראשון של סאנדהר וחבורתו במהלך הפרשה, והוא לא יהיה האחרון. לא ברור אם מרסייה ידע שהדו"ח של ואל קרלוס מזויף או לא. כמו כן, צורף לתיק מכתב קטוע של שוורצקופן לממונים עליו, אשר מכמה מילים המופיעות בו ניתן להבין כי קצין בצבא צרפת הציע לו את שירותיו והוא דרש את תעודת הקצין שלו כראיה. כל המסמכים הללו נותרו בידי התביעה, להגנה כלל לא נודע על קיומם.

ממוזער|200px|דרייפוס במשפט. כתבה בלה פטי ז'ורנל|פטי ז'ורנל מ-[[23 בדצמבר 1894]]

ממוזער|200px|דרייפוס במאסר. כתבה בפטי ז'ורנל מ-20 בינואר [[1895]]

המשפט נפתח ב-19 בדצמבר באולם המשפט של בית הכלא שרש־מידי. דרייפוס ניצב מול שבעה שופטים, אשר בראשם עמד הקולונל אמיליין מורל (Émilien Maurel). דמאנז' שימש כסנגורו של דרייפוס, ולוטננט קולונל בריסה (Brisset) שימש כתובע מטעם המדינה. דמאנז', כאמור לעיל, עבר לפני כן על התיק, וידע היטב שהאשמה מתבססת על ראיות קלושות. עם זאת, הוא גם ידע עד כמה חשובה האשמתו של דרייפוס לאנשים רבים, ולפיכך ייתכן שהמשפט יהיה מוטה מראש. תקוותו היחידה הייתה נציגי העיתונות הלא־משוחדת שיבחינו בעוול שנעשה. אולם בימים שלפני המשפט, עלה הדיון האם לקיים את המשפט בדלתיים סגורות או פתוחות. עיתוני הימין צידדו בעריכת המשפט בדלתיים סגורות כדי למנוע משבר דיפלומטי עם גרמניה. עיתוני השמאל לעומת זאת, צידדו בעריכת המשפט בדלתיים פתוחות. דמאנז' חשש מהאפשרות שהמשפט יערך בדלתיים סגורות, ולפיכך תכנן להקריא את עיקרי טענותיו עוד לפני שהעיתונאים יצאו.

כצפוי, עם תחילת המשפט, דרש בריסה לקיים את הדיון בדלתיים סגורות. דמאנז' החל מיד להקריא את סיכומיו, אולם מורל קטע אותו באמצע ויצא לדיון בחוץ עם שאר השופטים. כעבור רבע שעה הם חזרו והחליטו על המשך הדיון בדלתיים סגורות. כל הנוכחים עזבו את האולם, כולל מתייה. פרט לדמאנז' ובריסה, נותרו באולם שני אנשים נוספים. היו אלו שר המשטרה לואי ל'פין ולוטננט קולונל ז'ורז' פיקאר. כאמור לעיל, פיקאר סייע בלכידתו של דרייפוס וכעת החליטו מרסייה ובואדפר למנותו כמשקיף מטעמם במשפט. נוכחותם הייתה שלא כחוק, אולם מורל התעלם מכך. בין העדים הבולטים שהופיעו, נמנו פאבר, גונז, ד'אבוביל ופאטי. חשיבות רבה יוחסה לעדותו של אנרי, אשר הוסמך בידי מרסייה להעיד מטעם המשרד הסטטיסטי. אנרי העיד:

הזהירתני בחודש מרץ שקצין אחד ממיניסטריון המלחמה בוגד. אותה אישיות מכובדת הבהירה לי בחודש יוני שהקצין הזה משתייך למשרד השני [מצביע על דרייפוס ומכריז בקול דרמטי] והבוגד הזה הנהו!}}

אנרי נשבע תחת צלב שוודאי לו שדרייפוס אשם.{{ביאור|השאלה המוסרית האם אנרי נשבע לשקר, עומדת בעינה. כאמור, ואל קרלוס אכן הזהיר מפני מרגל בצבא הצרפתי, אולם לא אמר מעולם מיהו. הוא אף נשאל על כך כמה פעמים ותמיד השיב שאם היה יודע היה אומר. לפיכך, טוען ריינאך שאנרי נשבע לשקר. אחרים פירשו את דבריו של אנרי אחרת וסברו שהוא נשבע רק לכך שוואל קרלוס אמר לו שפועל מרגל בצבא. ראו קוטיק, עמ' 65. כך או כך, ברור שהשופטים הבינו שהוא נשבע שדרייפוס אשם.}} העדות והשבועה השפיעו עמוקות על השופטים. כמו כן, הופיעו עדי אופי רבים אשר רובם דיברו בגנותו של דרייפוס. הם העידו שהיה גרמנופיל וחטטן. אך עם זאת, עלו גם כמה עדים שדיברו בשבחו. ביום שלמחרת הופיעו המומחים לכתבי יד, אשר כאמור נחלקו בדעותיהם, וכן עדים רבים נוספים, אשר רובם העידו דווקא בעד דרייפוס. ב-21 בדצמבר נאם בריסה בפני בית המשפט, אולם לא חידש דבר ורק שעמם את השופטים. דמאנז' נפגש עם מתייה, והצהיר שעל פי מהלך המשפט הנוכחי אמור אחיו להיות מזוכה, אולם הוא חשש שמרסייה יפעל מאחורי הקלעים כדי להטות את הדין. למחרת, נאם דמאנז' במשך שלוש שעות. הוא הוכיח תחילה כי הבורדרו לא נכתב בידי דרייפוס. הוא הוכיח כי לדרייפוס לא היו בעיות כספיות אשר יכלו לאלץ אותו לבגוד. ירושה שקיבל מאביו, והנדוניה הנכבדה שהביאה אשתו, הפכו את הכנסתו לשוות ערך לזו של גנרל. הוא הפריך את הרכילויות כנגד דרייפוס והוכיח שלא היה לו גם מניע אידאולוגי. השופטים יצאו להתייעצות אחרונה, בעוד משפחת דרייפוס מתכנסת בביתו של מתייה מצפה לגזר הדין. שררה שם אווירה של אופטימיות זהירה. דרייפוס עצמו היה משוכנע שעומדים לזכות אותו.

בעוד מורל ושאר השופטים יוצאים מהאולם, ניגש פאטי אל מורל והגיש לו מעטפה חתומה. הוא אמר: "נתבקשתי להעיר את תשומת לבך להערה חשובה בתוך המעטפה, וששר המלחמה ביקש להודיע על תוכנה לשופטים בלבד בשעת התייעצותם". הגשת מסמכים לשופטים בלי שתינתן להגנה האפשרות לעיין בהם, נחשבה למעשה פלילי בעליל. מרסייה עשה זאת בלי להודיע לפרייה ודופוי או לשום פוליטיקאי אחר. המעטפה, אשר נודעה בכינוי "התיק הסודי", כללה את מכתב "המנוול ד", את מכתב ד'אביניון (אשר צורף אליו "פירוש" מאת פאטי), את המכתב הקטוע של שוורצקופן, וכן ראיות נסיבתיות שוליות.}} לא ברור עד כמה השפיע התיק הסודי על החלטתם של השופטים. מורל טען לימים שקרא רק מסמך אחד, מכיוון שכבר החליט לפני כן שדרייפוס אשם. בשבע וחצי יצאו השופטים בהכרזה הדרמטית: .

מורל החזיר את התיק הסודי לפאטי, שהביא אותו לסאנדהר. מרסייה הורה לסאנדהר לפזר את המסמכים בארגזים שמהם הגיעו. סאנדהר הפקיד את המשימה בידי אנרי, שמסיבה לא ברורה לא עשה זאת. תחת זאת, הוא הניח את המעטפה בכספת ברזל המיועדת למסמכים סודיים וכתב עליה "תיק סודי". דרייפוס הוחזר לתאו, ונפגש עם פורצינטי. "פשעי היחיד הוא שנולדתי יהודי!" הוא זעק וביקש מפורצינטי אקדח כדי להתאבד, פורצינטי סירב לאפשר לו זאת ועשה מאמצים עקרים להרגיע אותו. ברחובות פריז, המוני האנטישמים חגגו ורקדו במשך כל הלילה.

ממוזער|שמאל|150px|הדרגה שנשללה מדרייפוס. מוצגת כיום ב בפריז.

ממוזער|המונים נאספים כדי לצפות בשלילת דרגותיו של דרייפוס

בלי אשליות רבות, ערער דרייפוס על גזר הדין. הערעור נדחה רשמית ב-31 בדצמבר ובאותו יום ביקר פאטי אצל דרייפוס בפעם האחרונה והציע לו הקלה מסוימת בעונש בתמורה להודאה באשמה, ואפילו הודאה בחוסר זהירות. הוא נתקל בסירוב נחרץ מצדו של דרייפוס. ב-2 בינואר 1895 קיבלה לוסי אישור לראותו לראשונה מאז יצא מביתו ב-15 באוקטובר. בפגישה הראשונה הפרידו ביניהם סורגי ברזל. לוסי ופורצינטי כתבו לסוסייה וביקשו ממנו אישור לפגישה בתנאים אנושיים יותר. סוסייה הסכים, בתנאי שהפגישות יהיו באחריותו הבלעדית של פורצינטי. פורצינטי אפשר להם להיפגש בחופשיות בלשכה שלו ולשוחח שעות.

טקס שלילת הדרגות נקבע לשבת, 5 בינואר. בשעה 7:20 הופיעה פלוגת פרשים בפיקודו של קומנדנט שארל לברן־רנו בבית הסוהר שרש־מידי. הם ערכו חיפוש על דרייפוס ואזקו אותו. הם הובילו אותו בעגלת אסירים רתומה לארבעה סוסים אשר לפניה רכבה כל הפלוגה, ולקחו אותו אל האקול מיליטר, אשר ברחבתו היה אמור להיערך הטקס. כל גדוד בחיל המצב של פריז שלח לטקס שתי פלוגות, אחת מורכבת מחיילים סדירים ואחת מטירונים. פרט לדיפלומטים ועיתונאים, הוזמנו לטקס רק מעט "מיוחסים" נוספים. לקהל הרחב לא ניתנה רשות כניסה, אולם 20,000 התקבצו ליד השערים של בית הספר או טיפסו על הגגות הסמוכים. המשטרה הצליחה אך בקושי למנוע מהם להיכנס. ב-8:45 הוצא דרייפוס החוצה בידי בריגדיר וארבעה תותחנים. מאחורי הגדר נשמעו קריאות "מוות ליהודים! מוות ליהודה איש קריות!".

דרייפוס הובא אל כיכר המסדרים, והגנרל פול דאראס (Darras), רכוב על סוס, נעמד מולו ושלף את חרבו. דרייפוס צעד בצעדים בטוחים כשבידו אחוזה חרב ואקדח קשור במצולב לצדו. מזכיר בית המשפט הקריא את פסק הדין, ולאחר מכן הצהיר דאראס:

דרייפוס זעק:

רב־סמל בקסון מהמשמר הרפובליקני ניגש אל דרייפוס, קרע באלימות את הסרטים מהכובע, ומהשרוולים, את הפסים האדומים התפורים לאורך המכנסיים, את הכתפות ואת סימני הדרגה והשליכם על הארץ לרגליו של דרייפוס. לאחר מכן הוא לקח את החרב מידו של דרייפוס, ובתנועה אטית שבר אותה על ברכו. דרייפוס צעק שוב: "תחי צרפת! אני חף מפשע. אני נשבע בראש אשתי ובראשם של ילדי!". בבגדיו הקרועים, הוא הקיף את כיכר המסדרים, צועד לאורך שורות החיילים. כמה קצינים צעקו לעברו "יהודי בוגד!". דרייפוס צעק לעברם בתגובה "אני אוסר עליכם לפגוע בכבודי!". לאחר מכן הוא נכבל בידיו וברגליו ונמסר לשוטרים אזרחיים. כשעבר אל מול קבוצת העיתונאים, קרא להם: "אתם תודיעו לצרפת כולה כי אני חף מפשע". כמה מהעיתונאים השיבו לו בקריאות מעליבות וההמון מאחורי שערי הברזל צעק "מוות ליהודים!".

ביום שלאחר מכן התפרסמה השמועה על פיה דרייפוס הודה באשמתו. מקור השמועה היה הקומנדנט לברן־רנו שכאמור ליווה את דרייפוס משרש־מידי אל האקול מיליטר. במהלך הזמן הקצר שבין הגעתו של דרייפוס לתחילת הטקס, שוחח לברן־רנו עם דרייפוס במשך כמה דקות. דרייפוס לא אמר לו דבר בעל חשיבות אולם סיפר לו על ביקורו של פאטי אשר היה אמור להיות חשאי. עם זאת, לברן־רנו, שרצה להתרברב בפני חבריו, הצהיר שדרייפוס הודה באשמתו, אולם טען שנתן לגרמנים מסמכים חסרי חשיבות בתקווה שיוכל להשיג בהמשך מידע רב ערך. חבריו של לברן־רנו סיפרו על כך לעיתונאים. באותו הלילה ביקר לברן־רנו עצמו במועדון, ושם חזר עוד פעם על סיפורו, ועיתונאי מהפיגארו שמע אותו. השמועה הייתה למורת רוחם של בכירי הצבא, ולברן־רנו נחקר וננזף בידי הגנרל גונז ולאחר מכן בידי הנשיא פרייה עצמו. באותו יום הכחיש לברן־רנו רשמית את הסיפור באוזני עיתונאים. עם זאת, הסיפור עורר מחדש את רוגזם של הגרמנים. מינסטר נפגש עם פרייה והגיש לו מכתב מאת קנצלר גרמניה, הנסיך הוהנלוהה, אשר דרש להבהיר שגרמניה אינה קשורה לפרשה. פרייה ביקש לבחון את תיקו של דרייפוס, ולשם כך קיבל לראשונה את "התיק הסודי". לאחר העיון בו, הבהיר פרייה למינסטר כי המסמכים המפלילים בפרשה נלקחו בוודאות משגרירות גרמניה. מינסטר הופתע, אולם פרייה הוסיף בנימוס שגרמניה אינה אחראית על מכתבים הנשלחים אליה. לאחר משא ומתן מתיש, ב-9 בינואר פורסמה הודעה רשמית מטעם ממשלת צרפת אשר הכחישה את מעורבותה של גרמניה בפרשה, ובכך תם סופית המשבר הדיפלומטי.

ממוזער|220px|הבקתה בה שוּכּן דרייפוס באי השדים

משתם הטקס, הובא דרייפוס למאסר בכלא לה סנטה, שם שהה עד 17 בינואר, עת הובל כבול ללה רושל, שם המתין מספר שעות בקרון אסירים. בעיר פשטה השמועה שדרייפוס בפנים, והמונים צבאו על הקרון, דפקו עליו ושילחו בו עלבונות. כאשר הוצא מהקרון, התנפלו עליו המונים והכו אותו. הוא נפצע קל וניצל ברגע האחרון בידי שומריו. מכונית הסיעה אותו לנמל לה פאליס, ומשם הפליג למושבת העונשין באיל דה רה. הוא נכלא באי זה במשך חודש, ומדי יום נערך עליו חיפוש. לוסי הגיעה לאי בעקבותיו, והורשתה להיפגש עמו פעמיים בשבוע, כל פעם במשך שעה. ב-21 בפברואר הוא ראה אותה בפעם האחרונה, ואז נלקח מהאי על האנייה "ויל־דה־סן־נאזר" (Ville-de-Saint-Nazaire). במהלך ההפלגה, הוא שוכן בתא פרוץ לרוחות בקור של 14 מעלות מתחת לאפס. לא נאמר לו לאן לוקחים אותו.

לאמיתו של דבר, דרייפוס היה אמור להישלח לחצי האי דוקוס בקלדוניה החדשה. עם זאת, תנאי המאסר שם נחשבו לקלים מדי לאחר ניסיון הבריחה של לוסיאן שטלן (Lucien Châtelain), שכמו דרייפוס נידון למאסר באשמת בגידה. ברגע האחרון הגיש מרסייה הצעת חוק לשר המושבות לכלוא את דרייפוס באי השדים שמקבוצת איי הישועה. זמן קצר לאחר מכן, ב-24 בינואר, הגיש מרסייה את התפטרותו ממשרת שר המלחמה והועבר לפקד על הדיוויזיה ה-16. היה ברור מאליו שההצעה תתקבל, וכבר ב-8 בפברואר בושר על כך למושל גיאנה הצרפתית. למחרת התקבלה הצעתו באופן רשמי. דרייפוס הגיע לאיי הישועה ב-12 במרץ. במשך חודש שלם הוא נכלא באי איל רויאל, לפני שהועבר לאי השדים. הוא שוכן בבקתה בת 4 על 4 מטרים, תנועתו הוגבלה וארבעה שומרים השגיחו עליו יומם וליל. הטמפרטורה באי הגיעה ל-45 מעלות, וניתנו לו מנות צבאיות לא מזינות. הוא לקה בכמה מחלות טרופיות, וזכה לטיפול גרוע. מצבו הבריאותי החמיר משנה לשנה. ניתן לו לכתוב לאשתו, אולם מכתבים ממנה הגיעו אליו לעיתים רחוקות, הוא היה מיואש כליל, משוכנע שחייו ייגמרו באי השדים.

ממוזער|180px|מתייה דרייפוס, אחיו של אלפרד אשר פעל למען שחרורו

צרפת כולה כבר החלה לשכוח מהפרשה, אם כי גלי האנטישמיות שהיא עוררה טרם נרגעו. מתייה נותר בפריז, משוכנע בחפותו של אחיו. הוא ניסה לשווא למצוא תומכים, אולם למרבה ההפתעה היחידים שהאמינו לו וניסו לעזור לו היו סוהריו לשעבר של אחיו. הוא גילה עד מהרה כי המשטרה מרגלת אחריו ואחרי לוסי, ופותחת את מכתביהם. בהמשך נעשו גם ניסיונות להפליל את המשפחה כולה בעוון שיתוף פעולה עם אלפרד. תומך נוסף, לא צפוי, היה הרופא ז'וזף ג'יברט, אשר הכיר את אביהם של האחים דרייפוס. ג'יברט היה בעל קשרים רבים, ובין היתר היה רופאו של הנשיא החדש פליקס פור (פרייה התפטר ב-16 בינואר). ג'יברט, בנוסף לעיסוקו ברפואה מדעית, גילה עניין רב בתורת הנסתר. הוא היה בקשר עם אשה בשם לאוני לבולנז'ה (Léonie Leboulanger) ונהג להפנט אותה. לטענתו של ג'יברט, בזמנים בהם הייתה מהופנטת, הייתה לאוני מגלה לו דברים רבים על העתיד וההווה. ג'יברט הזמין את מתייה לביתו בלה האבר שם היפנט את לאוני לעיניו והיא טענה בתוקף שאחיו חף מפשע. מתייה התרשם עמוקות, ולקח את לאוני עמו לפריז. הוא שיכן אותה בתחילה בדירתה של אחותו, ולאחר מכן בדירתו שלו, ונהג להתייעץ עמה באופן קבוע. לטענתו של מתייה, היא הייתה הראשונה שסיפרה לו על "תיק סודי" שקיבל בית המשפט. מתייה הזדעזע מהידיעה, וביקש מג'יברט לברר את הנושא עבורו. ג'יברט השיג פגישה עם הנשיא ב-21 בפברואר וזה הודה בפניו כי דרייפוס אכן "נמצא אשם על סמך מסמכים שהציגו בפני השופטים באולם הישיבות ולא היה אפשר להראותם לא לנאשם ולא לסנגורו, משיקולים של טובת המדינה". כמה חודשים לאחר מכן נודע על כך גם לדמאנז' מפי אחד מעמיתיו, ששמע על כך מפי אחד מהשופטים. דמאנז' בירר את העניין מול שר המשפטים, לודוביק טרארי, שהודה גם הוא כי שמע על כך. למעשה הידיעה על קיומו של תיק סודי כבר החלה להתפשט באיטיות, וזאת באשמת השופטים שלא נצרו את לשונם. עם ידיעות אלו, פנה מתייה אל עיתונאים שונים בניסיון לשכנע אותם לעורר מחדש את הפרשה, אולם הצליח לשכנע רק את ברנאר לזר, שב-1896 נסע לבריסל והחל לפרסם מאמרים בעד דרייפוס. לזאר דאג לשלוח את מאמריו עם חתימתו אל מאות אנשי ציבור, בהם צירי בית הנבחרים, עיתונאים מפורסמים, ועוד. במאמרים אלו הוא חשף לציבור הרחב לראשונה את קיומו של התיק הסודי, אולם השפעתם הייתה מועטה. מתייה היה על סף יאוש.

ממוזער|שמאל|200px|ז'ורז' פיקאר, מונה למפקד המשרד השני וחשד בקיומו של מרגל נוסף בצבא צרפת, חשד שהוביל בסופו של דבר למסקנה שדרייפוס חף מפשע

ב-14 באפריל 1895, חלה סאנדהר קשות, ולפיכך פרש מתפקידו כמפקד המשרד הסטטיסטי. אנרי קיווה לקבל את התפקיד, אולם תחת זאת הוא הוצע לז'ורז' פיקאר. פיקאר היה קצין מוערך מאוד, ונחשב לממושמע, כשרוני וחרוץ. עם זאת, הוא נודע כבעל אופי מורכב, מאופק מדי ושומר סוד. הייתה לו הכרות אישית עם דרייפוס מהתקופה בה למד דרייפוס באקול פוליטקניק ופיקאר שימש כמורה שלו. פיקאר עצמו היה מעט אנטישמי, ובאופן אישי לא חיבב את דרייפוס וסבר שהוא מעורר סלידה. עד אז מילא פיקאר תפקיד שולי בפרשה. כאמור לעיל, הוא השתתף במעצרו של דרייפוס ולאחר מכן שימש כמשקיף מטעם מרסייה במהלך המשפט ומאוחר יותר בטקס שלילת הדרגות. אצל בואדפר ומקורביו נוצרה לפיקאר תדמית חיובית של אדם אמין ורציני שניתן לסמוך עליו שישמור סוד. כגמול על עזרתו במהלך הפרשה, הוא הועלה לדרגת קולונל (והפך בכך לקולונל הצעיר ביותר בצבא צרפת) ומונה למפקד המשרד השני. אנרי היה ממורמר מאוד על כך. פיקאר ניסה להגיע ליחסים טובים אתו, אולם אנרי מצדו הגיב בחשדנות ובקנאה.

כאשר נכנס פיקאר לתפקיד, הוא ניגש לביתו של סאנדהר כדי לקבל ממנו תדרוך. סאנדהר סיפר לפיקאר כי בואדפר מוסיף להתעניין בפרשת דרייפוס, וסיפר לו לראשונה על קיומו של התיק הסודי. ואכן, כעבור זמן קצר זימן בואדפר את פיקאר והבהיר לו כי פרשת דרייפוס רק החלה ויש חשש מ"מתקפת נגד של היהודים". הוא דרש מפיקאר להמשיך ולפקח על התיק. פיקאר החליט להפסיק את החופש הרב שממנו נהנה אנרי עד עתה, והורה כי מכאן ואילך המסמכים המגיעים ב"דרך הרגילה" לא יעברו דרך אנרי לפני שיגיעו אליו. במהלך חודש מרץ 1896 (התאריך המדויק שנוי במחלוקת) הגיע אל פיקאר משלוח נוסף של מסמכים באמצעות באסטיאן. בין המסמכים נמצא מכתב קטן קרוע לשלושים גזרים קטנים אשר נודע בכינוי ה"פטי בלה" (petit bleu, "הכחול הקטן"). זה תוכן המכתב:

{{ציטוט|אדוני, אני מחכה, קודם כל, לקבל הסבר מפורט יותר מזה שנתת לי לפני ימים אחדים בדבר העניין התלוי ועומד. לפיכך, אבקשך להעבירו אלי בכתב, כדי שאוכל לשפוט אם יש ביכולתי להמשיך ביחסי עם בית ר. ואם לאו. חתום ס.}}

המכתב היה ממוען אל קומנדנט אסטרהאזי, רחוב ביין־פזאנס 27, פריז. עם זאת, לא הייתה על המכתב חותמת דואר, מה שאומר ששוורצקופן קרע אותו בלי לשלוח אותו. קומנדנט לות, אשר חיבר מחדש את קרעי המכתב, הגיש אותו לפיקאר בהתרגשות: "הדבר מפחיד ממש, הייתכן שיש עוד מרגל אחד?" פיקאר לא ענה, אולם באותו היום הורכב מכתב נוסף משוורצקופן, קטוע מאוד, אשר אישר את קיומו של מרגל נוסף בצבא הצרפתי. [סירב] לשלם את הכספים הדרושים להמשך [הפעילות ב]תנאים שנקבעו במפורש [בינינו]. [אני] אסביר לך את מניעיו אבל אומר לך כבר עכשיו שהוא מוצא את התנאים שהצבת קשים מדי בעבורו וחושש מאוד מהתוצאות העלולות לצמוח מהמשך הפעילות. הוא מציע לי הסכם אחר שעליו נוכל להסכים. הוא סבור כי הקשרים שקשרתי למענו עד כה אינם עומדים ביחס כלשהו להוצאות שהוצאתי על נסיעות אלו. לבסוף, עלי לדבר עמך בהקדם ככל האפשר.אני שולח לך את הרישומים ששלחת אלי אתמול; אלה אינם הרישומים האחרונים. ס."}} בזמן שפוענחו המכתבים, שהה אנרי בחופשה בגלל פטירתה של אמו, וכשחזר למשרד הראה לו פיקאר את הממצאים. כאמור, אנרי הכיר את אסטרהאזי מהתקופה בה עבדו יחד במשרד הסטטיסטי. תגובתו של אנרי שנויה במחלוקת. אין ספק שהוא זיהה את כתב ידו של חברו הוותיק והכיר באשמתו, וככל הנראה גם הבין מיד שהוא היה המרגל האמיתי ודרייפוס חף מפשע. אנרי היה מעורה היטב בכל פרטי הפרשה וידע היטב שאשמתו של דרייפוס מתבססת על ראיות קלושות בלבד. אולם יש הטוענים כי מלכתחילה אנרי היה שותפו לפשע של אסטרהאזי וסייע לו בפעולות הריגול שלו. לדעתם, אנרי מיהר אל אסטרהאזי ובישר לו שהוא נתגלה, ומכאן ואילך עשה הכל כדי למנוע את האשמתו. פיקאר החל מיד לחקור את פרשת אסטרהאזי, אולם לא סיפר דבר לממונים עליו. היה זה מחדל חמור, אשר תומכיו של פיקאר תירצו אותו באופיו המופנם והמסוגר ומתנגדיו ראו בכך יוהרה, ביטחון עצמי מופרז וזלזול בממונים עליו.

חקירתו של פיקאר גילתה כי לאסטרהאזי אין פרוטה והוא חייב כסף רב. הוא ניהל חיים כפולים, ופרט למשפחתו החוקית חי עם אשה נוספת. הוא שכר לה דירה ואף הקציב לה מלגה חודשית. הממונים עליו אישרו כי הוא מנסה ללא הרף להשיג ידיעות סודיות, ומכריח את החיילים הכפופים לו להעתיק עבורו מסמכים. הייתה לו גישה לכל המסמכים הנזכרים בבורדרו, והוא נצפה פעמיים מבקר בשגרירות גרמניה (אם כי הייתה לו אמתלה סבירה לכך). בהמשך, הופיע בשגרירות צרפת בברלין קצין במודיעין הגרמני בשם ריכרד קיורס והציע את שירותיו. הוא סיפר על קצין צרפתי אשר מרגל עבור הגרמנים. הוא לא ניאות למסור פרטים רבים על אותו קצין, ורק אמר שהוא "בעל עיטור" ו"מפקד גדוד", שני תיאורים אשר התאימו לאסטרהאזי. כאשר פיקאר שמע על כך, הוא מיהר להיפגש עם קיורס בבזל. הפגישה נערכה ב-7 באוגוסט 1896 והשתתפו בה אנרי ולות, אולם פיקאר לא הצליח להוציא מקיורס פרטים חדשים. כשחזר קיורס לברלין, הוא נפגש עם הנספח הצבאי הצרפתי והתלונן בפניו שאנרי נהג בו באלימות, דחף אותו בגסות ומנע ממנו לדבר. יש הסבורים כי אנרי בסך הכל נהג בחוסר זהירות, בעוד אחרים סבורים שהוא הכשיל בכוונה את הפגישה כדי למנוע מפיקאר להשיג מידע מפליל על אסטרהאזי. קיורס עצמו שלח ב-15 ביולי 1899, לאחר שהפרשה כולה כבר התפוצצה, מכתב לפיגארו, בו טען כי סיפר לאנרי ולות דברים רבים בזמן שפיקאר לא היה נוכח. הוא טען כי אמר במפורש שדרייפוס מעולם לא פעל בשירות גרמניה והמרגל האמיתי הוא קומנדנט "כבד גוף" ממוצא אוסטרו־הונגרי – תיאור מדוקדק של אסטרהאזי. לטענתו, אנרי איים עליו שלא יספר אף מילה. אולם, כפי שמציין החוקר ז'אן דניס ברדן: "למי להאמין? שהרי השקר היה מקצועם של כל הנוגעים בדבר".

כדי להשלים את התיק ההולך ונבנה כנגד אסטרהאזי, ניסה פיקאר להשיג כתב יד שלו, אולם לא הצליח. בסופו של דבר, ב-5 באוגוסט הוא נפגש בליון עם בואדפר אשר גילה בפרשה התעניינות מועטה, ואפילו לא נזף בו על כך שלא סיפר לאיש על חשדותיו. הוא ניאות להפגיש אותו עם שר המלחמה החדש ז'אן־בטיסט ביו, אשר אישר לפיקאר להמשיך לחקור בצורה לא רשמית, אולם סירב לסייע לו להשיג כתב יד של אסטרהאזי. במהלך החודש נפגש פיקאר עוד מספר פעמים עם בואדפר, אשר המשיך לגלות אדישות וסירב להתחיל בחקירה רשמית נגד אסטרהאזי. "אינני רוצה פרשת דרייפוס חדשה", הוא טען. עם זאת, באותו חודש ממש, נעשה אסטרהאזי נואש יותר ויותר לכסף. הגרמנים הפסיקו עמו את הקשר, והוא נדחה בידי חברה אנגלית שבה ביקש לעבוד. לפיכך, הוא ניסה להשיג מינוי במשרד המלחמה, ולשם כך הפעיל קשרים ושלח מכתבים רבים. פיקאר הזהיר מראש את הנוגעים בדבר, ובקשותיו של אסטרהאזי נדחו שוב ושוב. אולם התכתובת הממושכת הזו אפשרה לפיקאר להניח את ידו על שני מכתבים של אסטרהאזי. להפתעתו, כתב היד היה מוכר לו מאוד. הוא השווה אותו עם הבורדרו. "אימה אחזה בי", הוא סיפר לימים, כתבי היד היו זהים לחלוטין.

כדי לאמת את חשדותיו, פנה פיקאר אל פאטי והראה לו את כתב ידו של אסטרהאזי בלי לספר לו של מי הכתב הזה. פאטי לא הראה שהוא מזהה את הכתב, אולם פתק בכתב ידו שנמצא מאוחר יותר מעיד כי הוא אכן זיהה אותו. לאחר מכן הראה פיקאר את הפתק לברטיון, אשר הצהיר ללא היסוס כי זהו הכתב של הבורדרו. פיקאר פתח מחדש את התיק הסודי של דרייפוס, ונדהם מדלות הראיות. ב-1 בספטמבר הוא סיים את כתיבתו של דו"ח אשר קבע באופן חד משמעי כי אסטרהאזי הוא מרגל מסוכן, ואף שלח רמזים עבים לכך שדרייפוס למעשה חף מפשע. ב-1 בספטמבר הוא הגיש את הדו"ח לבואדפר, אשר לתדהמתו של פיקאר גילה אדישות לכך שבוגד מתהלך חופשי וזעם רק כאשר נודע לו שהתיק הסודי לא הושמד כפי שביקש. בואדפר הפנה אותו אל גונז אשר הורה לו "להפריד בין הפרשות", היינו לא לקשר בין האשמתו של אסטרהאזי לחפותו של דרייפוס. פיקאר מחה על כך מספר פעמים, אולם עוד בטרם הספיק אי מי מהצדדים להשתכנע, גלשה הפרשה לציבור במלוא העוצמה.

ממוזער|דרייפוס במאסר באי השדים, כתבה בפטיט ז'ורנל, 27 בספטמבר [[1896]]

ממוזער|שמאל|150px|שר ההגנה ז'אן-בטיסט ביו (גנרל)|ז'אן-בטיסט ביו, סייע למאמציהם של גונז ובואדפר לטייח את הפרשה

בינתיים, מתייה, בלי לדעת על מאמציו של פיקאר, התייאש מלנסות ולהשיג תמיכה בצרפת, ותחת זאת גייס לעזרתו כמה עיתונים בלונדון. סייע לו בכך סוכן מסתורי אשר זכה לכינוי "מר X". כדי להחזיר את הפרשה לתודעת הציבור בצרפת, אותו סוכן הציע למתייה לפרסם ידיעה שקרית על פיה דרייפוס ברח מאי השדים. ב-3 בספטמבר התפרסמה בדיילי כרוניקל "ידיעה על בריחתו של קפטן דרייפוס", אשר הובאה לכאורה ללונדון בידי הקברניט האנטר מהאנייה "נון־פאריי", אשר לא היו ולא נבראו. עוד באותו היום הגיעה הידיעה אל פריז והודפסה בעיתוני הערב. שר המושבות אנדרה לבלון מיהר להבריק לגיאנה, ונתבשר כי הכל בסדר. למחרת היום הוא פרסם הכחשה רשמית, אך ליתר ביטחון הורה לשמור טוב יותר על דרייפוס. מאז, נקשר דרייפוס למיטתו מדי לילה. לא סיפרו לו על הידיעה השקרית שהתפרסמה אודותיו, ולא היה לו מושג למה מתייחסים אליו כך.

עם זאת, הידיעה עוררה מחדש את סקרנות הציבור ביחס לדרייפוס. ב-8 בספטמבר התפרסם מאמר בפיגארו, אשר בו תוארו, באמצעות פקיד שחזר מגיאנה, תנאי מאסרו הקשים של דרייפוס וההחמרה במצבו הבריאותי. ב-11 בספטמבר פרסם לה ליבר פארול מאמר תגובה שקרי, אשר בו נאמר כי: "דרייפוס חי כבהמה גסה, הוא רשאי לקרוא אך הוא מעדיף לזלול. הוא מתפטם, אוכל, שותה". אולם עיקר הסערה התעוררה סביב ידיעה צדדית במאמר בפיגארו, על פיה שר המושבות הקודם, קאמיל שוטאמפ, שקל בתחילה לאפשר ללוסי דרייפוס להצטרף אל בעלה באי השדים. שוטאמפ מחה על כך וטען כי מדובר ב"דיבה שפלה". בתגובה, פרסם הפיגארו מברק מוצפן של שוטאמפ אל מושל גיאנה, בו שאל שוטאמפ אם לוסי תוכל להצטרף לבעלה. עיתוני הימין זעמו על מה שנתפס כנדיבות יתר ביחס לבוגד כמו דרייפוס, וב-22 בספטמבר אף טען לה ליבר פארול כי "היהודונים" גייסו ארבעה מיליון פרנקים כדי לממן את בריחתו של דרייפוס מאי השדים. לעומת זאת, אחד מידידיו של דמאנז' פרסם מאמר בשם "הספק" בו העז להעלות את ההשערה, על פיה חלה בשוגג טעות במשפטו של דרייפוס.

עם זאת, ההשפעה המרכזית באה דווקא מצד מאמר אנטישמי שהתפרסם בל'אקלר ב-10 בספטמבר. המאמר הוקיע את "משתפי הפעולה האזרחיים" של הבוגד דרייפוס, ואת "משפחתו שהיא הכוח המלבה תסיסה זו", וכלל בין היתר משפט מסתורי: "אם יגבר הספק הפועל לטובתו של הבוגד, יש הסבורים, גם בקרב החוגים הצבאיים, שמן הראוי יהיה להדגיש ולומר בגלוי מה הבסיס הניצח שעליו הסתמך בית הדין הצבאי בהצהירו כי הבוגד במולדת הוא האיש, שככל הנראה נהנה יתר על המידה ממידת הרחמים שקשה להסבירה ומהספק שיש בו יותר נדיבות משום שכל". המאמר רמז על קיומו של תיק סודי אשר על בסיסו הורשע דרייפוס, ועורר סערה גדולה. ישנה מחלוקת בשאלה מי כתב אותו. בעוד שיש המצביעים על אנרי, אחרים סבורים כי היה זה דווקא אחד מתומכי משפחת דרייפוס או אולי פיקאר. למחרת פרסם אחד הצירים בפרלמנט הצרפתי, אנדרה קאסטלן, כי הוא עומד להגיש לראש הממשלה החדש ז'יל מלין שאילתא בנושא "עמדתה הסלחנית של הממשלה כלפי דרייפוס וידידיו".}} ב-14 בספטמבר פרסם ל'אקלר מאמר נוסף אשר בו ציין במפורש את קיומם של מסמכים סודיים אשר הוסתרו מהציבור מטעמים ביטחוניים ואשר על בסיסם הוסתר דרייפוס. המאמר אף ציין כי באחד המסמכים מצוין "אותה חיה גסה, דרייפוס". היה זה רמז בוטה למכתב "המנוול ד". כמו כן המאמר חשף לציבור פרטים ושמות רבים שלא היו ידועים. למשל, חקירתו של פאטי, המסמכים שהובאו בידי אנרי וכו'.

פיקאר הבין היטב שהסערה בעיתונות משחקת לטובתו, והוא פנה אל גונז בבקשה לפעול מהר כדי למנוע את השערורייה ההולכת ומתעוררת. אולם גונז דרש ממנו לא להתערב, ולהגביל את עצמו לחקירת אסטרהאזי בלבד. ב-9 בספטמבר (או למחרת) הצליח פיקאר להיפגש עם שר המלחמה ביו, ופרש בפניו את הנתונים ואת חששותיו. ביו לא חיבב את מרסייה ולא היה אכפת לו כלל אם יושפל, ובתחילה גילה התעניינות כנה בממצאיו של פיקאר והורה לו להמשיך לחקור. עם זאת, בואדפר נפגש עמו ושכנע אותו כי הדבר מסכן את כבודו של הצבא כולו, והוא סירב לאפשר לפיקאר לפתוח בחקירה רשמית. פיקאר הלך ונעשה חסר סבלנות. הוא נפגש שוב ושוב עם בואדפר, גונז וביו ודרש מהם לצאת לפעולה מהר, לטמון מלכודת לאסטרהאזי ולהפליל אותו ולאחר מכן לחקור אותו בנוגע לבורדרו. כולם התחמקו בתירוצים שונים. לטענת פיקאר, ב-15 בספטמבר יצא גונז מגדרו וצעק: "וכי מה אכפת לך אם היהודי הזה יישאר באי השדים?" פיקאר נדהם והשיב: "אבל הרי הוא חף מפשע?!" גונז השיב ש"אין זה חשוב" והוסיף: "אם לא תאמר מאומה, איש לא ידע". פיקאר יצא מהפגישה המום וזועם והצהיר כי הוא אינו מתכוון לקחת עמו את הסוד אל הקבר. לימים הכחיש גונז את תוכן השיחה, אך לא את רוחה. ב-18 בספטמבר הגישה לוסי דרייפוס עצומה לנשיא (אשר נוסחה בידי דמאנז'). בעצומה היא התייחסה למאמר בל'אקלר ודרשה לדעת האם אכן הורשע בעלה על סמך תיק סודי. היא לא זכתה לתשובה.

ממוזער|170px|הרמטכ"ל ראול לה מוטון דה בואדפר|בואדפר, אחד האשמים הראשיים בפרשה

במהלך אוקטובר, נראה היה שהסערה שסביב דרייפוס שככה. פיקאר המשיך לחקור בדבקות את פרשת דרייפוס ולעקוב אחרי צעדיו של אסטרהאזי, והזניח תוך כדי כך את שאר חובותיו. המטכ"ל הורה לאנרי להתחיל לעקוב אחריו, ובמקביל החלו ביו, בואדפר וגונז להתייעץ איך להיפטר ממנו. ב-27 באוקטובר הורה ביו לפיקאר לצאת לגבול המזרחי כדי לארגן מחדש את שירות המודיעין ביחידות שם. גונז לקח על עצמו באופן זמני את התפקיד הרשמי, בעוד אנרי עושה את העבודה היומיומית. יציאתו של פיקאר נקבעה ל-16 בנובמבר, אולם בינתיים קרו מספר דברים חשובים. ב-7 בנובמבר פרסם ברנאר לזר את החוברת "טעות משפטית - פרשת דרייפוס", אשר בה הפריך אחת לאחת את טענותיהם של מתנגדי דרייפוס וחשף לראשונה לציבור את מכתב "המנוול ד". הדפסת החוברת עלתה למשפחת דרייפוס 25,000 פרנקים, והיא חולקה לכל חבר בפרלמנט הצרפתי. חשיפה זו זעזעה את המטכ"ל, שהחל לחשוד בפיקאר.

ב-10 בנובמבר המצב החמיר כאשר העיתון לה מטן פרסם לראשונה תצלום של הבורדרו. מקור ההדלפה היה ככל הנראה אחד המומחים שהוטל עליהם לבדוק את המסמך, אשר מכר אותו לעיתונות תמורת סכום נאה. אסטרהאזי ושוורצקופן נבהלו מאוד, ובנוסף על כך קיבל אחד מידידיו של אסטרהאזי מוריס וייל (אשר ייתכן שהיה מודע לפשעו) אזהרה אנונימית על חקירה המתנהלת נגדו, והוא דאג להעביר אותה באמצעות קשרים שונים, עד ביו. בואדפר וביו ראו בפיקאר את המקור לכל ההדלפות והצרות, וגונז איים להתפטר אם הוא לא יורחק לאלתר. ב-16 בנובמבר הוא יצא סוף סוף לדרכו, ויומיים לאחר מכן נערכה השאילתא בפרלמנט. היא נכשלה כליל, הודות לביו שהצהיר כי אין לערער אחר החלטות בית המשפט. מרבית השרים, שלא רצו לעורר את הפרשה מחדש, הסכימו עם דעתו. אולם מתייה לא אמר נואש, ופרסום הבורדרו העניק לו נשק חדש. הוא מיהר לפרסם תמונה של המסמך לצד מכתבים של אחיו, כדי שהכל יראו כמה מועט הדמיון ביניהם. מחנה ה"דרייפוסרים" ("תומכי דרייפוס") הלך וגדל מיום ליום.

בואדפר וגונז רצו להרחיק את פיקאר סופית מצרפת, אולם ביו לא רצה לעשות זאת בלי אמתלה מתאימה. גונז הורה לאנרי לחקור אחריו ולנסות להאשים אותו בהדלפות המרובות שאירעו בזמן האחרון, או בקשרים עם הדרייפוסרים. אנרי לא הצליח להוכיח כל קשר של פיקאר להדלפות, אולם מצא מכתב משונה שנשלח לפיקאר מאחד מידידיו. למעשה המכתב היה חסר חשיבות, אולם הוא הכיל מילים כמו "יצירת המופת" ו"בן האלים", שלמעשה היו הלצות פנימיות בחוג ידידיו של פיקאר, אולם אנרי השתמש בהם כדי להוכיח שלפיקאר ישנו קשר עם הדרייפוסרים. בהמשך, אנרי אף זייף מכתב שנשלח כביכול אל פיקאר מהדרייפוסרים. הזיוף הפחיד מאוד את ביו, שהורה לשלוח את פיקאר לתוניסיה כדי לארגן מחדש את שירות המודיעין שם. פיקאר הפליג ממרסיי ב-27 בדצמבר, ואנרי מונה רשמית לפקד על המשרד הסטטיסטי. בואדפר וגונז סברו שהצליחו לסגור את הפרשה, הפעם לתמיד.

פיקאר הוצב בסוסה, ושם הבין עד מהרה כי אף על פי שגונז ואנרי המשיכו לשמור עמו על קשר ידידותי באמצעות מכתבים, הרי שאין בכוונתם להחזיר אותו לצרפת בזמן הקרוב. הוא ביקש רשות לצאת לחופשה בת כמה ימים בפריז, וב-20 ביוני 1897 הוא הגיע לעיר ונפגש עם ידידו עורך הדין לואי לבלוא. הוא שיתף אותו בכל הפרשה והסמיך אותו לייצג אותו בכל מקרה, אולם הוא אסר עליו לפרסם את המידע ולספר דבר למתייה ולדרייפוסרים. לבלוא שיתף במידע את סגן נשיא הסנאט אוגוסט שויירר־קסטנר אשר נודע כאדם הגון ועוד לפני כן הביע ספק בנוגע לאשמתו של דרייפוס. קסטנר היה מזועזע מהמידע, אולם לבלוא השביע אותו לא לספר דבר. קסטנר המשיך באיסוף פיסות מידע, והתחנן בפני לבלוא שישחרר אותו משבועתו וייתן לו לפרסם את המידע. לבלוא סרב, ופנייה באמצעות מכתבים לפיקאר הניבה תוצאה דומה. עם זאת, קסטנר לא חשש לפרסם כי הוא סבור שדרייפוס חף מפשע וכי יש בידו ראיות לכך. בשלב זה, כבר היה המחנה הדרייפוסרי חזק, מאורגן ומבוסס, והוא כלל מספר רב של עיתונאים ופוליטיקאים. לצד מתייה, הונהגו הדרייפוסרים בידי הפוליטיקאי היהודי ז'וזף ריינאך. באמצעות ריינאך, נוצר קשר בין קסטנר למתייה, אשר שמח מאוד על תמיכתו הבלתי־צפויה של אחד הפוליטיקאים היותר מוערכים בארץ.

בואדפר, גונז ואנרי הודאגו מאוד מהשמועות שהפיץ קסטנר, והחלו להתארגן לקראת התעוררות מחודשת של הפרשה. הם זייפו מסמכים (ראו להלן "זיוף אנרי") ואגרו חומרים במטרה להבטיח את האשמתו של דרייפוס ואף להפליל את פיקאר. הם אף מצאו את לברן־רנו, ושכנעו אותו לחזור בו מהודאתו כי דרייפוס לא התוודה בפניו ולטעון כי דרייפוס כן הודה. השיא היה כאשר הם החליטו ליצור קשר עם אסטרהאזי, אשר ברור היה להם כי הוא מרגל, במטרה לשמור עליו מפני המתקפה הקרבה של הדרייפוסרים. האשמתו של אסטרהאזי תהיה בהכרח זיכויו של דרייפוס. החל משלב זה, נודעה חבורת הקצינים הזו בכינוי "הקנוניה". בפועל, היא פעלה עוד הרבה קודם לכן, אולם החל משלב זה הוסרו כל העכבות המוסריות והחוקיות, והם פעלו במרץ. החברים העיקריים בקנוניה היו בואדפר, גונז, אנרי ופאטי, וכן שנים מעובדי המשרד הסטטיסטי לות וגריבלן.

ב-17 באוקטובר שלח פאטי מכתב לאסטרהאזי וחתם עליו בשם "ספראנצה". במכתב זה, הוזהר אסטרהאזי מפני קנוניה של משפחת דרייפוס להאשימו באישומים שיוחסו לדרייפוס. המכתב הזהיר את אסטרהאזי מפני תגובה נמהרת כמו בריחה.