התסמינים הקליניים של המחלה כוללים בין היתר, עייפות, גרד בעור (אשר אופייני לחסימה בדרכי המרה), כבד מוגדל, צהבת (כתוצאה מעליה של בילירובין בדם, קסנתומה (הצטברות מקומית של כולסטרול על העור, בעיקר מסביב לעיניים), מיימת (סיבוכים של יתר לחץ דם פורטלי), טחול מוגדל, אנצפלופתיה כבדית, עד לקומה במקרים חמורים. השתן כהה והצואה בהירה, סימנים לכולסטאזיס.

כדי לאבחן שחמת ראשונית של המרה (PBC), יש לערוך בדיקת דם אבחנתית. בבדיקת דם אצל חולה ב-PBC תהיה רמה גבוהה של אלקלין פוספטאז, AST ,ALT גבוהים (אנזימי כבד שרמתם הגבוהה מרמזת על פגיעה בכבד), ומאחר ומדובר במחלה שהבסיס שלה אוטואימוני, בדיקת הדם תכיל נוגדנים עצמיים כגון: נוגדן אנטי מיטוכונדריאלי (AMA) וכן רמה גבוהה של IgM.

#השלב הפורטלי, או fluid stage: בשלב זה יש דלקת באזורים הפורטליים בכבד, ויש נזק לתעלות המרה. ניתן להבחין בגרנולומות בשלב זה. רואים הסננה לימפוציטרית (של לימפוציטים) באזורים הפורטליים, תאי הדלקת חודרים לדרכי המרה והורסים את תאי האפיתל של דרכי המרה.

#השלב הפרי-פורטלי או chronic hepatitis: זהו השלב שבו יש התרבות של דרכי מרה באזור הפורטלי.

# השלב הספטלי או הרס דרכי המרה: דרכי המרה נעלמות לחלוטין, יש פיברוזיס.

#שחמת (צירוזיס): הדלקת הורסת את הכבד ויש צלקות גדולות, רואים אזורים גדולים פיברוטיים עם אזורים תקינים ביניהם.

הגורמים למחלה זו מצביעים על בסיס אוטואימוני, הגוף תוקף את דרכי המרה. נמצא כי אצל רוב החולים (מעל ל-90%) יש נוגדן אנטי מיטוכונדריאלי הקרוי AMA אשר פועל כנגד קומפלקס פירובט דהידרוגנז (קומפלקס הפועל בתוך המיטוכונדריה). ישנם מבחנים נוספים לביצוע אבחנה, בהם נמצאו נוגדנים נוספים הקיימים במחלה זו.

אין טיפול ידוע למחלה זו, אולם תרופות (כגון ursodiol) יכולות להאט את קצב התפתחות הנזק לכבד ולאפשר תוחלת חיים נורמלית. כמו כן מומלץ לצרוך מולטי ויטמינים כגון ויטמין D וסידן לאור העובדה כי אצל חולים אלו יש ספיגה נמוכה של ויטמינים מסיסים בשומן.

כאשר המחלה מתקדמת למרות הטיפול התרופתי, אין מנוס מביצוע השתלת כבד.